PDB-3r6n: Crystal structure of a rigid four spectrin repeat fragment of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r6n

タイトル

Crystal structure of a rigid four spectrin repeat fragment of the human desmoplakin plakin domain

要素

Desmoplakin

キーワード

CELL ADHESION / spectrin repeat / SH3 domain / desmosome

機能・相同性

機能・相同性情報

bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / protein localization to cell-cell junction / ventricular compact myocardium morphogenesis / epithelial cell-cell adhesion / intermediate filament organization / intermediate filament cytoskeleton organization / desmosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Choi, H.-J. / Weis, W.I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a rigid four-spectrin-repeat fragment of the human desmoplakin plakin domain.
著者: Choi, H.J. / Weis, W.I.

履歴

登録	2011年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r6n.cif.gz	383.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r6n.ent.gz	319.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/3r6n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4tsh-d 4oi9-d 4oia-1 4cii-1 2x3w-2 122 3c8g-d 3qni-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Desmoplakin

B: Desmoplakin

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Desmoplakin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Desmoplakin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.520, 82.520, 139.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.540, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Desmoplakin / DP / 250/210 kDa paraneoplastic pemphigus antigen 分子量: 53291.738 Da / 分子数: 2 / 断片: Plakin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P15924
#2: 化合物	ChemComp-D1D / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / 1,2-ジチアン-4β,5α-ジオ-ル分子量: 152.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (pH 8.5), 4mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.946→45.691 Å / Num. all: 30845 / Num. obs: 30845 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 16.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.95-3.03	2.6	0.365	2	5748	2187	0.365	96.7
3.03-3.11	3	0.283	2.6	6623	2227	0.283	100
3.11-3.2	3	0.212	3.5	6491	2181	0.212	100
3.2-3.3	3	0.173	4.2	6249	2098	0.173	100
3.3-3.41	3	0.126	5.8	6049	2035	0.126	100
3.41-3.53	3	0.098	7.4	5788	1952	0.098	100
3.53-3.66	3	0.079	8.9	5669	1911	0.079	100
3.66-3.81	3	0.067	10.6	5461	1842	0.067	100
3.81-3.98	3	0.058	12.1	5146	1728	0.058	100
3.98-4.17	3	0.054	12.6	5064	1705	0.054	100
4.17-4.4	2.9	0.047	14.2	4753	1612	0.047	100
4.4-4.66	3	0.041	15.9	4541	1527	0.041	99.9
4.66-4.99	3	0.037	16.5	4147	1403	0.037	99.8
4.99-5.39	3	0.038	15.8	3894	1319	0.038	99.9
5.39-5.9	3	0.044	13.5	3698	1249	0.044	99.8
5.9-6.6	2.9	0.041	14.4	3171	1087	0.041	99.4
6.6-7.62	2.9	0.036	16.4	2945	1001	0.036	99.5
7.62-9.33	2.9	0.033	15.5	2398	826	0.033	98.9
9.33-13.19	2.9	0.028	21.5	1801	626	0.028	97
13.19-56.98	2.8	0.033	18.3	910	329	0.033	88.2

-
位相決定

位相決定

手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
PHASER		位相決定
SnB		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→45.653 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.78 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2648	3090	10.04 %	RANDOM
R_work	0.2164	-	-	-
obs	0.2212	30776	99.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.143 Å² / k_sol: 0.283 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.25 Å² / B_iso mean: 105.199 Å² / B_iso min: 46.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1791 Å²	-0 Å²	-10.1428 Å²
2-	-	0.7438 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.9229 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→45.653 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7454	0	32	0	7486

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.59	10281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1102
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1320
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.833	2965

