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- PDB-4cv5: yeast NOT1 CN9BD-CAF40 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cv5
タイトルyeast NOT1 CN9BD-CAF40 complex
要素
  • GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
  • PROTEIN CAF40
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / pseudohyphal growth / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body ...negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / pseudohyphal growth / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily ...CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / General negative regulator of transcription subunit 1 / Protein CAF40
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.807 Å
データ登録者Basquin, J. / Conti, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural and Biochemical Insights to the Role of the Ccr4-not Complex and Ddx6 ATPase in Microrna Repression.
著者: Mathys, H. / Basquin, J. / Ozgur, S. / Czarnocki-Cieciura, M. / Bonneau, F. / Aartse, A. / Dziembowski, A. / Nowotny, M. / Conti, E. / Filipowicz, W.
履歴
登録2014年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
B: PROTEIN CAF40
C: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
D: PROTEIN CAF40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3337
ポリマ－119,1994
非ポリマー6,1343
水00
1
A: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
B: PROTEIN CAF40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7335
ポリマ－59,5992
非ポリマー6,1343
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PISA
2
C: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
D: PROTEIN CAF40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5992
ポリマ－59,5992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.339, 188.339, 126.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.8499, 0.1547, -0.5037), (-0.1564, 0.8388, 0.5215), (0.5031, 0.522, -0.688)49.99, -52.65, 137.5
2given(-0.8465, -0.1293, 0.5164), (0.1785, 0.845, 0.5041), (-0.5015, 0.5189, -0.6923)-40.13, -33.21, 148.3

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要素

#1: タンパク質 GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 39 / NOT1-CN9BD


分子量: 23529.105 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1071-1282 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288P / プラスミド: PEC_HIS_SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P25655
#2: タンパク質 PROTEIN CAF40 / 40 KDA CCR4-ASSOCIATED FACTOR / CAF40


分子量: 36070.375 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 54-373 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288P / プラスミド: PEC_HIS_SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P53829
#3: 化合物 ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 50 MM HEPES PH 7.0, 3 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.25472
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月19日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25472 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.81→48.29 Å / Num. obs: 22861 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 147.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 3.81→4.01 Å / 冗長度: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.807→48.292 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2952 2122 5 %
Rwork0.2764 --
obs0.2773 22828 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.807→48.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6118 0 54 0 6172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8858498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7552019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8075-3.8960.49011380.42892629X-RAY DIFFRACTION97
3.896-3.99340.41731430.37232716X-RAY DIFFRACTION100
3.9934-4.10130.36741420.3442689X-RAY DIFFRACTION100
4.1013-4.22190.33811400.31232690X-RAY DIFFRACTION100
4.2219-4.35810.31751390.29562689X-RAY DIFFRACTION100
4.3581-4.51380.33721430.28632706X-RAY DIFFRACTION100
4.5138-4.69440.33591430.27242682X-RAY DIFFRACTION100
4.6944-4.90780.29151420.25222700X-RAY DIFFRACTION100
4.9078-5.16630.32071450.27582706X-RAY DIFFRACTION100
5.1663-5.48960.2651400.28362675X-RAY DIFFRACTION100
5.4896-5.91270.37591420.33032710X-RAY DIFFRACTION100
5.9127-6.50650.40531410.32022704X-RAY DIFFRACTION100
6.5065-7.4450.38481400.30712704X-RAY DIFFRACTION100
7.445-9.36870.20321400.22252699X-RAY DIFFRACTION100
9.3687-48.29580.22471440.23742695X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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