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万見
- PDB-4ch1: RRM domain from C. elegans SUP-12 bound to GGTGTGC DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ch1
タイトルRRM domain from C. elegans SUP-12 bound to GGTGTGC DNA
要素
  • GGTGTGC
  • PROTEIN SUP-12, ISOFORM B
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / MUSCLE / DEVELOPMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of locomotion / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / regulation of actin cytoskeleton organization / nuclear speck / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / RRM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法溶液NMR / ARIA1.2
データ登録者Amrane, S. / Mackereth, C.D.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Backbone-Independent Nucleic Acid Binding by Splicing Factor Sup-12 Reveals Key Aspects of Molecular Recognition
著者: Amrane, S. / Rebora, K. / Zniber, I. / Dupuy, D. / Mackereth, C.D.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Structure summary
改定 1.22014年9月17日Group: Database references
改定 1.32016年4月27日Group: Atomic model / Other
改定 1.42018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN SUP-12, ISOFORM B
B: GGTGTGC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0012
ポリマ－13,0012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100LOWEST ENERGY AND NO VIOLATIONS
代表モデルモデル #6

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN SUP-12, ISOFORM B


分子量: 10831.196 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 28-121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
プラスミド: PET-HIS1A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSY / 参照: UniProt: H2L051
#2: DNA鎖 GGTGTGC


分子量: 2169.433 Da / 分子数: 1 / 断片: SUP-12 BINDING MOTIF / 由来タイプ: 合成
詳細: THE HEPTAMER SEQUENCE IS DERIVED FROM THE INTRON BETWEEN EXONS 4 AND 5B FROM THE C. ELEGANS EGL-15 GENE.
由来: (合成) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
配列の詳細THE SAMPLE CONTAINS AN ADDITIONAL GLY-ALA-MET- AT THE N- TERMINUS FOLLOWING CLEAVAGE BY TEV PROTEASE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-NOESY
22113C-NOESY
331DOUBLE- FILTERED 1H
4411H- NOESY
5511H-TOCSY
6611H-NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY USING MULTI- DIMENSIONAL NMR SPECTRSOCOPY WITH 15N-, 13C,15N-, OR 2H- LABELED SUP-12 IN COMPLEX WITH A NATURAL ABUNDANCE GGTGTGC DNA LIGAND, OR A LIGAND WITH ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY USING MULTI- DIMENSIONAL NMR SPECTRSOCOPY WITH 15N-, 13C,15N-, OR 2H- LABELED SUP-12 IN COMPLEX WITH A NATURAL ABUNDANCE GGTGTGC DNA LIGAND, OR A LIGAND WITH SITE-SPECIFIC 13C,15N- LABELING.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
110% WATER/90% D2O
2100% D2O
3100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1300 mM6.5 1.0 atm298.0 K
2300 mM6.5 1.0 atm298.0 K
3300 mM6.5 1.0 atm298.0 K
4300 mM6.5 1.0 atm298.0 K
5300 mM6.5 1.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRPipe構造決定
Sparky構造決定
精密化手法: ARIA1.2 / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND NO VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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