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.95-2.9961	0.3523	121	0.3516	1179	1300	95
2.9961-3.0452	0.3199	121	0.3213	1294	1415	100
3.0452-3.0977	0.3898	151	0.3171	1219	1370	100
3.0977-3.154	0.3728	153	0.31	1254	1407	100
3.154-3.2147	0.3053	139	0.2967	1252	1391	100
3.2147-3.2803	0.3815	143	0.2873	1283	1426	100
3.2803-3.3516	0.2947	152	0.2839	1232	1384	100
3.3516-3.4295	0.3329	136	0.2731	1269	1405	100
3.4295-3.5152	0.308	132	0.2596	1272	1404	100
3.5152-3.6103	0.2724	155	0.2545	1230	1385	100
3.6103-3.7164	0.305	147	0.2398	1271	1418	100
3.7164-3.8363	0.2845	137	0.2525	1237	1374	100
3.8363-3.9734	0.3245	132	0.2358	1278	1410	100
3.9734-4.1324	0.281	150	0.2274	1264	1414	100
4.1324-4.3203	0.2708	151	0.2087	1271	1422	100
4.3203-4.5479	0.252	142	0.1831	1251	1393	100
4.5479-4.8325	0.2288	142	0.1819	1270	1412	100
4.8325-5.2052	0.2457	132	0.178	1283	1415	100
5.2052-5.7281	0.2871	120	0.2327	1285	1405	100
5.7281-6.5549	0.2858	150	0.2532	1265	1415	99
6.5549-8.2505	0.2492	144	0.1802	1282	1426	99
8.2505-45.6582	0.1706	140	0.1467	1245	1385	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6399	-0.3274	0.4857	-0.0228	-1.4677	7.0559	-0.0743	0.1403	0.1861	0.038	-0.017	-0.0089	-0.4445	0.0984	0.0351	0.7875	-0.1578	-0.0478	0.5246	0.1565	0.7009	-26.9969	27.9597	-78.7457
2	0.0874	0.0134	-0.5644	-0.0187	1.1846	5.5756	-0.0123	-0.4265	0.0664	-0.2308	0.1861	-0.165	-0.7446	0.6759	-0.2344	0.7312	-0.0281	-0.0092	1.1667	-0.0573	0.7681	-23.6396	23.9283	-10.0034
3	1.3723	0.321	-0.0324	2.4594	1.6051	4.6929	-0.0223	0.1261	-0.0254	-0.0318	0.0355	0.1975	0.4059	-0.5442	0.051	0.5116	-0.0315	0.012	0.7014	0.1038	0.6377	-28.1787	10.6695	-40.4637
4	2.1599	-0.8672	0.3218	-0.0851	-0.2951	1.7522	-0.4069	-0.7061	-0.0595	0.2144	0.506	0.0089	0.3973	0.6833	-0.0296	1.1087	0.2207	0.0337	1.1453	-0.0158	0.6767	-33.3596	25.0133	26.0571
5	0.9939	-1.6362	-0.0775	6.4449	2.0562	1.4373	-0.0508	-0.2774	-0.0073	-0.116	-0.0921	0.5559	0.1503	-0.2507	0.1106	0.5798	0.0483	-0.0325	0.7168	-0.1121	0.7682	8.6959	-15.2486	-45.3467
6	0.9806	-1.5527	0.2944	2.2431	1.663	1.1181	0.4932	0.2717	-0.0699	-0.4426	-0.1325	-0.6817	0.0308	0.0523	-0.1162	0.7919	0.0713	0.0943	1.0411	-0.1136	1.1538	-11.4219	49.7123	-31.6638
7	1.1706	-1.0235	0.4429	3.1625	-0.4257	1.006	-0.094	0.0521	-0.1626	0.9273	-0.1014	-0.282	0.1127	-0.0164	-0.0256	1.0615	0.269	-0.2055	1.0372	-0.3519	1.2272	0.5661	19.44	-22.7671
8	2.1898	-1.1151	0.3307	0.5949	-1.0245	1.5486	-0.0864	-0.2674	0.3228	0.3243	0.1819	-0.1214	-0.4757	0.0241	-0.0417	1.0412	0.1031	0.0657	0.6893	0.0282	0.7863	-32.5461	77.2884	-20.7872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 178:379	A	178 - 379
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 380:459	A	380 - 459
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 460:529	A	460 - 529
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 530:627	A	530 - 627
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 179:379	B	179 - 379
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 380:459	B	380 - 459
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 460:529	B	460 - 529
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 530:625	B	530 - 625

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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