PDB-4cne: Crystal structure of E.coli TrmJ in complex with S-adenosyl-L- ho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cne

タイトル

Crystal structure of E.coli TrmJ in complex with S-adenosyl-L- homocysteine

要素

TRNA (CYTIDINE/URIDINE-2'-O-)-METHYLTRANSFERASE TRMJ

キーワード

TRANSFERASE / SPOUT

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (cytidine32/uridine32-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine(32)/uridine(32)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA nucleoside ribose methylation / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Van Laer, B. / Somme, J. / Roovers, M. / Steyaert, J. / Droogmans, L. / Versees, W.

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2014
タイトル: Characterization of Two Homologous 2'-O-Methyltransferases Showing Different Specificities for Their tRNA Substrates.
著者: Somme, J. / Van Laer, B. / Roovers, M. / Steyaert, J. / Versees, W. / Droogmans, L.

履歴

登録	2014年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cne.cif.gz	145.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cne.ent.gz	113.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cne.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cne	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4cndSC 4cnfC 4cngC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vus-16 2vut-14 2vut-13 2vus-13 1gqz-d 2vut-9 6ovp-d 3dpk-d 5nxk-1 2vuu-16 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRNA (CYTIDINE/URIDINE-2'-O-)-METHYLTRANSFERASE TRMJ

B: TRNA (CYTIDINE/URIDINE-2'-O-)-METHYLTRANSFERASE TRMJ

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.440, 72.850, 55.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRNA (CYTIDINE/URIDINE-2'-O-)-METHYLTRANSFERASE TRMJ / TRNA (CYTIDINE(32)/URIDINE(32)-2'-O)-METHYLTRANSFERASE / TRNA CM32/UM32 METHYLTRANSFERASE / TRMJ 分子量: 29420.516 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: P0AE01, tRNA (cytidine32/uridine32-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.16 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 / 詳細: 0.02M NA/KPO4, 0.1M MES PH6.5, 20% PEG3350, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 24619 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CND

