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- PDB-4cii: Crystal structure of N-terminally truncated Helicobacter pylori T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cii
タイトルCrystal structure of N-terminally truncated Helicobacter pylori T4SS Protein CagL as domain swapped dimer
要素CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18)
キーワードPROTEIN BINDING / ADHESION / RGD MOTIF / INTEGRIN BINDING / TYPE IV SECRETION / T4S / VIRULENCE / HP0539
機能・相同性: / T4SS protein CagL / Cag pathogenicity island protein (Cag18)
機能・相同性情報
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Barden, S. / Schomburg, B. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of a Three-Dimensional Domain-Swapped Dimer of the Helicobacter Pylori Type Iv Secretion System Pilus Protein Cagl.
著者: Barden, S. / Schomburg, B. / Conradi, J. / Backert, S. / Sewald, N. / Niemann, H.H.
履歴
登録2013年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8652
ポリマ－25,7471
非ポリマー1181
水82946
1
A: CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18)
ヘテロ分子

A: CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7314
ポリマ－51,4942
非ポリマー2362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area6750 Å2
ΔGint-77.9 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.841, 61.841, 244.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2038-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN (CAG18) / CAG PATHOGENICITY ISLAND PROTEIN 18


分子量: 25747.236 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 21-237 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FRAGMENT OF UNSPECIFIC N-TERMINAL PROTEOLYSIS OF CAGL(AA21-237)-LEHHHHHH IN THE CRYSTALLISATION DROP
由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: PET28-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: O25272
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINALLY (SIGNAL PEPTIDE) TRUNCATED CAGL (AA21-237) WITH A C-TERMINAL EXPRESSION TAG (LEHHHHHH)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.2
詳細: 100 MM CITRATE/PHOSPHATE PH 4.2, 40% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 6.4% TERT-BUTANOL. VAPOR DIFFUSION AT 277 K WITH DROP RATIO OF 2:1 PROTEIN TO RESERVOIR.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→44.75 Å / Num. obs: 16080 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 30.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CZI

3czi


解像度: 2.15→40.282 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 784 4.9 %
Rwork0.1985 --
obs0.2003 15977 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1443 0 8 46 1497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9682035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.573593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.28470.26211300.23652443X-RAY DIFFRACTION99
2.2847-2.46110.21761190.19662450X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.70870.24571320.17292474X-RAY DIFFRACTION100
2.7087-3.10060.24231250.18212522X-RAY DIFFRACTION100
3.1006-3.90590.2231450.19122547X-RAY DIFFRACTION100
3.9059-40.28860.24241330.20892757X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.26370.61291.46055.1948-0.0757.8466-0.0653-0.7160.16350.8129-0.2531-0.4199-0.63560.3070.12420.2348-0.066-0.06510.3011-0.00340.236724.2325-18.345527.9105
21.84020.02193.10843.1895-0.54375.2266-0.86740.22310.4924-0.7590.07530.0112-1.8959-0.03630.27740.7506-0.1711-0.21340.46810.11940.44059.7116-13.7497-8.8105
33.0180.5163.13150.8699-1.08549.1376-0.4431.00170.1313-0.33750.13530.10560.13181.2853-0.09190.2837-0.1333-0.05610.40830.0060.247717.833-22.37560.3047
41.2578-0.3984-2.12870.68290.38012.5687-0.0471-0.09240.1456-0.1238-0.0909-0.2418-0.2350.80510.14750.3188-0.12420.04850.3628-0.00810.265517.5803-23.306360.2615
52.9451.34182.64523.7973.16743.68120.1129-0.08670.04040.4544-0.14870.12221.183-0.0403-0.03980.3608-0.15940.03580.5036-0.12320.288520.2948-13.8897104.8281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 61:90)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 91:125)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 126:178)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 179:208)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 209:240)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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