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- PDB-4cjc: orthorhombic crystal form of Bogt6a E192Q in complex with UDP-Gal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cjc
タイトルorthorhombic crystal form of Bogt6a E192Q in complex with UDP-GalNAc, UDP, GalNAc
要素GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
キーワードTRANSFERASE / ORTHORHOMBIC FORM / METAL-INDEPENDENT / HYDROLYSED PRODUCTS
機能・相同性
機能・相同性情報


hexosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / nucleotide binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase family 6
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES OVATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Pham, T. / Stinson, B. / Thiyagarajan, N. / Lizotte-Waniewski, M. / Brew, K. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structures of Complexes of a Metal-Independent Glycosyltransferase Gt6 from Bacteroides Ovatus with Udp-Galnac and its Hydrolysis Products.
著者: Pham, T.T.K. / Stinson, B. / Thiyagarajan, N. / Lizotte-Waniewski, M. / Brew, K. / Acharya, K.R.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
B: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
C: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
D: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,61410
ポリマ－116,1484
非ポリマー2,4656
水00
1
A: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6442
ポリマ－29,0371
非ポリマー6071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6623
ポリマ－29,0371
非ポリマー6252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6442
ポリマ－29,0371
非ポリマー6071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6623
ポリマ－29,0371
非ポリマー6252
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.120, 120.150, 131.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY 6 / GLYCOSYLTRANSFERASE


分子量: 29037.072 Da / 分子数: 4 / 断片: ACTIVE SITE, RESIDUES 1-246 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTEROIDES OVATUS (バクテリア) / プラスミド: PET42B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A7LVT2, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UD2 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE / (2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate / UDP-GalNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
配列の詳細WITH HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M LI2SO4, 0.1M BIS TRIS, PH 5.5, 20 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 289.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→88.8 Å / Num. obs: 17402 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 91.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.42→3.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CJB

4cjb


解像度: 3.42→88.802 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3141 876 5.1 %
Rwork0.2835 --
obs0.2851 17264 96.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→88.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7962 0 158 0 8120
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20611413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6023107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4201-3.63440.44731430.3732766X-RAY DIFFRACTION100
3.6344-3.91510.42971480.38672316X-RAY DIFFRACTION85
3.9151-4.3090.34121430.2992752X-RAY DIFFRACTION99
4.309-4.93250.27941400.2512793X-RAY DIFFRACTION100
4.9325-6.21420.32211600.26632809X-RAY DIFFRACTION99
6.2142-88.83150.24091420.25342952X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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