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- PDB-4chx: Crystal structure of MltC in complex with disaccharide pentapepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4chx
タイトルCrystal structure of MltC in complex with disaccharide pentapeptide DHl89
要素
  • Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
  • NAG-ANHMUR-PENTAPEPTIDE
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic endotransglycosylase activity / : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellular response to antibiotic / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space ...lytic endotransglycosylase activity / : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / cellular response to antibiotic / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to oxidative stress / cell division
類似検索 - 分子機能
Murein transglycosylase-C / Murein transglycosylase-C, N-terminal / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C, N-terminal domain / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Murein transglycosylase-C / Murein transglycosylase-C, N-terminal / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C, N-terminal domain / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AH0 / Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Artola-Recolons, C. / Bernardo-Garcia, N. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure and Cell Wall Cleavage by Modular Lytic Transglycosylase Mltc of Escherichia Coli.
著者: Artola-Recolons, C. / Lee, M. / Bernardo-Garcia, N. / Blazquez, B. / Hesek, D. / Bartual, S.G. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Pi, H. / Boggess, B. / Meindl, K. / Uson, I. / Fisher, J.F. ...著者: Artola-Recolons, C. / Lee, M. / Bernardo-Garcia, N. / Blazquez, B. / Hesek, D. / Bartual, S.G. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Pi, H. / Boggess, B. / Meindl, K. / Uson, I. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
B: Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
C: NAG-ANHMUR-PENTAPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5475
ポリマ－77,0513
非ポリマー4962
水1,838102
1
A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase C
C: NAG-ANHMUR-PENTAPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2884
ポリマ－38,7922
非ポリマー4962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-7.9 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PQS
2
B: Membrane-bound lytic murein transglycosylase C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2591
ポリマ－38,2591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.160, 115.000, 61.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Membrane-bound lytic murein transglycosylase C / Murein lyase C


分子量: 38259.070 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 20-359 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mltC, yggZ, b2963, JW5481 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P0C066, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: タンパク質・ペプチド NAG-ANHMUR-PENTAPEPTIDE


分子量: 532.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-AH0 / 2-(2-ACETYLAMINO-4-HYDROXY-6,8-DIOXA-BICYCLO[3.2.1]OCT-3-YLOXY)-PROPIONIC ACID / 1,6-anhydro-N-acetylmuramic acid


分子量: 275.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18% PEG 3350, 0.2M TRIAMMONIUM CITRATE PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50.08 Å / Num. obs: 25551 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIXモデル構築
SCALAデータスケーリング
iMOSFLM位相決定
SCALA位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C5F

4c5f


解像度: 2.45→45.916 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ATOMS IN THE SUGAR RINGS OF THE LIGAND WERE REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AS THE ELECTRON DENSITY OF THAT PART WAS NOT SEEN.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 2008 7.9 %
Rwork0.1918 --
obs0.1963 25521 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5223 0 0 102 5325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4217222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1911952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008939
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4501-2.51130.3421480.29591673X-RAY DIFFRACTION100
2.5113-2.57920.33661350.25031646X-RAY DIFFRACTION100
2.5792-2.65510.30651440.24581723X-RAY DIFFRACTION100
2.6551-2.74080.31161320.23581646X-RAY DIFFRACTION100
2.7408-2.83870.26991520.23231657X-RAY DIFFRACTION100
2.8387-2.95240.30931410.21811721X-RAY DIFFRACTION100
2.9524-3.08670.30121430.22141641X-RAY DIFFRACTION100
3.0867-3.24940.27711500.2131681X-RAY DIFFRACTION100
3.2494-3.45290.29661410.19391677X-RAY DIFFRACTION100
3.4529-3.71940.21491390.16041678X-RAY DIFFRACTION100
3.7194-4.09350.19181480.15321687X-RAY DIFFRACTION100
4.0935-4.68540.23421470.14721678X-RAY DIFFRACTION100
4.6854-5.90110.21871410.1671691X-RAY DIFFRACTION100
5.9011-45.92420.17711470.18351714X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.42760.77130.76231.54140.03172.64190.1027-0.2315-0.18060.1266-0.0018-0.07510.0324-0.2199-0.09720.1513-0.00560.02250.21590.05550.23215.9304-13.352831.2611
21.33860.61210.40521.6689-0.47480.8365-0.13170.13140.1273-0.25410.33660.46620.1707-0.2531-0.20350.2252-0.0410.01120.31060.09410.2599.1673-7.281218.7992
33.1851.3314-0.84943.6063-1.1952.3263-0.0711-0.03660.0372-0.0183-0.1488-0.0197-0.06330.30990.23610.18110.0069-0.0130.17910.05170.228331.836311.276223.856
43.01151.64661.67673.06192.5324.5993-1.1089-0.09210.3046-0.19840.22050.4756-0.5959-1.03990.6260.48930.2888-0.2830.5056-0.1060.4419-9.533348.9841-2.908
52.10930.39230.55852.44190.69821.4484-0.5424-0.60470.7767-0.4538-0.42960.049-0.8629-1.230.52060.52580.3911-0.19240.422-0.30330.3757-0.408150.18145.0695
61.38281.21230.56722.20680.05482.1844-0.3466-0.24440.7004-0.7162-0.5690.6402-0.8655-0.92080.46570.28750.4465-0.01940.4284-0.49170.3261.535452.73814.9638
72.30360.99841.62530.720.79471.61650.3955-0.4895-0.24510.5105-0.77690.31690.2356-1.45650.26630.16220.06120.14210.746-0.29330.3213-0.227641.279618.5684
81.12541.02720.70491.83720.02371.5663-0.1164-0.12150.2711-0.1653-0.29950.3761-0.5289-0.57550.41040.36390.1393-0.09820.3214-0.12250.37057.432255.404616.7539
92.18231.32681.0734.14850.58292.54830.4191-0.4308-0.03980.4717-0.1174-0.25920.9756-0.7193-0.10540.4723-0.1719-0.04550.38040.04570.13447.24524.239311.7532
103.4829-0.74991.09184.50680.55263.17140.1011-0.09270.2445-0.1383-0.1767-0.10560.631-0.32030.01680.2927-0.02260.09240.22110.01670.17256.827529.74193.1455
111.49871.6282-0.25235.63260.29610.4166-0.0656-0.0198-0.1163-1.18140.24710.6660.8707-1.0639-0.030.5381-0.1811-0.09620.48160.01590.311-3.9325.8071-3.4177
122.89151.13680.67332.22990.17733.17320.4367-0.4956-0.2703-0.9313-0.40680.65751.0001-1.1297-0.00550.6367-0.2588-0.10910.49470.00960.2969-3.001522.33970.8364
131.6181-0.16240.3281.98470.25232.33930.08720.7623-0.3926-1.6646-0.0534-0.39820.69270.0068-0.10641.44840.09860.12750.4398-0.03140.166612.407718.5114-14.5745
141.48570.8637-0.13672.38230.574.73970.30920.31230.5388-0.8898-0.3829-0.48160.61220.8604-0.0120.6450.15390.26090.46660.08340.325618.225627.6299-6.5324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 33 THROUGH 127 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 128 THROUGH 203 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 204 THROUGH 359 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 33 THROUGH 52 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 53 THROUGH 79 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 80 THROUGH 108 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 109 THROUGH 147 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 148 THROUGH 183 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 184 THROUGH 203 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 204 THROUGH 228 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 229 THROUGH 248 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 249 THROUGH 279 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 280 THROUGH 325 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 326 THROUGH 359 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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