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- PDB-4ci4: Structural basis for GL479 a dual Peroxisome Proliferator-Activat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ci4
タイトルStructural basis for GL479 a dual Peroxisome Proliferator-Activated Receptor alpha agonist
要素PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
キーワードTRANSFERASE / DUAL AGONIST / PPAR / NUCLEAR RECEPTOR / GL479
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process ...positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of ketone metabolic process / cellular response to fructose stimulus / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / lipoprotein metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / behavioral response to nicotine / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of ATP biosynthetic process / NFAT protein binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / epidermis development / phosphatase binding / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / nitric oxide metabolic process / negative regulation of blood pressure / hormone-mediated signaling pathway / : / MDM2/MDM4 family protein binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / response to nutrient / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of miRNA transcription / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cellular response to starvation / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / response to insulin / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / wound healing / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / : / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / lipid binding / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y1N / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Santos, J.C. / Bernardes, A. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2015
タイトル: Different binding and recognition modes of GL479, a dual agonist of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor alpha / gamma.
著者: dos Santos, J.C. / Bernardes, A. / Giampietro, L. / Ammazzalorso, A. / De Filippis, B. / Amoroso, R. / Polikarpov, I.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4212
ポリマ－31,0161
非ポリマー4041
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.526, 64.526, 124.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTOR ALPHA / PPAR-ALPHA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 1 GROUP C MEMBER 1


分子量: 31016.131 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESDIUES 195-468 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07869, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-Y1N / 2-methyl-2-[4-[2-[4-[(E)-phenyldiazenyl]phenoxy]ethyl]phenoxy]propanoic acid


分子量: 404.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 27% PEG 20000, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.78 Å / Num. obs: 22478 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 38.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BCR

4bcr


解像度: 2.302→44.779 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 580 4.8 %
Rwork0.2148 --
obs0.2169 12191 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→44.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 30 52 2023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.908743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.302-2.53360.31481450.24812808X-RAY DIFFRACTION99
2.5336-2.90020.34251340.2622852X-RAY DIFFRACTION100
2.9002-3.65370.25341430.22222911X-RAY DIFFRACTION100
3.6537-44.78780.22841580.19173040X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9774-1.76440.88112.4684-1.28827.1843-0.4324-0.44092.0691-0.93770.677-1.2152-1.8401-0.3198-0.25750.9926-0.1410.10590.3693-0.07470.7798-24.609121.8863-6.7517
25.9957-2.30712.58264.0780.63574.6105-0.7561-1.23310.23230.66831.4195-0.7479-0.42821.4651-0.31440.59460.0823-0.0070.9225-0.35470.6225-8.385112.12124.9758
34.35863.3643-3.65564.409-3.32253.32860.4892-2.640.62140.09650.1571.4106-0.44822.1241-0.24211.05230.3103-0.22591.6022-0.1960.7398-7.96373.328720.9467
43.1096-0.8746-1.96733.8473-0.41074.9373-0.5325-0.562-0.10230.40180.5846-0.00660.17450.0552-0.10090.35440.11180.01960.475-0.01790.2651-28.3268.54184.4408
53.983-2.206-0.4593.23180.44464.3333-0.427-0.7306-0.2520.36540.7901-0.31560.36811.0348-0.22930.43130.1473-0.02770.6912-0.13380.4447-13.76962.43881.5102
62.7988-3.1319-3.20286.5743-0.57089.96290.48311.6661-0.0716-0.5191-0.66840.83021.1851-0.87980.26040.5889-0.1738-0.09550.82790.02560.5855-38.85164.8706-6.3035
72.50221.4768-3.31453.0134-1.08827.123-0.50731.43090.5627-0.64250.46250.2456-0.1781-0.3923-0.0590.64860.0174-0.04540.54790.04920.4065-26.538212.5291-16.8133
84.3953.3492-2.80138.1338-6.25237.827-0.40280.1135-0.8211-0.29750.3250.27930.6135-0.5251-0.01050.46040.00660.06840.30150.01550.4888-24.6067-3.0873-3.0584
95.2554-1.4342.08063.2637-4.79367.3311-0.1417-0.6951-0.79620.7248-0.24750.69352.06750.79210.22450.88460.20550.14940.580.08440.5288-31.3137-1.024613.3016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 204 THROUGH 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 218 THROUGH 243 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 244 THROUGH 268 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 269 THROUGH 324 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 325 THROUGH 383 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 384 THROUGH 393 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 394 THROUGH 421 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 422 THROUGH 450 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 451 THROUGH 467 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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