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万見
- PDB-4cp2: Crystal Structure of Epithelial Adhesin 9 A domain (Epa9A) from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cp2
タイトルCrystal Structure of Epithelial Adhesin 9 A domain (Epa9A) from Candida glabrata in complex with Galb1-4GlcNAc
要素EPITHELIAL ADHESIN 9
キーワードCELL ADHESION / LECTIN / TISSUE INVASION / PATHOGENICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


GLEYA adhesin domain / GLEYA domain / Jelly Rolls - #1560 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Candida glabrata strain CBS138 chromosome A complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種CANDIDA GLABRATA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kock, M. / Maestre-Reyna, M. / Diderrich, R. / Moesch, H.-U. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional reprogramming of Candida glabrata epithelial adhesins: the role of conserved and variable structural motifs in ligand binding
著者: Diderrich, R. / Kock, M. / Maestre-Reyna, M. / Rupp, S. / Essen, L.-O. / Moesch, H.-U.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年7月22日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: chem_comp / citation / pdbx_database_status
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPITHELIAL ADHESIN 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6994
ポリマ－33,2401
非ポリマー4593
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.840, 66.840, 115.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2022-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EPITHELIAL ADHESIN 9


分子量: 33240.457 Da / 分子数: 1 / 断片: ADHESION DOMAIN (A DOMAIN), RESIDUES 39-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA GLABRATA (菌類) / 株: CBS 138 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHUFFLE T7 EXPRESS (C3029) / 参照: UniProt: B4UMX2
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M MES PH6.5, 12% PEG 4000, 0.05 M LACTOSE, VAPOR DIFFUSION IN SITTING DROP, SOAKED WITH GALB1-4GLCNAC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月13日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→40.96 Å / Num. obs: 9889 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PRUNED VERSION OF PDB ENTRY 4AF9

4af9


解像度: 2.6→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.66 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. PART OF LOOP L1 NOT DEFINED IN ELECTRON DENSITY, LYS A 76 - GLY A 107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24228 492 5.1 %RANDOM
Rwork0.18086 ---
obs0.18392 9180 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 28 83 1929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9552607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7623.0033768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0575217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00524.095105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.88515276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.284156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1012.833874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1012.829873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9724.2351089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0872.9331043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 38 -
Rwork0.235 654 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.019 Å / Origin y: 51.595 Å / Origin z: 53.28 Å
111213212223313233
T0.1237 Å20.0065 Å20.0078 Å2-0.0998 Å20.008 Å2--0.0025 Å2
L0.8573 °2-0.0085 °20.5215 °2-0.4033 °2-0.3217 °2--0.5721 °2
S-0.0127 Å °-0.0139 Å °-0.0205 Å °0.0323 Å °0.0426 Å °0.0249 Å °-0.041 Å °-0.0175 Å °-0.03 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 54
2X-RAY DIFFRACTION1A55 - 96
3X-RAY DIFFRACTION1A97 - 118
4X-RAY DIFFRACTION1A119 - 144
5X-RAY DIFFRACTION1A145 - 198
6X-RAY DIFFRACTION1A199 - 210
7X-RAY DIFFRACTION1A211 - 231
8X-RAY DIFFRACTION1A232 - 278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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