PDB-4cg2: Structural and functional studies on a thermostable polyethylene ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cg2

タイトル

Structural and functional studies on a thermostable polyethylene terephthalate degrading hydrolase from Thermobifida fusca

要素

CUTINASE

キーワード

HYDROLASE / PET DEGRADATION / ALPHA BETA FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOBIFIDA FUSCA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.437 Å

データ登録者

Roth, C. / Wei, R. / Oeser, T. / Then, J. / Foellner, C. / Zimmermann, W. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Studies on a Thermostable Polyethylene Terephthalate Degrading Hydrolase from Thermobifida Fusca.
著者: Roth, C. / Wei, R. / Oeser, T. / Then, J. / Follner, C. / Zimmermann, W. / Strater, N.

履歴

登録	2013年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月10日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cg2.cif.gz	159.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cg2.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/4cg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/4cg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cg1C 4cg3C 1jfrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5amx-d 3wyn-2 6pu5-d 5lui-d 2g4v-d 6k8m-d 3q40-d 6pkt-d 3ptl-d 3i34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CUTINASE

ヘテロ分子

31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.591, 116.591, 35.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2092- HOH

#1: タンパク質	CUTINASE 分子量: 30635.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-O LINK BEWEEN S130 UND PMS / 由来: (組換発現) THERMOBIFIDA FUSCA (バクテリア) / 株: KW3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: E5BBQ3, cutinase
#2: 化合物	ChemComp-PMS / phenylmethanesulfonic acid / ベンゼンメタンスルホン酸分子量: 172.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈O₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→19.5 Å / Num. obs: 43954 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JFR

1jfr

解像度: 1.437→19.503 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1661	3940	9 %
R_work	0.138	-	-
obs	0.1406	43606	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.437→19.503 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1999	0	30	338	2367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2121
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.26	2910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.752	775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4372-1.4547	0.336	116	0.2813	1200	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4547-1.4732	0.248	170	0.2267	1378	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4732-1.4925	0.2453	149	0.2167	1392	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4925-1.513	0.2199	144	0.2035	1409	X-RAY DIFFRACTION	100
1.513-1.5346	0.2433	151	0.1916	1439	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5346-1.5575	0.2199	134	0.1774	1394	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5575-1.5818	0.1939	151	0.1687	1382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5818-1.6077	0.2111	132	0.1667	1437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6077-1.6354	0.2022	140	0.1595	1397	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6354-1.6652	0.1979	131	0.153	1428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6652-1.6972	0.1899	134	0.1492	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6972-1.7318	0.1487	120	0.1408	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7318-1.7694	0.17	146	0.1462	1396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7694-1.8105	0.1666	147	0.1319	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8105-1.8558	0.1364	142	0.1283	1405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8558-1.9059	0.1627	156	0.1287	1410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9059-1.962	0.155	141	0.123	1445	X-RAY DIFFRACTION	100
1.962-2.0252	0.1563	133	0.1244	1408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0252-2.0975	0.1339	130	0.1252	1459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0975-2.1814	0.1334	131	0.1188	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1814-2.2805	0.1303	153	0.1139	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2805-2.4006	0.1571	130	0.1178	1444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4006-2.5507	0.1383	141	0.1219	1440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5507-2.7471	0.1569	149	0.125	1430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7471-3.0227	0.1947	131	0.1366	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0227-3.4579	0.1481	168	0.1363	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4579-4.3487	0.1438	121	0.1149	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3487-19.5049	0.1693	149	0.1458	1497	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0028	0.001	0.0017	-0.0003	0.0003	0.001	0.0176	0.013	-0.0069	0.0119	0.0157	0.053	-0.0122	-0.0128	-0	0.0321	-0.0048	0.0017	0.0855	-0.008	0.064	40.0113	36.776	11.38
2	0.0007	-0.0024	0.0023	0.0084	-0.0047	0.0026	0.0145	0.038	0.012	-0.009	-0.0085	0.0007	0.0091	-0.0049	0.0043	0.0248	0.024	-0.025	0.0779	-0.0003	0.0581	44.8736	43.1148	-0.1492
3	0.0073	0.0066	-0.014	0.0059	-0.0053	0.011	0.0084	0.0158	0.0698	-0.0432	-0.0179	-0.0116	-0.0504	-0.0099	-0.0338	0.0373	-0.0116	0.0381	-0.0424	0.0661	0.0148	59.2501	47.291	4.5512
4	0.0006	0.0001	-0.0014	0.0032	0.0041	0.0033	0.0045	0.018	0.0129	-0.0252	-0.018	-0.0349	-0.0441	-0.0007	-0.0001	0.0285	0.0074	0.005	0.035	0.0107	0.0347	57.146	43.413	3.5219
5	0.0019	0.0039	-0.0003	0.0044	0.0011	0.0024	-0.0111	0.0023	0.0208	0.0119	-0.0196	-0.0204	-0.026	0.0233	-0	0.0477	-0.0044	0.0091	0.0425	0.002	0.0583	66.7915	44.6557	10.2736
6	0.081	0.0196	0.0001	0.063	-0.0088	0.0283	0.0251	0.0204	-0.0297	0.0045	-0.0365	0.0141	-0.0028	0.0031	0	0.0513	0.0026	-0.0043	0.0492	0.0038	0.037	58.7897	30.3085	6.8245
7	0.0004	0.0012	0.0006	0.0036	0.0015	0.0008	-0.0023	0.0039	0.0013	-0.0013	0.0003	0.0019	0.0008	-0.0013	-0.0033	0.0623	-0.0187	-0.013	0.0625	-0.0129	0.0909	46.6643	18.9502	4.5628
8	0.0001	0	0.0001	0.0001	0	0.0001	-0.0005	0.0044	-0.001	-0.0054	0	0.0013	0.0022	-0.0038	0.0021	0.1357	-0.0207	-0.0295	0.1187	-0.0541	0.1051	50.8304	20.1811	-6.5986
9	0.0018	0.0003	0.0011	0.0033	-0.0015	0.001	-0.0118	-0.0064	0.0057	0.003	-0.0031	0.0019	-0.0005	-0.0021	-0.0045	0.0512	-0.0114	0.0018	0.0212	-0.0056	0.087	50.8622	20.1893	11.0611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 14:26)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 27:69)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 70:88)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 89:113)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 114:240)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 241:245)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 248:253)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 254:263)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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