PDB-4cqo: Structure of the human CNOT1 superfamily homology domain in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cqo

タイトル

Structure of the human CNOT1 superfamily homology domain in complex with a Nanos1 peptide

要素

CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
NANOS HOMOLOG 1

キーワード

GENE REGULATION / TRANSLATION / DEADENYLATION / TRANSLATIONAL REPRESSION / PROTEIN COMPLEX / DEVELOPMENT / SHORT LINEAR MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

cerebellar neuron development / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / epithelial cell migration / CCR4-NOT complex / armadillo repeat domain binding / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Raisch, T. / Jonas, S. / Weichenrieder, O. / Bhandari, D. / Izaurralde, E.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Nanos-Mediated Recruitment of the Ccr4-not Complex and Translational Repression
著者: Bhandari, D. / Raisch, T. / Weichenrieder, O. / Jonas, S. / Izaurralde, E.

履歴

登録	2014年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cqo.cif.gz	436.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cqo.ent.gz	361.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/4cqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c0dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6aqg-2 1e24-d 6aqh-3 5ajd-5 6aqh-1 5ooy-d 5ajd-4 5ajd-1 4drf-2 5vl1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

B: NANOS HOMOLOG 1

C: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

D: NANOS HOMOLOG 1

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

D: NANOS HOMOLOG 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1

B: NANOS HOMOLOG 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.530, 167.330, 112.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.9999, 0.0024, -0.0103), (0.0024, -1, -0.0005), (-0.0103, 0.0005, -0.9999)	0.1368, 11.2409, 56.3009
2	given	(0.9999, -0.0101, -0.0029), (-0.01, -0.9996, 0.0247), (-0.0031, -0.0247, -0.9997)	0.3167, 10.6913, 57.0147

#1: タンパク質	CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / NOT1H / HNOT1 分子量: 61545.117 Da / 分子数: 2 断片: NOT1 SUPERFAMILY HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 1833-2362 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN (PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質・ペプチド	NANOS HOMOLOG 1 / NOS-1 / EC_REP1A 分子量: 1901.145 Da / 分子数: 2 / 断片: CNOT1 INTERACTING MOTIF, RESIDUES 40-56 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WY41
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST SIX RESIDUES (GPHMLE) REMAIN FROM THE TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.7 M SUCCINIC ACID SODIUM SALT, PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.52 Å / Num. obs: 45219 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.98 Å² / R_sym value: 0.16 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.3_1479)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C0D, CHAIN A

4c0d

解像度: 2.8→48.452 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.45 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES A 1827-1841, A 1917-1924, A 2083-2084, B 55-56, C 1827-1841, C 1922-1925 AND D 54-56 ARE DISORDERED. THE FOLLOWING RESIDUES WERE BUILT AS STUBS. CHAIN A 1842, 1870, 1914, 1916, 1931, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	2294	5.1 %
R_work	0.2216	-	-
obs	0.2227	45010	99.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	78.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	29.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	50.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.452 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8518	0	0	62	8580

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.628	11965
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.456	3214
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-2.861	0.4705	143	0.3513	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
2.861-2.9275	0.3529	140	0.3097	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9275-3.0007	0.2586	128	0.2719	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0007-3.0819	0.2967	167	0.2658	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0819-3.1725	0.3369	144	0.2725	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1725-3.2749	0.2672	134	0.2635	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2749-3.3919	0.2793	137	0.2419	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3919-3.5277	0.2523	127	0.2337	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5277-3.6882	0.2494	137	0.2295	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6882-3.8826	0.2613	137	0.2256	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8826-4.1257	0.239	159	0.1994	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1257-4.444	0.1989	154	0.183	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.444-4.8909	0.1934	163	0.178	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8909-5.5977	0.2488	140	0.2047	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5977-7.0491	0.2365	149	0.2177	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0491-48.4592	0.1672	135	0.188	2840	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.616	0.645	0.781	6.6022	1.7968	2.6223	0.0761	-0.0786	0.0674	0.5695	-0.0972	-0.1095	-0.0626	-0.0864	0.0024	0.7815	-0.0326	-0.0833	0.3819	-0.0205	0.4062	17.9244	36.0141	54.2347
2	2.6849	-2.0419	-1.4448	5.415	2.0165	4.1453	0.0776	0.0567	-0.0133	0.2185	-0.105	-0.0904	-0.1124	-0.1048	-0.0424	0.5455	-0.032	-0.106	0.332	0.0317	0.3653	21.0619	6.6981	42.3933
3	1.4935	-0.4354	1.0526	2.3754	-0.3947	3.6421	-0.1029	-0.1738	-0.0225	0.3558	0.0342	-0.0892	0.3079	-0.1693	0.0502	0.6061	-0.0149	-0.0421	0.3597	0.026	0.4135	24.08	-16.135	43.6093
4	2.238	-1.2174	-0.5433	5.6296	1.2287	3.3431	0.1032	0.0778	-0.048	-0.1364	-0.0444	-0.318	0.213	-0.1623	-0.0505	0.3471	0.021	0.0565	0.334	-0.0258	0.2654	17.2766	-24.752	2.1522
5	1.8242	0.4866	-0.3385	3.3152	-1.33	3.4816	-0.0426	0.0197	0.0934	0.0932	-0.0046	-0.2442	-0.1664	0.0583	0.0313	0.2564	-0.0138	-0.0453	0.2544	0.0076	0.3367	24.0665	27.452	12.4683
6	5.4852	3.7624	4.411	2.989	3.2111	3.6321	-0.0252	-0.4109	-0.1385	0.3843	-0.2758	0.1905	1.871	0.2768	0.4199	0.8393	-0.0446	0.0263	0.4622	-0.0012	0.2226	16.7619	-19.9718	20.6049
7	6.81	-5.5309	-5.0728	4.4916	4.1197	3.7767	-1.2773	1.8743	0.9107	1.524	0.2094	0.011	-0.4286	0.0026	0.9065	0.8116	-0.1195	-0.1816	0.5469	0.0552	0.5723	8.6763	-11.5579	16.046
8	2.4371	-2.1542	-2.8286	8.0299	3.4053	8.7091	-0.096	-0.0307	-0.1354	-0.0163	0.2344	0.3663	-2.4491	0.1136	-0.0105	0.9849	0.0726	-0.2181	0.4193	-0.0359	0.4457	16.8922	31.3636	35.5627
9	5.7708	5.7693	1.9344	5.7684	1.9378	2.054	-0.4012	-0.0844	-2.9179	-0.4626	0.3357	-0.626	2.0843	-1.2577	0.1341	1.3186	-0.1698	-0.22	0.6201	0.1424	0.9507	9.391	23.4463	40.5142
10	1.2243	1.1055	0.6375	4.1853	1.6236	2.8587	0.1196	-0.1149	-0.0639	0.2353	-0.0732	-0.4596	0.0659	0.2522	-0.0306	0.2765	-0.0036	0.0493	0.3215	0.054	0.2945	20.7038	4.7123	13.7501

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1842 THROUGH 2025 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 2026 THROUGH 2154 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 2155 THROUGH 2361 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN C AND (RESID 1842 THROUGH 2025 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESID 2155 THROUGH 2361 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 40 THROUGH 47 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 48 THROUGH 54 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESID 40 THROUGH 47 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND (RESID 48 THROUGH 53 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 2026 THROUGH 2154 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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