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- PDB-4cnm: Crystal structure of human 5T4 (Wnt-activated inhibitory factor 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cnm
タイトルCrystal structure of human 5T4 (Wnt-activated inhibitory factor 1, Trophoblast glycoprotein)
要素TROPHOBLAST GLYCOPROTEIN
キーワードCELL ADHESION / WAIF1 / TPBG / TROVAX / MVA-5T4 / CANCER / SIGNALING / LEUCINE-RICH REPEATS / WNT/BETA-CATENIN SIGNALING PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


mesenchymal cell migration / dendrite arborization / olfactory learning / positive regulation of chemotaxis / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of synapse assembly / axon terminus / cell chemotaxis / protein localization to plasma membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...mesenchymal cell migration / dendrite arborization / olfactory learning / positive regulation of chemotaxis / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of synapse assembly / axon terminus / cell chemotaxis / protein localization to plasma membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Trophoblast glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhao, Y. / Malinauskas, T. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Insights Into the Inhibition of Wnt Signaling by Cancer Antigen 5T4/Wnt-Activated Inhibitory Factor 1.
著者: Zhao, Y. / Malinauskas, T. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
履歴
登録2014年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPHOBLAST GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,93212
ポリマ－32,9001
非ポリマー2,03211
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.310, 67.310, 96.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TROPHOBLAST GLYCOPROTEIN / 5T4 ONCOFETAL ANTIGEN / WNT-ACTIVATED INHIBITORY FACTOR / 5T4 ONCOFETAL TROPHOBLAST GLYCOPROTEIN / ...5T4 ONCOFETAL ANTIGEN / WNT-ACTIVATED INHIBITORY FACTOR / 5T4 ONCOFETAL TROPHOBLAST GLYCOPROTEIN / 5T4 ONCOTROPHOBLAST GLYCOPROTEIN / M6P1


分子量: 32900.395 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 60-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PURD-5T4/WAIF1ECTO / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13641

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 130分子

#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE
結晶化詳細: THE CRYSTALLIZATION DROP CONTAINED 100 NL OF CONCENTRATED 5T4 (5.5 MG/ML), 100 NL OF 25% W/V POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M CITRATE PH 3.5, AND 0.5 NL OF 0.1 M NAOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.06
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月26日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49.31 Å / Num. obs: 33062 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZYJ

3zyj


解像度: 1.75→43.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.141 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22153 1674 5.1 %RANDOM
Rwork0.18172 ---
obs0.18365 31330 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å20 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 130 124 2455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8332.033298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9293.0035298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.435291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.223.889108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76215378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1661520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9432.061152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9422.0591151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8143.0751444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6562.8561270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 117 -
Rwork0.279 2247 -
obs--99.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.7534 Å / Origin y: -1.2691 Å / Origin z: -12.0136 Å
111213212223313233
T0.0833 Å2-0.0026 Å2-0.0007 Å2-0.0255 Å20.0066 Å2--0.0719 Å2
L1.4734 °2-0.3226 °20.1884 °2-0.1783 °2-0.0551 °2--1.4536 °2
S-0.0389 Å °-0.0897 Å °-0.0024 Å °-0.0045 Å °0.0091 Å °-0.0277 Å °0.0394 Å °-0.1719 Å °0.0298 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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