4cnd

解像度: 1.9→19.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22753	1242	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.18236	23340	96.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	-0 Å²	-0.63 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2481	0	59	43	2583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.986	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.574	3	5828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.329	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.337	24.375	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.501	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.92	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.769	1.78	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.739	1.778	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.4	2.646	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.512	2.127	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	85	-
R_work	0.243	1575	-
obs	-	-	87.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.748	-2.622	1.9302	16.2681	6.7685	4.7828	0.3412	-0.3221	-0.7392	2.1812	0.0917	-0.4836	1.1335	-0.0409	-0.4329	0.7187	0.0225	-0.2123	0.1244	0.1919	0.4016	4.84	9.017	42.548
2	3.2922	0.5204	0.1351	5.8841	2.9276	3.2175	0.0162	-0.0938	0.0265	0.0911	-0.1675	0.5381	-0.019	-0.3846	0.1514	0.2447	-0.0065	0.0496	0.2003	0.0392	0.1277	-9.632	21.889	36.777
3	1.8547	-1.0803	-0.9138	4.9661	2.2306	2.5777	-0.0844	-0.0026	-0.1468	0.4889	0.0071	0.3914	0.272	-0.1421	0.0773	0.2631	-0.001	0.0662	0.1477	0.0618	0.0655	-6.617	16.995	38.763
4	14.5415	-11.6373	-6.5079	16.5584	9.3717	11.1269	0.1161	0.1941	-0.5693	0.1189	-0.072	1.6829	0.0557	-0.8046	-0.0442	0.1723	-0.0611	0.0231	0.1324	0.1428	0.4041	-17.236	14.587	34.84
5	2.9971	-4.1838	-3.8418	22.0381	9.9392	12.5452	-0.0838	0.0616	-0.1667	0.6499	-0.0592	0.6868	0.3269	-0.034	0.1431	0.2616	-0.0471	0.0922	0.1526	0.0978	0.1689	-10.029	11.629	41.273
6	6.6425	0.7444	-0.4981	2.8283	0.758	0.9145	-0.066	-0.4374	-0.0092	1.0073	0.1083	-0.0522	0.0905	-0.0492	-0.0423	0.463	0.0747	-0.0061	0.1714	0.032	0.036	-1.993	25.836	47.103
7	2.0877	1.7853	3.2628	8.9311	2.2656	5.1965	-0.2044	0.0057	0.002	-0.6284	0.271	-0.7406	-0.3506	-0.1201	-0.0665	0.1854	0.0447	0.1422	0.3018	0.1827	0.3658	7.595	36.47	34.899
8	2.9991	-0.6629	0.1775	3.6713	1.0964	1.387	0.0126	-0.1867	-0.0296	0.3953	0.2158	-0.3725	0.3335	0.2145	-0.2283	0.261	0.0364	-0.0432	0.177	0.0012	0.089	6.009	21.768	39.439
9	3.1141	-1.7035	-0.4886	4.2731	0.9824	1.549	-0.0509	-0.0305	0.072	0.1156	0.0965	0.0486	0.0013	-0.0878	-0.0457	0.2348	-0.0251	-0.0002	0.1949	0.0094	0.169	0.825	32.859	38.325
10	18.8328	-0.8278	-1.4467	12.3382	2.0364	1.7571	0.035	0.2142	0.8072	0.0055	0.1096	0.5702	-0.5048	-0.2809	-0.1447	0.2991	0.0283	-0.0018	0.135	0.0769	0.202	-0.316	32.067	19.911
11	6.4622	-1.8126	0.307	4.3622	0.7125	2.7365	0.0076	-0.0675	-0.1603	0.2571	0.1368	-0.2647	0.3123	0.1289	-0.1444	0.2549	0.0052	-0.0177	0.1766	0.0052	0.1141	4.737	16.035	31.593
12	5.9098	-4.1505	0.2164	26.3565	5.533	8.1107	-0.1158	0.567	0.4947	-1.5462	0.3705	-0.7269	-0.8544	0.6207	-0.2546	0.2255	-0.0809	0.0505	0.1994	0.1095	0.1555	7.262	29.859	10.762
13	5.9451	3.2009	-0.2101	6.9	-0.5665	2.6724	0.0115	0.0587	0.1179	-0.1947	-0.1506	0.1764	-0.0964	0.0361	0.139	0.2321	0.0186	0.0071	0.2336	0.038	0.1115	-3.766	14.985	10.481
14	6.3649	3.413	-0.5725	6.1446	0.4313	0.9056	0.0665	0.1161	0.2751	0.0689	-0.0776	0.2411	-0.1499	-0.0749	0.0112	0.2012	0.0137	0.0107	0.2013	0.0507	0.1106	-5.18	22.437	16.816
15	2.3629	0.8616	-0.1486	4.7815	0.0929	2.4959	-0.0416	0.1166	0.3496	-0.0723	-0.0427	0.6049	-0.1287	-0.3603	0.0844	0.1886	0.0249	-0.0327	0.2197	0.0373	0.1536	-11.992	16.458	9.362
16	2.4004	0.3838	0.2991	3.0161	0.4063	1.8076	-0.0599	0.1954	0.103	-0.2462	-0.062	0.2743	-0.1947	0.0857	0.1218	0.1813	0.0135	0.0139	0.2086	0.0519	0.0538	-4.082	16.688	7.975
17	0.282	1.3488	1.5077	11.1489	13.1679	15.7163	-0.3715	-0.105	-0.1456	0.0589	0.9267	-0.3556	0.3493	1.3494	-0.5552	1.2137	0.7279	0.3397	0.6234	0.0315	0.6169	4.413	-1.269	21.551
18	2.8919	-3.6317	-3.3202	15.225	7.0537	9.4293	0.0031	-0.0281	-0.4673	0.5854	-0.075	0.1773	0.615	-0.2599	0.0719	0.1607	0.0281	-0.0121	0.1954	0.034	0.1667	9.654	3.206	16.604
19	2.6807	0.5653	1.0545	3.0484	0.7646	1.8757	0.0193	0.312	0.1935	-0.1723	0.0304	-0.3557	-0.0781	0.4366	-0.0497	0.2015	0.0069	0.0464	0.2755	0.0522	0.1432	7.198	14.64	12.413
20	4.7035	0.2728	0.2462	2.859	-0.0347	2.0633	-0.0962	0.2909	-0.2341	-0.2049	0.0098	0.142	0.2644	0.0038	0.0863	0.2276	0.0432	0.0408	0.2131	0.0133	0.1184	1.223	2.922	12.233
21	11.2433	2.377	0.1788	9.2184	-4.5116	11.9921	0.0806	-0.464	-0.4691	0.6471	0.1034	0.4227	0.3243	-0.2045	-0.184	0.2828	0.0264	0.0074	0.1124	0.0347	0.1218	0.363	5.374	31.096
22	4.1754	0.4815	-0.2054	3.1409	-0.012	3.0028	-0.0544	0.1628	0.2252	0.0538	0.0296	-0.2555	-0.1685	0.1812	0.0248	0.2023	-0.0049	-0.0027	0.1979	0.0353	0.121	4.462	19.373	21.034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	23 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 51
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	52 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	62 - 79
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	80 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	93 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	117 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	136 - 142
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	143 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	-5 - 2
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	3 - 14
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	15 - 31
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	32 - 46
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	47 - 80
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	81
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	87 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	94 - 116
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	117 - 133
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	134 - 140
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	141 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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