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- PDB-4cpk: Crystal structure of PBP2a double clinical mutant N146K-E150K fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cpk
タイトルCrystal structure of PBP2a double clinical mutant N146K-E150K from MRSA
要素Penicillin binding protein 2 prime
キーワードHYDROLASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / MRSA / ALLOSTERIC SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
NTF2-like; domain 1 / Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...NTF2-like; domain 1 / Penicillin-binding protein 2a; domain 3 / NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / beta-muramic acid / Penicillin binding protein 2 prime
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Disruption of Allosteric Response as an Unprecedented Mechanism of Resistance to Antibiotics.
著者: Fishovitz, J. / Rojas-Altuve, A. / Otero, L.H. / Dawley, M. / Carrasco-Lopez, C. / Chang, M. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2014年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年6月16日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32021年6月30日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.plasmid_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin binding protein 2 prime
B: Penicillin binding protein 2 prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,74319
ポリマ－146,8622
非ポリマー1,88117
水13,763764
1
A: Penicillin binding protein 2 prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,54011
ポリマ－73,4311
非ポリマー1,10910
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Penicillin binding protein 2 prime
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2038
ポリマ－73,4311
非ポリマー7727
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.437, 101.637, 186.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin binding protein 2 prime


分子量: 73430.984 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-668 / 変異: YES,N146K,E150K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: mecA, SAV0041 / プラスミド: pET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A0A0H3JPA5
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 糖 ChemComp-MUR / beta-muramic acid / muramic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 251.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO7
識別子タイププログラム
b-D-GlcpN3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
MurSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→46.64 Å / Num. obs: 65572 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 40.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZG0

3zg0


解像度: 2.35→46.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9387 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9077 / SU R Cruickshank DPI: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.33 / SU Rfree Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.222
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 3324 5.08 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1841 65497 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0358 Å20 Å20 Å2
2---6.6635 Å20 Å2
3---8.6993 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.306 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10217 0 49 764 11030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110421HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1514015HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5028SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes346HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1423HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10421HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1359SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12041SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 249 5.19 %
Rwork0.2201 4547 -
all0.2231 4796 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38550.09150.40680.0731-0.01992.6046-0.0232-0.0513-0.0377-0.01030.0425-0.02450.4674-0.2016-0.0193-0.2016-0.02610.0109-0.1344-0.007-0.3192-18.5114-22.298741.2623
20.90540.0224-1.18970.1529-0.19752.15010.0791-0.15510.05570.0234-0.0524-0.0407-0.13810.2864-0.0267-0.1695-0.0285-0.01570.0608-0.0391-0.20218.07-4.560449.0845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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