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- PDB-4cos: Crystal structure of the PHD-Bromo-PWWP cassette of human PRKCBP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cos
タイトルCrystal structure of the PHD-Bromo-PWWP cassette of human PRKCBP1
要素PROTEIN KINASE C-BINDING PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION / PHD DOMAIN / BROMO DOMAIN / PWWP DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of dendritic spine development / modulation of excitatory postsynaptic potential / site of DNA damage / positive regulation of dendritic spine maintenance / protein localization to chromatin / methylated histone binding / negative regulation of cell migration / dendritic shaft ...regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of dendritic spine development / modulation of excitatory postsynaptic potential / site of DNA damage / positive regulation of dendritic spine maintenance / protein localization to chromatin / methylated histone binding / negative regulation of cell migration / dendritic shaft / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / transcription corepressor activity / chromatin organization / nervous system development / DNA-binding transcription factor binding / dendritic spine / protein domain specific binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C-binding protein 1 / RACK7, Bromo domain / Protein kinase C-binding protein 1 / PRKCBP1, PHD finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. ...Protein kinase C-binding protein 1 / RACK7, Bromo domain / Protein kinase C-binding protein 1 / PRKCBP1, PHD finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / MYND-type zinc finger-containing chromatin reader ZMYND8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Krojer, T. / Savitsky, P. / Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Filippakopoulos, P.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Multivalent Histone and DNA Engagement by a PHD/BRD/PWWP Triple Reader Cassette Recruits ZMYND8 to K14ac-Rich Chromatin.
著者: Savitsky, P. / Krojer, T. / Fujisawa, T. / Lambert, J.P. / Picaud, S. / Wang, C.Y. / Shanle, E.K. / Krajewski, K. / Friedrichsen, H. / Kanapin, A. / Goding, C. / Schapira, M. / Samsonova, A. ...著者: Savitsky, P. / Krojer, T. / Fujisawa, T. / Lambert, J.P. / Picaud, S. / Wang, C.Y. / Shanle, E.K. / Krajewski, K. / Friedrichsen, H. / Kanapin, A. / Goding, C. / Schapira, M. / Samsonova, A. / Strahl, B.D. / Gingras, A.C. / Filippakopoulos, P.
履歴
登録2014年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2066
ポリマ－37,8341
非ポリマー3725
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.955, 68.835, 70.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE C-BINDING PROTEIN 1 / PRKCBP1 / CUTANEOUS T-CELL LYMPHOMA-ASSOCIATED ANTIGEN SE14-3 CTCL-ASSOCIATED ANTIGEN SE14-3 / ...PRKCBP1 / CUTANEOUS T-CELL LYMPHOMA-ASSOCIATED ANTIGEN SE14-3 CTCL-ASSOCIATED ANTIGEN SE14-3 / RACK7 / ZINC FINGER MYND DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 8


分子量: 37833.730 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD-BROMO-PWWP DOMAIN, RESIDUES 83-406 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULU4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.3 / 詳細: pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→49.2 Å / Num. obs: 38079 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.67→1.77 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.67→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.168 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21039 1900 5 %RANDOM
Rwork0.17589 ---
obs0.17753 36091 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2494 0 15 333 2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7121.9513604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8673.0045667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9895327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3524.417120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42815446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5491511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1922.2661281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1192.2641280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1883.3841608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1873.3871609
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9362.6341375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9352.6361376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5563.7971994
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.27320.4313410
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.12219.6933267
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.675→1.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 158 -
Rwork0.335 2603 -
obs--98.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2376-0.7265-0.17490.45170.11470.03060.19990.21550.1214-0.1086-0.1811-0.0867-0.0244-0.0582-0.01880.03310.01950.01870.17260.06080.061422.59743.1674.597
20.88370.0779-0.52760.0799-0.19650.8041-0.014-0.01790.013-0.02320.05480.00580.0315-0.024-0.04080.0101-0.02290.00580.08220.01540.048429.80627.1637.674
30.5787-0.01510.13420.3027-0.23150.5596-0.0616-0.0877-0.0116-0.05010.0132-0.03460.0152-0.10520.04840.01590.01290.00730.0706-0.00940.044360.79939.8042.88
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3A265 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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