PDB-4cg3: Structural and functional studies on a thermostable polyethylene ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cg3

タイトル

Structural and functional studies on a thermostable polyethylene therephtalate degrading hydrolase from Thermobifida fusca

要素

CUTINASE

キーワード

HYDROLASE / PET DEGRADATION / ALPHA-BETA- FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase activity / cutinase / periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOBIFIDA FUSCA (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Roth, C. / Wei, R. / Oeser, T. / Then, J. / Foellner, C. / Zimmermann, W. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Studies on a Thermostable Polyethylene Terephthalate Degrading Hydrolase from Thermobifida Fusca.
著者: Roth, C. / Wei, R. / Oeser, T. / Then, J. / Follner, C. / Zimmermann, W. / Strater, N.

履歴

登録	2013年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cg3.cif.gz	13.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cg3.ent.gz	11.7 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cg3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cg3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cg3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4cg3_validation.xml.gz	708.8 KB	表示
CIF形式データ	4cg3_validation.cif.gz	892.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/4cg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/4cg3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cg1C 4cg2C 1jfrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lul-2 6kzk-3 3ajg-2 5zrs-d 6ane-2 6ilw-d 5lul-1 5xg0-1 6eqh-2 4mqm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CUTINASE

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.900, 117.900, 36.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

モデル数

77

#1: タンパク質	CUTINASE 分子量: 33789.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOBIFIDA FUSCA (バクテリア) / 株: KW3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E5BBQ3, cutinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.541
検出器	タイプ: MARRESEARCH
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→23 Å / Num. obs: 36710 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.55 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 16 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JFR

1jfr

解像度: 1.55→23.122 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 13.59 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: REFINED USING PHENIX.ENSEMBLE REFINEMENT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1492	3279	8.9 %
R_work	0.1173	-	-
obs	0.1202	36710	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→23.122 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2011	0	5	99	2115

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5732	0.2583	144	0.1935	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5732-1.5978	0.2174	133	0.1805	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5978-1.6239	0.2078	131	0.1565	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6239-1.6519	0.2032	145	0.1575	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6519-1.682	0.2091	142	0.1503	1439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.682-1.7143	0.1927	154	0.1504	1450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7143-1.7493	0.2002	134	0.1446	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7493-1.7873	0.1723	138	0.1419	1429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7873-1.8289	0.167	127	0.1314	1439	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8289-1.8746	0.1638	146	0.1193	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8746-1.9252	0.1384	126	0.1113	1464	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9252-1.9819	0.1574	163	0.1014	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9819-2.0458	0.146	144	0.1	1429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0458-2.1189	0.1384	144	0.1009	1449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1189-2.2036	0.1422	147	0.0976	1455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2036-2.3038	0.1364	161	0.0995	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3038-2.4252	0.1388	129	0.1021	1482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4252-2.5769	0.1174	140	0.1029	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5769-2.7756	0.1434	151	0.1137	1453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7756-3.0544	0.15	137	0.1241	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0544-3.495	0.1527	166	0.1202	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.495-4.3984	0.135	127	0.1069	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3984-23.1247	0.1271	150	0.1223	1524	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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