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- PDB-4cn7: Crystal Structure of the Human Retinoid X Receptor DNA-Binding Do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cn7
タイトルCrystal Structure of the Human Retinoid X Receptor DNA-Binding Domain Bound to an idealized DR1 Response Element
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP *AP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP *AP*GP)-3'
  • RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Osz, J. / Rochel, N.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Natural Promoter Recognition by the Retinoid X Nuclear Receptor.
著者: Osz, J. / Mcewen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Moutier, E. / Birck, C. / Davidson, I. / Moras, D. / Rochel, N.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
B: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
C: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP *AP*GP)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP *AP*GP)-3'
E: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
F: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
G: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP *AP*GP)-3'
H: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP *AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,27419
ポリマ－60,6448
非ポリマー63011
水2,720151
1
E: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
F: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
G: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP *AP*GP)-3'
H: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP *AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5848
ポリマ－30,3224
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-22.9 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
2
A: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
B: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
C: 5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP *AP*GP)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP *AP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,69011
ポリマ－30,3224
非ポリマー3687
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-57.1 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.630, 65.350, 209.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質
RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 2 GROUP B MEMBER 1 / RETINOID X RECEPTOR ALPHA


分子量: 10262.926 Da / 分子数: 4 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 130-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHXGW / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP *AP*GP)-3'


分子量: 4947.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP *AP*GP)-3'


分子量: 4849.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 162分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M NH4CL, 0.1M MGCL2, 0.1M MOPS PH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→40.8 Å / Num. obs: 22310 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 65.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DSZ

1dsz


解像度: 2.34→40.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9386 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.369 / SU Rfree Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.204
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 1113 5 %RANDOM
Rwork0.1731 ---
obs0.175 22248 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.8228 Å20 Å20 Å2
2---2.8691 Å20 Å2
3---20.6918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.445 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→40.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 1300 11 151 3925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013953HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.265559HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1684SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes439HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3953HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion509SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3918SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.45 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3236 126 4.99 %
Rwork0.2552 2397 -
all0.2585 2523 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42620.48360.86095.43970.44298.0432-0.1715-0.139-0.12170.24230.14980.40650.28890.0090.02170.2146-0.0086-0.0645-0.304-0.0059-0.19020.1029-6.5646-3.5694
23.09821.47040.21355.89520.29725.34670.1414-0.03230.05120.1644-0.02760.0468-0.54420.1349-0.11380.2006-0.0420.0056-0.23390.0245-0.233712.619716.476316.4697
34.5038-0.7758-0.94688.31550.18898.31540.108-0.21650.4757-0.21010.099-0.2003-0.5442-0.5426-0.2070.15190.12330.043-0.233-0.0041-0.291811.779717.605463.2835
44.5210.69311.21873.45880.04447.59850.1219-0.1944-0.1809-0.07050.01680.3234-0.0738-0.5442-0.1387-0.03050.00770.0102-0.08970.048-0.16761.04333.090635.5661
51.56281.00181.89951.57892.20027.55410.06340.2493-0.2073-0.16760.30730.04010.13180.5442-0.37060.23210.0618-0.0475-0.1795-0.0537-0.224115.02010.75712.6435
61.453-0.36472.84641.86391.25948.31540.16680.0031-0.02150.43110.09760.06160.46350.1903-0.26440.20280.0783-0.0115-0.06320.0764-0.28113.30054.592653.1785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|127 - A|302 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|132 - B|302 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ E|131 - E|302 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ F|131 - F|302 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|1 - C|16 D|1 - D|16 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|1 - G|16 H|1 - H|16 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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