- PDB-4cjg: Spectroscopically validated structure of the 5 coordinate proxima... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4cjg
タイトル
Spectroscopically validated structure of the 5 coordinate proximal NO adduct of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans
要素
CYTOCHROME C'
キーワード
ELECTRON TRANSPORT / RESONANCE RAMAN / NITROSYL / PROXIMAL
機能・相同性
機能・相同性情報
electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c prime / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c, class II / Cytochrome C' / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性
モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.26→45 Å / Num. obs: 40695 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度: 1.26→1.28 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.7
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0049
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.26→46.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.779 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19465
2071
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.16161
-
-
-
obs
0.16322
38619
95.52 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK