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- PDB-4cyk: Structural basis for binding of Pan3 to Pan2 and its function in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cyk
タイトルStructural basis for binding of Pan3 to Pan2 and its function in mRNA recruitment and deadenylation
要素PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3
キーワードTRANSCRIPTION / PAN3P / PAN2P / POLYA / RNA / DEADENYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


PAN complex / Deadenylation of mRNA / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / postreplication repair / P-body / mRNA processing / protein kinase activity / DNA repair / RNA binding ...PAN complex / Deadenylation of mRNA / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / postreplication repair / P-body / mRNA processing / protein kinase activity / DNA repair / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3160 / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Protein kinase domain profile. ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3160 / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / CNS 1.2
データ登録者Wolf, J. / Valkov, E. / Allen, M.D. / Meineke, B. / Gordiyenko, Y. / McLaughlin, S.H. / Olsen, T.M. / Robinson, C.V. / Bycroft, M. / Stewart, M. / Passmore, L.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Pan3 Binding to Pan2 and its Function in Mrna Recruitment and Deadenylation.
著者: Wolf, J. / Valkov, E. / Allen, M.D. / Meineke, B. / Gordiyenko, Y. / Mclaughlin, S.H. / Olsen, T.M. / Robinson, C.V. / Bycroft, M. / Stewart, M. / Passmore, L.A.
履歴
登録2014年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Atomic model
改定 1.22014年6月4日Group: Atomic model
改定 1.32014年6月11日Group: Database references
改定 1.42014年7月30日Group: Database references
改定 1.52016年4月27日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.62021年6月23日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8072
ポリマ－4,7411
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20NO VIOLATIONS
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3 / PAB1P-DEPENDENT POLY(A)-NUCLEASE / PAN3P


分子量: 4741.405 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-41 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PHLTV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B41 (大腸菌) / 参照: UniProt: P36102
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR AND TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN

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試料調製

詳細内容: 90% WATER / 10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX6001
Bruker AVANCE DRXBrukerAVANCE DRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS構造決定
精密化手法: CNS 1.2 / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO VIOLATIONS / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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