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- PDB-4clv: Crystal Structure of dodecylphosphocholine-solubilized NccX from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4clv
タイトルCrystal Structure of dodecylphosphocholine-solubilized NccX from Cupriavidus metallidurans 31A
要素NICKEL-COBALT-CADMIUM RESISTANCE PROTEIN NCCX
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / NICKEL-COBALT RESISTANCE
機能・相同性Heavy-metal resistance protein / Heavy-metal resistance / response to cadmium ion / PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATE ION / Nickel-cobalt-cadmium resistance protein NccX
機能・相同性情報
生物種CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Legrand, P. / Girard, E. / Petit-Hartlein, I. / Maillard, A.P. / Coves, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The X-Ray Structure of Nccx from Cupriavidus Metallidurans 31A Illustrates Potential Dangers of Detergent Solubilization When Generating and Interpreting Crystal Structures of Membrane Proteins.
著者: Ziani, W. / Maillard, A.P. / Petit-Hartlein, I. / Garnier, N. / Crouzy, S. / Girard, E. / Coves, J.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32015年3月25日Group: Atomic model
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICKEL-COBALT-CADMIUM RESISTANCE PROTEIN NCCX
B: NICKEL-COBALT-CADMIUM RESISTANCE PROTEIN NCCX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,82618
ポリマ－33,4242
非ポリマー1,40216
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.800, 53.800, 300.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.962, -0.092, -0.256), (0.009, -0.952, 0.307), (-0.272, 0.293, 0.917)
ベクター: -5.392, -10.625, 0.57)

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要素

#1: タンパク質 NICKEL-COBALT-CADMIUM RESISTANCE PROTEIN NCCX


分子量: 16712.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS (バクテリア)
株: 31A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q44582
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 14 % PEG4000 0.1 M NA-ACETATE PH 4.5 0.1 M ZN-ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.28202
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月3日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→47.38 Å / Num. obs: 8629 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.6 % / Biso Wilson estimate: 132.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 3.12→3.34 Å / 冗長度: 25.2 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.12→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9374 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.432
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 430 5 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.2517 8604 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 164.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.0805 Å20 Å20 Å2
2---22.0805 Å20 Å2
3---44.161 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.315 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 52 0 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092308HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.043128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d834SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes334HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2308HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion298SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2657SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.49 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 118 4.99 %
Rwork0.2815 2247 -
all0.2822 2365 -
obs--99.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.1024 Å / Origin y: -1.068 Å / Origin z: 26.7969 Å
111213212223313233
T0.304 Å2-0.0085 Å20.0024 Å2--0.304 Å2-0.1014 Å2---0.0104 Å2
L2.4672 °2-0.2458 °2-0.0397 °2-4.2495 °20.5229 °2--6.7292 °2
S0.3445 Å °0.1511 Å °0.1335 Å °0.2902 Å °-0.1447 Å °-0.062 Å °-0.5442 Å °0.4455 Å °-0.1998 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAINS A AND B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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