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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4co1 | ||||||
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タイトル | Structure of PII signaling protein GlnZ from Azospirillum brasilense in complex with adenosine diphosphate | ||||||
![]() | PII-LIKE PROTEIN PZ | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / GLNK-LIKE | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Truan, D. / Li, X.-D. / Winkler, F.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Thermodynamics of Effector Molecule Binding to the Nitrogen Signal Transduction Pii Protein Glnz from Azospirillum Brasilense. 著者: Truan, D. / Bjelic, S. / Li, X. / Winkler, F.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12287.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 MM ADP, 0.1 M NA HEPES PH 7.5, 25% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月3日 詳細: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR AND A TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.45 |
反射 | 解像度: 1.5→30.9 Å / Num. obs: 32015 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.32 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.78 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4CNY 解像度: 1.5→30.89 Å / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.275 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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