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万見
- PDB-2hgl: NMR structure of the first qRRM domain of human hnRNP F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hgl
タイトルNMR structure of the first qRRM domain of human hnRNP F
要素Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA recognition Motif / G-tract / G-quadruplex / alternative / splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex ...FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded RNA binding / ribonucleoprotein complex / synapse / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dominguez, C. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: NMR structure of the three quasi RNA recognition motifs (qRRMs) of human hnRNP F and interaction studies with Bcl-x G-tract RNA: a novel mode of RNA recognition.
著者: Dominguez, C. / Allain, F.H.
履歴
登録2006年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0281
ポリマ－15,0281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100target function
代表モデルモデル #2closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F / HNRPF protein


分子量: 15027.921 Da / 分子数: 1 / 断片: quasi RNA recognition Motif 1 (qRRM1) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRPF / プラスミド: Pet28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon plus / 参照: UniProt: Q5T0N2, UniProt: P52597*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1332D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM hnRNP F qRRM1 U-15N, 25mM NaH2PO4 (pH 6.2), 50mM NaCl 10 mM beta-mercaptoethanol90% H2O/10% D2O
20.3 mM hnRNP F qRRM1 U-15N,13C, 25mM NaH2PO4 (pH 6.2), 50mM NaCl, 10 mM beta-mercaptoethanol90% H2O/10% D2O
30.3 mM hnRNP F qRRM1 U-15N, 25mM NaH2PO4 (pH 6.2), 50mM NaCl, 10 mM beta-mercaptoethanol100% D2O
試料状態イオン強度: 25mM NaH2PO4, 50 mM NaCl / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AtnosCandid1.1Herrmannデータ解析
CYANA2.1Guntert構造決定
Amber7Case精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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