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- PDB-4ci6: Mechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by YopO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ci6
タイトルMechanisms of crippling actin-dependent phagocytosis by YopO
要素
  • ACTIN
  • PROTEIN KINASE YOPO
キーワードTRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX / BUBONIC PLAGUE
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine protein kinase, yersinia-type / YpkA, Rac1-binding domain / Rac1-binding domain, C-terminal / Rac1-binding domain, N-terminal / Rac1-binding domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site ...Serine/threonine protein kinase, yersinia-type / YpkA, Rac1-binding domain / Rac1-binding domain, C-terminal / Rac1-binding domain, N-terminal / Rac1-binding domain / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin / YopO
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Lee, W.L. / Grimes, J.M. / Robinson, R.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Yersinia Effector Yopo Uses Actin as Bait to Phosphorylate Proteins that Regulate Actin Polymerization.
著者: Lee, W.L. / Grimes, J.M. / Robinson, R.C.
履歴
登録2013年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32015年3月18日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTIN
B: PROTEIN KINASE YOPO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0804
ポリマ－113,5322
非ポリマー5472
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area41130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.799, 121.850, 89.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ACTIN


分子量: 41755.617 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 89-729 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G3CKA6
#2: タンパク質 PROTEIN KINASE YOPO


分子量: 71776.875 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA ENTEROCOLITICA (腸炎エルシニア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93KQ6
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M SODIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: LN2-COOLED, FIXED-EXIT DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 41770 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.75
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / % possible all: 75.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3HBT, 2H7O

3hbt

2h7o


解像度: 2.651→20.022 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 2107 5 %
Rwork0.1856 --
obs0.1873 41765 95.45 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→20.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7315 0 32 171 7518
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60510142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9172793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6508-2.71230.28621180.25441931X-RAY DIFFRACTION71
2.7123-2.780.30231170.24952262X-RAY DIFFRACTION82
2.78-2.85490.32241310.25452420X-RAY DIFFRACTION88
2.8549-2.93870.32441240.25722619X-RAY DIFFRACTION94
2.9387-3.03320.29661320.2352731X-RAY DIFFRACTION99
3.0332-3.14120.2911490.23262769X-RAY DIFFRACTION100
3.1412-3.26650.24251370.2192752X-RAY DIFFRACTION100
3.2665-3.41450.24721480.2152765X-RAY DIFFRACTION100
3.4145-3.59350.22161530.19132761X-RAY DIFFRACTION100
3.5935-3.81720.20491380.18122763X-RAY DIFFRACTION100
3.8172-4.10960.20841420.15722773X-RAY DIFFRACTION100
4.1096-4.51880.17131440.14332765X-RAY DIFFRACTION100
4.5188-5.16290.17851620.15172767X-RAY DIFFRACTION100
5.1629-6.46810.21211540.18292781X-RAY DIFFRACTION100
6.4681-20.0230.16841580.14662799X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.406 Å / Origin y: 26.8596 Å / Origin z: 12.1554 Å
111213212223313233
T0.1993 Å2-0.0061 Å2-0.0147 Å2-0.1932 Å2-0.0241 Å2--0.2136 Å2
L0.2312 °20 °20.0464 °2-0.8529 °2-0.1863 °2--0.4696 °2
S0.0249 Å °-0.0258 Å °0 Å °-0.0217 Å °-0.0027 Å °0.0321 Å °0.0639 Å °0.0111 Å °-0.0153 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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