PDB-4cj2: Crystal structure of HEWL in complex with affitin H4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cj2

タイトル

Crystal structure of HEWL in complex with affitin H4

要素

AFFITIN H4
LYSOZYME C

キーワード

HYDROLASE/DE NOVO PROTEIN / HYDROLASE-DE NOVO PROTEIN COMPLEX / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Correa, A. / Pacheco, S. / Mechaly, A.E. / Obal, G. / Behar, G. / Mouratou, B. / Oppezzo, P. / Alzari, P.M. / Pecorari, F.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Potent and Specific Inhibition of Glycosidases by Small Artificial Binding Proteins (Affitins)
著者: Correa, A. / Pacheco, S. / Mechaly, A.E. / Obal, G. / Behar, G. / Mouratou, B. / Oppezzo, P. / Alzari, P.M. / Pecorari, F.

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月28日	Group: Database references
改定 1.2	2018年5月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cj2.cif.gz	179.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cj2.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cj0C 4cj1C 1gwdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bqa-1 6urj-d 6us0-d 6urk-d 2rem-1 1pp0-2 1u9b-d 6usi-d 4dvl-2 6us7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: LYSOZYME C

B: LYSOZYME C

C: AFFITIN H4

D: AFFITIN H4

ヘテロ分子

50.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: LYSOZYME C

C: AFFITIN H4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: LYSOZYME C

D: AFFITIN H4

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.889, 62.813, 87.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	1 - 129	19 - 147
2	1	LYS	LYS	LEU	LEU	B	B	1 - 129	19 - 147
1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	2 - 63	13 - 74
2	2	VAL	VAL	ARG	ARG	D	D	2 - 63	13 - 74

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	LYSOZYME C / LYSOZYME / GAL D 4 / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: タンパク質	AFFITIN H4 分子量: 9053.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13123*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / タイプ: ESRF / 波長: 0.97
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→43.05 Å / Num. obs: 62347 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GWD

1gwd

解像度: 1.5→43.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.413 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17811	3148	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13673	-	-	-
obs	0.13879	59169	96.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.116 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.88 Å²	0 Å²	-0.33 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3001	0	12	358	3371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.884	1.922	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.539	3.005	6616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.683	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.595	23.557	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.949	15	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.102	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.177	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.731	3	5978
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	36.097	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	17.84	5	6155

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7401	0.09
1	2	B	7401	0.09
2	1	C	3483	0.14
2	2	D	3483	0.14

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	223	-
R_work	0.208	4286	-
obs	-	-	94.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0081	-0.0018	-0.0033	0.0018	0.0016	0.0052	0.0002	-0.0004	-0.0008	0.0005	0	-0.0002	0.0002	-0.0001	-0.0002	0.0009	-0.0002	0.0006	0.0043	0.0001	0.0063	12.2418	-15.279	25.5979
2	0.0046	-0.0057	-0.0062	0.0075	0.0058	0.0201	0.0017	0.0011	0.0006	-0.0018	-0.0008	-0.0008	-0.0046	-0.0027	-0.0009	0.0018	0.0002	0.001	0.0051	0	0.0065	-3.0797	8.8795	16.9839
3	0.0263	0.0132	-0.0362	0.0377	-0.0318	0.1397	-0.005	-0.0008	-0.0013	0.0016	-0.0007	-0.0028	0.0065	-0.002	0.0057	0.0015	0.0001	0.0005	0.0035	-0.0004	0.0067	-12.2433	0.7538	-1.3303
4	0.0049	-0.0141	-0.005	0.0412	0.0144	0.1012	0	-0.0005	-0.0003	-0.0005	0.0001	0.0001	-0.0001	0.0027	-0.0001	0.0001	-0.0002	0.0009	0.0044	0.0007	0.0066	-0.1497	-20.5858	43.0136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 63

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