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- PDB-4cgk: Crystal structure of the essential protein PcsB from Streptococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cgk
タイトルCrystal structure of the essential protein PcsB from Streptococcus pneumoniae
要素SECRETED 45 KDA PROTEIN
キーワードCELL CYCLE / PEPTIDOGLYCAN / CHAP / CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell septum / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3150 / Streptococcal non-M secreted SibA / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3150 / Streptococcal non-M secreted SibA / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan hydrolase PcsB / Secreted 45 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Bartual, S.G. / Straume, D. / Stamsas, G.A. / Alfonso, C. / Martinez-Ripoll, M. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Pcsb-Mediated Cell Separation in Streptococcus Pneumoniae.
著者: Bartual, S.G. / Straume, D. / Stamsas, G.A. / Munoz, I.G. / Alfonso, C. / Martinez-Ripoll, M. / Havarstein, L.S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SECRETED 45 KDA PROTEIN
B: SECRETED 45 KDA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,10314
ポリマ－83,4762
非ポリマー62612
水8,071448
1
A: SECRETED 45 KDA PROTEIN
B: SECRETED 45 KDA PROTEIN
ヘテロ分子

A: SECRETED 45 KDA PROTEIN
B: SECRETED 45 KDA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,20528
ポリマ－166,9534
非ポリマー1,25324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-235.3 kcal/mol
Surface area73140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.815, 125.815, 126.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SECRETED 45 KDA PROTEIN / PCSB


分子量: 41738.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: D39 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04HW2, UniProt: A0A0H2ZQ76*PLUS

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非ポリマー , 5種, 460分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALS GREW IN 2UL DROPLETS FORMED BY MIXING 1 UL OF PROTEIN SOLUTION AT 10 MG ML-1 (BUFFERED IN 20 MM TRIS-HCL PH 7.5) AND 1 UL L OF PRECIPITANT SOLUTION FORMED BY 12% (V/V) ...詳細: CRYSTALS GREW IN 2UL DROPLETS FORMED BY MIXING 1 UL OF PROTEIN SOLUTION AT 10 MG ML-1 (BUFFERED IN 20 MM TRIS-HCL PH 7.5) AND 1 UL L OF PRECIPITANT SOLUTION FORMED BY 12% (V/V) POLYETHYLENGLYCOL 4000, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.2M MAGNESIUM ACETATE IN 1:1 VOLUME RATIO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→44.63 Å / Num. obs: 38172 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.55→44.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 13.715 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27173 1907 5 %RANDOM
Rwork0.23761 ---
obs0.23933 36230 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-36.7 Å20 Å20 Å2
2--36.7 Å20 Å2
3----73.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→44.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 30 448 5700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8341.9277203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7093.00111659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2325699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.92826.408245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51215890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7931524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4476.9282799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4476.9282798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64210.3883497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1246.932512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 141 -
Rwork0.324 2628 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2490.04780.22350.0473-0.02680.6665-0.02650.03790.00080.0098-0.0179-0.029-0.06580.03110.04430.04510.0174-0.03920.049-0.00250.044847.518452.61859.2117
20.18060.03050.15070.1475-0.13670.60480.02810.0459-0.0267-0.01780.0171-0.03940.126-0.05-0.04520.0370.0109-0.02070.0987-0.010.029431.497238.9538-16.0539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B45 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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