PDB-4ch0: RRM domain from C. elegans SUP-12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ch0

タイトル

RRM domain from C. elegans SUP-12

要素

PROTEIN SUP-12, ISOFORM B

キーワード

TRANSCRIPTION / DEVELOPMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of locomotion / pre-mRNA intronic binding / regulation of actin cytoskeleton organization / single-stranded RNA binding / nuclear speck / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能

生物種

CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)

手法

溶液NMR / ARIA1.2

データ登録者

Amrane, S. / Mackereth, C.D.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Backbone-Independent Nucleic Acid Binding by Splicing Factor Sup-12 Reveals Key Aspects of Molecular Recognition
著者: Amrane, S. / Rebora, K. / Zniber, I. / Dupuy, D. / Mackereth, C.D.

履歴

登録	2013年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Atomic model / Other
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ch0.cif.gz	487.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ch0.ent.gz	414.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ch0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ch1C 4cioC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vpq-1 2gto-d 6p0q-2 1wi0-d 6vpq-4 6vpq-3 5mpl-d 3ul3-2 2yt7-d 2cxy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18845

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

S: PROTEIN SUP-12, ISOFORM B

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 20	LOWEST ENERGY AND NO VIOLATIONS
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	PROTEIN SUP-12, ISOFORM B 分子量: 10831.196 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 28 TO 121 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) 組織: MUSCLE / プラスミド: PET-HIS1A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSY / 参照: UniProt: H2L051, UniProt: O45189*PLUS
配列の詳細	THE SAMPLE CONTAINS AN ADDITIONAL GLY-ALA-MET- AT THE N- TERMINUS FOLLOWING CLEAVAGE BY TEV PROTEASE

#1: タンパク質

PROTEIN SUP-12, ISOFORM B

分子量: 10831.196 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 28 TO 121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
組織: MUSCLE / プラスミド: PET-HIS1A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSY / 参照: UniProt: H2L051, UniProt: O45189*PLUS

配列の詳細

THE SAMPLE CONTAINS AN ADDITIONAL GLY-ALA-MET- AT THE N- TERMINUS FOLLOWING CLEAVAGE BY TEV PROTEASE

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N-NOESY
2	2	2	13C-NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE SOLUTION STRUCTURE WAS DETERMINED BY USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N- AND 13C,15N- LABELED RRM DOMAIN FROM SUP-12. CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENTS ARE FOUND IN BMRB ENTRY 18845.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	10% WATER/90% D2O
2	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	300 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K
2	300 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
NMRPipe		構造決定
Sparky		構造決定

精密化

手法: ARIA1.2 / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY AND NO VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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