PDB-4cr8: Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase with NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cr8

タイトル

Crystal structure of the N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase with NAD

要素

N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / SUBSTRATE SELECTIVITY

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acylmannosamine 1-dehydrogenase / N-acylmannosamine 1-dehydrogenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gil-Ortiz, F. / Sola-Carvajal, A. / Garcia-Carmona, F. / Sanchez-Ferrer, A. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures and Functional Studies Clarify Substrate Selectivity and Catalytic Residues for the Unique Orphan Enzyme N-Acetyl-D-Mannosamine Dehydrogenase.
著者: Sola-Carvajal, A. / Gil-Ortiz, F. / Garcia-Carmona, F. / Rubio, V. / Sanchez-Ferrer, A.

履歴

登録	2014年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cr8.cif.gz	380.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cr8.ent.gz	311.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cr8_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cr8_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4cr8_validation.xml.gz	78.9 KB	表示
CIF形式データ	4cr8_validation.cif.gz	106.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/4cr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cr6C 4cr7C 2d1yS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cr7-4 4cr7-5 4cr7-7 4cr7-6 4cr7-2 4cr6-d 4cr7-9 4cr7-1 4cr7-8 4cr7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

C: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

D: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

E: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

F: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

G: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

225 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

B: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

D: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

E: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

F: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

G: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

G: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
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4

H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

H: N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.950, 146.787, 90.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	1 - 500
2	1	1	3	B	1 - 500
3	1	1	3	C	1 - 500
4	1	1	3	D	1 - 500
5	1	1	3	E	1 - 500
6	1	1	3	F	1 - 500
7	1	1	3	G	1 - 500
8	1	1	3	H	1 - 500

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.513577, 0.002176, -0.858041), (0.004045, -0.999992, -0.000115), (-0.858034, -0.003412, -0.513582)	25.70291, -27.41414, 45.21368
3	given	(0.996746, -0.063939, 0.049083), (0.065553, 0.997336, -0.032005), (-0.046906, 0.035119, 0.998282)	-27.41945, 38.62366, -38.7781
4	given	(0.556061, -0.059847, -0.828984), (-0.060203, -0.997684, 0.031643), (-0.828958, 0.032312, -0.558376)	44.74463, -66.16026, 88.78649
5	given	(-0.997174, 0.058384, -0.047277), (0.059566, 0.997936, -0.023991), (0.045779, -0.026739, -0.998594)	-11.57774, 37.96485, 120.85918
6	given	(-0.553943, 0.06063, 0.830344), (-0.064826, -0.997458, 0.029585), (0.830027, -0.03744, 0.556465)	-83.39465, -65.94827, -7.18995
7	given	(0.994392, -0.00145, 0.10575), (0.001562, 0.999998, -0.000974), (-0.105749, 0.001134, 0.994392)	-4.54399, 72.36591, -1.73002
8	given	(-0.598688, 0.004464, 0.80097), (-0.003033, -0.99999, 0.003306), (0.800977, -0.00045, 0.598695)	-15.91742, -26.40263, -31.80527

#1: タンパク質	N-ACYLMANNOSAMINE 1-DEHYDROGENASE / NAMDH / N-ACETYL-D-MANNOSAMINE DEHYDROGENASE 分子量: 27495.346 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) FLAVOBACTERIUM SP. 141-8 (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P22441, N-acylmannosamine 1-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 8 % (W/V) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 89504 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D1Y

2d1y

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 6.344 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25335	4723	5 %	RANDOM
R_work	0.22186	-	-	-
obs	0.22347	89504	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.997 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	-0.3 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14725	0	216	645	15586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	15145
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	9800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.994	20598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.09	3.004	23802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.261	5	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.164	22.68	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.523	15	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.953	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	17489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1479	loose positional	0.05	5
2	B	1479	loose positional	0.04	5
3	C	1479	loose positional	0.04	5
4	D	1479	loose positional	0.04	5
5	E	1479	loose positional	0.04	5
6	F	1479	loose positional	0.04	5
7	G	1479	loose positional	0.04	5
8	H	1479	loose positional	0.05	5
1	A	1518	tight thermal	1.78	0.5
2	B	1518	tight thermal	1.83	0.5
3	C	1518	tight thermal	1.72	0.5
4	D	1518	tight thermal	2.11	0.5
5	E	1518	tight thermal	2.21	0.5
6	F	1518	tight thermal	1.77	0.5
7	G	1518	tight thermal	2.07	0.5
8	H	1518	tight thermal	1.68	0.5
1	A	1479	loose thermal	1.98	10
2	B	1479	loose thermal	2.15	10
3	C	1479	loose thermal	2.01	10
4	D	1479	loose thermal	2.52	10
5	E	1479	loose thermal	2.72	10
6	F	1479	loose thermal	2.21	10
7	G	1479	loose thermal	2.6	10
8	H	1479	loose thermal	2.25	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	331	-
R_work	0.252	6451	-
obs	-	-	99.09 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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