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- PDB-4czc: Crystal structure of the siroheme decarboxylase NirDL in co-compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4czc
タイトルCrystal structure of the siroheme decarboxylase NirDL in co-complex with iron-uroporphyrin III analogue
要素NIRD-LIKE PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / BIFUNCTIONAL ENZYME / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


siroheme decarboxylase / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2890 / Alpha-Beta Plaits - #3460 / Siroheme decarboxylase , AsnC-like ligand binding domain / : / AsnC-like ligand binding domain / Siroheme decarboxylase NirDL-like HTH domain / : / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2890 / Alpha-Beta Plaits - #3460 / Siroheme decarboxylase , AsnC-like ligand binding domain / : / AsnC-like ligand binding domain / Siroheme decarboxylase NirDL-like HTH domain / : / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fe(III) Uroporphyrin / Siroheme decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種HYDROGENOBACTER THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schmelz, S. / Kriegler, T.M. / Haufschildt, K. / Layer, G. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of Siroheme Decarboxylase in Complex with Iron-Uroporphyrin III Reveals Two Essential Histidine Residues
著者: Haufschildt, K. / Schmelz, S. / Kriegler, T.M. / Neumann, A. / Streif, J. / Arai, H. / Heinz, D.W. / Layer, G.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NIRD-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1582
ポリマ－40,2731
非ポリマー8851
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.750, 72.600, 51.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 NIRD-LIKE PROTEIN / NIRDL


分子量: 40273.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HYDROGENOBACTER THERMOPHILUS (バクテリア)
株: TK-6 / 解説: DSM-6534 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D3DFS4
#2: 化合物 ChemComp-UFE / Fe(III) Uroporphyrin


分子量: 884.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H36FeN4O16
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % / 解説: NONE
結晶化詳細: FOR THE CRYSTALLIZATION OF THE NIRDL-FE-URO III CO-COMPLEX, NIRDL (7 MG/ML) WAS INCUBATED 30 MIN ON ICE WITH 0.5 MM FE-URO III (DISSOLVED IN 50 % DMSO) PRIOR TO CRYSTAL SETUP. PROTEIN-FE-URO ...詳細: FOR THE CRYSTALLIZATION OF THE NIRDL-FE-URO III CO-COMPLEX, NIRDL (7 MG/ML) WAS INCUBATED 30 MIN ON ICE WITH 0.5 MM FE-URO III (DISSOLVED IN 50 % DMSO) PRIOR TO CRYSTAL SETUP. PROTEIN-FE-URO III WAS MIXED WITH EQUAL AMOUNTS OF PRECIPITANT SOLUTION (27 % (V/V) MPD, 0.1 M MES, PH 5.5, AND 9.95 MM SPERMIDINE). CRYSTALS WERE CRYO-PROTECTED WITH 25-33 % (V/V) GLYCEROL OR ADDITIONAL 33 % (V/V) MPD PRIOR TO FLASH FREEZING IN LIQUID NITROGEN.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944PLUS / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→28.7 Å / Num. obs: 8137 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CH7

4ch7


解像度: 2.9→28.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 47.553 / SU ML: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.488 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28432 407 5 %RANDOM
Rwork0.22939 ---
obs0.23215 7730 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.182 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-4.75 Å2
2--2.43 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2507 0 61 3 2571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6572.0153542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76935882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3385302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71323.279122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67815476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7111523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6934.7481217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6854.7471216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1677.1071516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3685.4811404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.902→2.977 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.568 32 -
Rwork0.408 533 -
obs--92.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.65311.04560.09182.3882-0.72392.5508-0.29810.82390.1827-0.28160.33060.19020.0606-0.124-0.03250.3073-0.09380.01040.63830.03280.521980.8910.637112.954
20.57861.0196-0.48832.3088-0.25891.5874-0.03350.0411-0.206-0.17930.1863-0.2279-0.16250.2456-0.15280.3295-0.05440.11220.5596-0.0820.6412104.27824.035114.301
38.805-1.37152.54040.7048-0.41242.46930.0180.61490.3505-0.8061-0.18450.3424-0.78380.39370.16651.8006-0.0972-0.67680.34310.07640.605294.94342.565102.889
43.3271-3.04361.23147.86430.55291.1590.33511.007-0.2893-1.68350.0055-0.5205-0.12880.7047-0.34060.6857-0.13280.22890.7243-0.05080.5056107.64729.677105.921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3A235 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4A294 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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