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- PDB-4cv7: Crystal structure of Rhodococcus equi VapB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cv7
タイトルCrystal structure of Rhodococcus equi VapB
要素VIRULENCE ASSOCIATED PROTEIN VAPB
キーワードTOXIN / VIRULENCE ASSOCIATED PROTEIN / EIGHT-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-BARREL / B-BARREL / GREEK KEY MOTIF
機能・相同性Rhodococcus equi virulence-associated protein / Rhodococcus equi virulence-associated protein / Rhodococcus equi virulence-associated superfamily / Rhodococcus equi virulence-associated protein / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / : / Virulence associated protein VapB
機能・相同性情報
生物種RHODOCOCCUS EQUI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Geerds, C. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of Rhodococcus Equi Virulence-Associated Protein B (Vapb) Reveals an Eight-Stranded Antiparallel [Beta]-Barrel Consisting of Two Greek-Key Motifs
著者: Geerds, C. / Wohlmann, J. / Haas, A. / Niemann, H.H.
履歴
登録2014年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年7月23日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIRULENCE ASSOCIATED PROTEIN VAPB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2093
ポリマ－12,0911
非ポリマー1182
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.820, 83.820, 49.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 VIRULENCE ASSOCIATED PROTEIN VAPB


分子量: 12091.158 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 36-197 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 36-197 WERE EXPRESSED WITH AN N- TERMINAL HIS6 TAG. THE PROTEIN WAS DIGESTED WITH PROTEINASE K AND PURIFIED. THE N-TERMINUS WAS VERIFIED BY EDMAN DEGRADATION.
由来: (組換発現) RHODOCOCCUS EQUI (バクテリア) / 株: PAM 1593 / プラスミド: PETITE N-HIS KAN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4F366
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細COBALT ION (CO): FROM CRYSTALLIZATION COCKTAIL THAT CONTAINED 0.01 M COCL2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED WITH A DIFFERENT DATA SET COLLECTED AT 1.5418 ANGSTROM ON AN AGILENT SUPERNOVA SEALED TUBE DIFFRACTOMETER WITH ATLAS CCD.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 293 K WITH 1 UL PROTEIN (10 MG/ML) PLUS 0.5 UL RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.01 M COCL2, 0.1 M NA-ACETATE, PH 4.6, AND 1.0 M HEXANEDIOL (JCSG CORE II CONDITION G4).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91985
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 20584 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 37 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 29 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.252 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19854 2030 9.9 %RANDOM
Rwork0.16972 ---
obs0.17252 18526 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.14 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数840 0 2 107 949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.019949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2341.8981307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03931947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1410.812487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1390.809486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6751.214614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6180.979461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 147 -
Rwork0.227 1345 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.93951.0838-7.95847.3508-0.91617.98170.16420.09-0.10940.3048-0.1610.48070.4356-0.3205-0.00320.0804-0.0123-0.05170.0975-0.0380.154512.17611.72819.001
225.599512.27640.59317.17930.33740.0626-0.02920.1721-0.0937-0.319-0.0267-0.0041-0.05410.00550.05590.16820.0427-0.02050.123-0.01010.101426.13822.8210.328
314.44060.5104-0.8662.61461.47650.99560.244-0.09350.1805-0.2679-0.113-0.074-0.2478-0.0341-0.13110.17-0.00120.05880.1012-0.00690.104231.6926.91914.979
46.8432-0.9502-5.76262.24521.86487.15270.35540.4657-0.05-0.1572-0.21370.0831-0.2965-0.5823-0.14170.11980.0713-0.03760.126-0.01880.08313.60823.04214.569
518.6127-0.09012.34731.84190.4390.41920.15350.17420.0613-0.1938-0.1223-0.0155-0.0557-0.001-0.03110.1640.0210.04740.10630.00590.11124.40827.01717.906
69.3862-2.14874.41830.7443-3.879136.9236-0.06260.3059-0.0691-0.1171-0.15730.00221.39920.64390.220.23730.04010.08210.1424-0.01810.119838.55521.62112.45
79.977811.68532.221113.69372.60440.496-0.3760.338-0.0877-0.48920.3817-0.0909-0.09970.0689-0.00570.27890.1011-0.02710.1961-0.03580.154823.70817.1887.962
82.5979-0.19490.20171.87320.97011.47740.04810.0074-0.0348-0.0292-0.07290.1233-0.0555-0.14470.02480.07530.0121-0.00980.06130.00790.074917.6619.9523.833
94.0111-1.73061.365511.11356.041410.97280.0905-0.03650.1386-0.14150.0427-0.15680.23950.0869-0.13310.05250.01030.00530.0202-0.01620.04830.65310.88516.623
101.764-1.2922-1.07211.85831.46381.32490.0750.0355-0.0319-0.1060.0040.0228-0.12710.0069-0.0790.110.0024-0.01690.08250.00420.108625.87616.89320.831
119.073-1.55462.39972.05610.24580.97870.09110.07750.1318-0.1506-0.0962-0.0257-0.1396-0.01780.00510.14090.01630.02060.08390.01120.06422.37126.54421.011
1233.6086-26.918421.768239.4838-11.000716.41370.23821.25151.4086-1.0514-1.0972-1.2612-0.13720.79340.85910.10620.0698-0.01220.11490.0580.125511.85934.11414.768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A87 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3A100 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4A107 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5A114 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6A121 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7A128 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8A132 - 151
9X-RAY DIFFRACTION9A152 - 159
10X-RAY DIFFRACTION10A160 - 184
11X-RAY DIFFRACTION11A185 - 192
12X-RAY DIFFRACTION12A193 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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