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- PDB-4co3: Structure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasile... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4co3
タイトルStructure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasilense in complex with adenosine triphosphate
要素PII-LIKE PROTEIN PZ
キーワードSIGNALING PROTEIN / GLNK-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta ...Nitrogen regulatory protein P-II, urydylation site / P-II protein uridylation site. / Nitrogen regulatory protein PII, conserved site / P-II protein C-terminal region signature. / Nitrogen regulatory protein P-II / P-II protein family profile. / Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種AZOSPIRILLUM BRASILENSE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Truan, D. / Li, X.-D. / Winkler, F.K.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and thermodynamics of effector molecule binding to the nitrogen signal transduction PII protein GlnZ from Azospirillum brasilense.
著者: Truan, D. / Bjelic, S. / Li, X.D. / Winkler, F.K.
履歴
登録2014年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PII-LIKE PROTEIN PZ
B: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5894
ポリマ－24,5742
非ポリマー1,0142
水9,710539
1
A: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子

A: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子

A: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3836
ポリマ－36,8613
非ポリマー1,5223
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-48.5 kcal/mol
Surface area14420 Å2
手法PISA
2
B: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子

B: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子

B: PII-LIKE PROTEIN PZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3836
ポリマ－36,8613
非ポリマー1,5223
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-44.7 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.700, 85.700, 67.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2066-

HOH

21A-2070-

HOH

31A-2127-

HOH

41A-2179-

HOH

51A-2180-

HOH

61A-2181-

HOH

71B-2060-

HOH

81B-2122-

HOH

91B-2143-

HOH

101B-2199-

HOH

111B-2200-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PII-LIKE PROTEIN PZ


分子量: 12287.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) AZOSPIRILLUM BRASILENSE (バクテリア) / 参照: UniProt: P70731
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.29 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M MES PH 6.5, 40% PEG 200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月3日
詳細: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR AND A TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.53
反射解像度: 1.05→32.48 Å / Num. obs: 84996 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.21 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 1.05→1.1 Å / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CNY

4cny


解像度: 1.05→32.477 Å / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 4265 5 %
Rwork0.1592 --
obs0.1708 84994 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→32.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 62 539 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7372231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.911607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0501-1.06820.30222030.28463843X-RAY DIFFRACTION89
1.0682-1.08770.28632130.27714057X-RAY DIFFRACTION94
1.0877-1.10860.28512160.2734095X-RAY DIFFRACTION95
1.1086-1.13120.27942140.24764082X-RAY DIFFRACTION95
1.1312-1.15580.25652150.23964082X-RAY DIFFRACTION95
1.1558-1.18270.25742130.24174032X-RAY DIFFRACTION95
1.1827-1.21220.24662150.23574091X-RAY DIFFRACTION95
1.2122-1.2450.24112140.23884061X-RAY DIFFRACTION95
1.245-1.28160.24722140.24214072X-RAY DIFFRACTION95
1.2816-1.3230.25782150.24894088X-RAY DIFFRACTION95
1.323-1.37030.28532130.24924042X-RAY DIFFRACTION95
1.3703-1.42510.25582160.24114104X-RAY DIFFRACTION95
1.4251-1.48990.2562140.2344072X-RAY DIFFRACTION95
1.4899-1.56840.2382140.21954062X-RAY DIFFRACTION95
1.5684-1.66660.24782150.20634080X-RAY DIFFRACTION95
1.6666-1.79520.23222150.24084X-RAY DIFFRACTION95
1.7952-1.97570.21912140.16764081X-RAY DIFFRACTION95
1.9757-2.26110.18082150.13254085X-RAY DIFFRACTION95
2.2611-2.84680.16432150.10414070X-RAY DIFFRACTION95
2.8468-17.88660.15321870.08123551X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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