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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cqv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H5 (tyTy) Del133/Ile155Thr Mutant Haemagglutinin | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / AVIAN FLU / SIALYLLACTOSAMINE / 3SLN / 3'SLN / 6SLN / 6'SLN / LSTA | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. ...Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enhanced Human Receptor Binding by H5 Haemagglutinins. 著者: Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / Mccauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 599.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 504.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 505.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 519.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4cqpC ![]() 4cqqC ![]() 4cqrC ![]() 4cqsC ![]() 4cquC ![]() 4cqwC ![]() 4cqxC ![]() 4cqyC ![]() 4cqzC ![]() 4cr0C ![]() 5ajmC ![]() 4bgzS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37010.672 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-342 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Variant: DEL133/ILE155THR MUTANT / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q207Z6 #2: タンパク質 | 分子量: 19126.004 Da / 分子数: 3 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Variant: DEL133/ILE155THR MUTANT / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q207Z6 #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | MULTIBASIC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.05 - 0.15 M K/NAPO4 (PH 7.0), 15-18% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.86→70.03 Å / Num. obs: 46268 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.86→3.01 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BGZ 解像度: 2.86→70.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 32.202 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.448 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.86→70.13 Å
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拘束条件 |
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