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- PDB-4cxt: BTB domain of KEAP1 in complex with CDDO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cxt
タイトルBTB domain of KEAP1 in complex with CDDO
要素KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / BTB DOMAIN / KEAP1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / regulation of autophagy / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SXJ / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. ...Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. / Qi, H. / Sweitzer, T. / Ward, P. / Davies, T.G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of the Btb Domain of Keap1 and its Interaction with the Triterpenoid Antagonist Cddo.
著者: Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. / Qi, H. / Sweitzer, T. / Ward, P. / Davies, T.G.
履歴
登録2014年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7872
ポリマ－15,2941
非ポリマー4941
水43224
1
A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5754
ポリマ－30,5872
非ポリマー9872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area5840 Å2
ΔGint-37.9 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.687, 42.687, 271.028
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2011-

HOH

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要素

#1: タンパク質 KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1 / CYTOSOLIC INHIBITOR OF NRF2 / INRF2 / KELCH-LIKE PROTEIN 19 / KEAP1


分子量: 15293.651 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB, RESIDUES 48-180 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-SXJ / (13alpha,18alpha)-2-cyano-3-hydroxy-12-oxooleana-2,9(11)-dien-28-oic acid


分子量: 493.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H43NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→45.17 Å / Num. obs: 4283 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 82.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.66→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9386 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9408 / SU R Cruickshank DPI: 1.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.322 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.302
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 262 5.43 %RANDOM
Rwork0.2106 ---
obs0.2122 4823 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.604 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.4051 Å20 Å20 Å2
2---7.4051 Å20 Å2
3---14.8103 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.478 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1029 0 36 24 1089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11573HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d396SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes33HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes156HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1128HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion145SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1308SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.97 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3502 77 5.97 %
Rwork0.2321 1212 -
all0.2389 1289 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.8996 Å / Origin y: -10.0312 Å / Origin z: -15.5259 Å
111213212223313233
T0.0679 Å20.0685 Å20.0276 Å2--0.2359 Å2-0.0162 Å2---0.189 Å2
L1.9056 °2-1.9065 °2-0.3957 °2-3.3564 °22.345 °2--4.4833 °2
S-0.1714 Å °0.0132 Å °0.0124 Å °0.3307 Å °0.0439 Å °0.2015 Å °-0.4169 Å °-0.0052 Å °0.1274 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND RESIDUES 49-179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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