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万見
- PDB-4ciz: Crystal structure of the complex of the Cellular Retinal Binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ciz
タイトルCrystal structure of the complex of the Cellular Retinal Binding Protein with 9-cis-retinal
要素RETINALDEHYDE-BINDING PROTEIN 1
キーワードISOMERASE / RETINALDEHYDE BINDING PROTEIN / VISUAL CYCLE / 9-CIS-RETINAL / CELLULAR RETINAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to RDH5 loss of function / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / retinol binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body / centrosome ...Defective visual phototransduction due to RDH5 loss of function / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / retinol binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body / centrosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) ...N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / L(+)-TARTARIC ACID / Retinaldehyde-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.403 Å
データ登録者Bolze, C.S. / Helbling, R.E. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. / Pompidor, G. / Dworkowski, F. / Fuchs, M.R. / Furrer, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. ...Bolze, C.S. / Helbling, R.E. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. / Pompidor, G. / Dworkowski, F. / Fuchs, M.R. / Furrer, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. / Cascella, M. / Stocker, A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Human Cellular Retinaldehyde-Binding Protein Has Secondary Thermal 9-Cis-Retinal Isomerase Activity.
著者: Bolze, C.S. / Helbling, R.E. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. / Pompidor, G. / Dworkowski, F. / Fuchs, M.R. / Furrer, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. / Cascella, M. / Stocker, A.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINALDEHYDE-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9493
ポリマ－36,5141
非ポリマー4352
水724
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.556, 70.556, 299.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 RETINALDEHYDE-BINDING PROTEIN 1 / CELLULAR RETINALDEHYDE-BINDING PROTEIN / CELLULAR RETINALDEHYDE BINDING PROTEIN


分子量: 36514.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12271
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細RETINAL (RET): 9-CIS-RETINAL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月14日 / 詳細: M1
放射モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47.36 Å / Num. obs: 6770 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.74 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 115.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 22.68
反射 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HY5

3hy5


解像度: 3.403→47.356 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 576 5 %
Rwork0.234 --
obs0.2356 6704 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.805 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 102.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.8611 Å20 Å20 Å2
2--8.8611 Å20 Å2
3----17.7223 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.403→47.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 24 4 2345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5673227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.84923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4026-3.74490.44241420.35282694X-RAY DIFFRACTION99
3.7449-4.28640.24241430.2732696X-RAY DIFFRACTION100
4.2864-5.39930.23211480.20872739X-RAY DIFFRACTION100
5.3993-47.36040.25091430.20552718X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8860.9865-0.55614.59011.52539.62210.3-0.31770.05680.8084-0.1019-0.4012-0.8162-0.9783-0.24582.1994-0.4736-0.04111.9958-0.55621.4079-5.591837.601727.3286
22.0519-3.47123.11376.97285.57382.0071.5039-1.24441.46861.26910.8299-0.9692-1.32340.0174-2.28952.9085-0.45930.16051.9403-0.32181.6348-11.841530.791136.6263
38.34-4.271.32939.6397-2.87572.18930.8681-2.2281-0.8490.6311-1.38260.43180.02170.91340.53861.3719-0.657-0.2953.06480.35081.622-0.118911.713542.8589
42.93721.298-1.28299.46535.89437.75460.033-0.2465-0.0152-0.38990.2387-1.0539-0.41961.4365-0.46231.5295-1.0821-0.32772.61470.36131.6536.567916.80436.9401
51.23141.7657-0.63644.6137-0.48755.18210.4016-1.319-1.12-0.0972-1.2266-1.6078-1.37171.70760.72751.4786-0.5713-0.32211.64640.19941.67753.560214.780525.7713
64.8858-1.4558-0.999110.01851.5019.261-0.2844-0.13940.5531-1.0291-1.0833-0.9428-1.7491.17071.19571.547-0.6263-0.28591.36850.02451.3942.158423.410413.0419
73.254-0.0841-1.1448.26161.34765.73620.2582-0.1726-0.3769-1.4528-1.2033-0.7484-1.31961.2170.581.8375-0.7763-0.18631.1086-0.07051.1457-5.078618.198412.8337
82.89042.9399-0.4119.8943-2.82372.6632-0.0025-0.12890.76310.2197-0.32070.6423-1.5326-0.23290.27592.0082-0.3464-0.29660.9124-0.16831.4094-10.764927.553711.1747
92.70050.7439-0.37944.78880.714.1568-0.9161-0.1066-0.2602-0.0904-0.9511-0.63080.14891.08751.07443.3329-2.85540.29411.1558-0.20761.962410.097932.340315.3244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 23:41)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 42:55)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 56:85)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 86:98)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 99:143)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 144:185)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 186:255)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 256:295)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 296:306)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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