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万見
- PDB-4cyl: Tomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cyl
タイトルTomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular vesicles
要素EFF-1A
キーワードCELL ADHESION / CELL-CELL FUSION / EXTRACELLULAR FUSION / MEMBRANE FUSION / PRE-FUSION STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / EFF-1 complex / nematode pharyngeal muscle development / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / cell-cell fusion / vulval development / egg-laying behavior / syncytium formation by plasma membrane fusion ...nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / EFF-1 complex / nematode pharyngeal muscle development / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / cell-cell fusion / vulval development / egg-laying behavior / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis / cell-cell contact zone / locomotion / morphogenesis of an epithelium / kinase activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell-cell fusogen EFF/AFF / Cell-cell fusogen EFF/AFF, domain 3 / Type I membrane glycoproteins cell-cell fusogen
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.2 Å
データ登録者Zeev-Ben-Mordehai, T. / Vasishtan, D. / Siebert, C.A. / Grunewald, K.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The full-length cell-cell fusogen EFF-1 is monomeric and upright on the membrane.
著者: Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Daven Vasishtan / C Alistair Siebert / Kay Grünewald /
要旨: Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, ...Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, natively membrane-anchored fusogens is scarce. Here we present the electron cryo microscopy three-dimensional reconstruction of the Caenorhabditis elegans epithelial fusion failure 1 (EFF-1) protein natively anchored in cell-derived membrane vesicles. This reveals a membrane protruding, asymmetric, elongated monomer. Flexible fitting of a protomer of the EFF-1 crystal structure, which is homologous to viral class-II fusion proteins, shows that EFF-1 has a hairpin monomeric conformation before fusion. These structural insights, when combined with our observations of membrane-merging intermediates between vesicles, enable us to propose a model for EFF-1 mediated fusion. This process, involving identical proteins on both membranes to be fused, follows a mechanism that shares features of SNARE-mediated fusion while using the structural building blocks of the unilaterally acting class-II viral fusion proteins.
履歴
登録2014年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2530
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EFF-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4971
ポリマ－74,4971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 EFF-1A / EPITHELIAL FUSION FAILURE 1 / ISOFORM A


分子量: 74497.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEINS ON EXTRACELLULAR VESICLES
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
プラスミド: PCAGGS / 細胞株 (発現宿主): BHK 21 / 発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ) / 参照: UniProt: G5ECA1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: EPITHELIAL FUSION FAILURE 1 (EFF-1) ISOFORM A ON EXTRACELLULAR VESICLES
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 25MM HEPES, 130MM NACL / pH: 7.4 / 詳細: 25MM HEPES, 130MM NACL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2013年3月3日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 95000 X / 倍率（補正後）: 78950 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 85 K / 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -60 °
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 78
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2PEET３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: SUBTOMOGRAM AVERAGING / 解像度: 22.2 Å / 粒子像の数: 801 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.8 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.8 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2530. (DEPOSITION ID: 12175).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: METHOD--FLEXIBLE FITTING REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE FIT OF X-RAY STRUCTURE
精密化最高解像度: 22.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 22.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 0 0 3644

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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