PDB-4cdj: Structure of ZNRF3 ectodomain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cdj

タイトル

Structure of ZNRF3 ectodomain

要素

E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

キーワード

LIGASE / WNT SIGNALING / ADULT STEM CELLS / E3 LIGASE / PROTEASE-ASSOCIATED DOMAIN / ZINC RING FINGER / LGR5 / R-SPONDIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / frizzled binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / negative regulation of Wnt signaling pathway / stem cell proliferation / RING-type E3 ubiquitin transferase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Peng, W.C. / de Lau, W. / Madoori, P.K. / Forneris, F. / Granneman, J.C.M. / Clevers, H. / Gros, P.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structures of Wnt-Antagonist Znrf3 and its Complex with R-Spondin 1 and Implications for Signaling.
著者: Peng, W.C. / De Lau, W. / Madoori, P.K. / Forneris, F. / Granneman, J.C.M. / Clevers, H. / Gros, P.

履歴

登録	2013年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Atomic model / Derived calculations
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cdj.cif.gz	188.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cdj.ent.gz	162.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cdj_validation.pdf.gz	463 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cdj_full_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示
XML形式データ	4cdj_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	4cdj_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/4cdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cdkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ow9-1 3n07-3 2kx6-d 5v3n-d 5b5o-1 3gs2-2 5b5p-1 3kec-2 3lqy-d 1pq1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

ヘテロ分子

36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.686, 73.503, 58.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 / ZINC/RING FINGER PROTEIN 3 分子量: 17986.316 Da / 分子数: 2 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) 参照: UniProt: Q5SSZ7, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GS AT THE N-TERMINUS AND AAAHHHHHH AT C-TERMINUS ARE INTRODUCED BY CLONING.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M AMMONIUM FORMATE AT PH 6.6 WITH 20% W/V PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→45.57 Å / Num. obs: 46197 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 24.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→45.567 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1773	2334	5.1 %
R_work	0.1616	-	-
obs	0.1625	46172	96.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→45.567 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2358	0	23	296	2677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2501
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.842	3384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.127	971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5001-1.5307	0.264	131	0.2378	2501	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5307-1.564	0.2474	163	0.2201	2465	X-RAY DIFFRACTION	94
1.564-1.6003	0.2389	147	0.203	2491	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6003-1.6404	0.2145	141	0.1867	2539	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6404-1.6847	0.2114	134	0.1776	2545	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6847-1.7343	0.1969	138	0.1655	2516	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7343-1.7903	0.2213	131	0.172	2574	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7903-1.8543	0.2105	118	0.172	2599	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8543-1.9285	0.2255	115	0.1625	2573	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9285-2.0163	0.179	129	0.1492	2601	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0163-2.1226	0.1721	129	0.1531	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1226-2.2556	0.169	176	0.1485	2584	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2556-2.4297	0.1657	129	0.1458	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4297-2.6742	0.1818	123	0.1476	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6742-3.0611	0.1666	135	0.1587	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0611-3.8563	0.1517	144	0.1537	2633	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8563-45.5882	0.1684	151	0.1692	2684	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0272	-0.0616	-0.0297	0.1703	-0.0198	0.2104	-0.1767	-0.0369	0.179	-0.2764	0.0413	0.1817	-0.0234	-0.1405	-0.0177	0.1235	0.0101	-0.0155	0.1399	-0.0093	0.1429	-16.2334	8.348	-24.2645
2	0.1617	0.1396	-0.0029	0.4332	-0.0484	0.1167	-0.111	-0.0198	0.0163	-0.3736	0.0311	0.0233	0.0163	0.0454	-0.0352	0.1509	-0.0229	-0.0046	0.166	0.0058	0.1483	-11.0497	13.1886	-26.7366
3	0.2799	0.1514	0.1536	0.2433	0.0181	0.3129	0.0524	-0.029	0.1086	0.0576	-0.0286	0.09	0.0688	0.0244	0.1012	0.0792	0.0073	0.0093	0.1045	0.006	0.124	-15.2937	-1.3323	-15.1935
4	0.0277	0.0288	-0.1065	0.0374	-0.0789	0.6282	-0.0254	0.0169	-0.6381	0.3189	0.0627	-0.5014	0.5905	0.4976	0.0314	0.3495	0.1065	-0.0514	0.3013	-0.0234	0.5354	-3.0269	-4.4307	-8.7409
5	0.4883	-0.0609	-0.3325	0.891	0.0602	0.2944	0.1042	0.1635	-0.0999	0.1018	0.0565	-0.1084	0.2928	0.2809	0.0956	0.2187	0.0755	-0.0412	0.1361	-0.0252	0.1371	-11.563	-10.2342	-19.9996
6	0.3301	0.0774	0.0741	0.2282	0.0576	0.2754	0.0692	0.018	-0.026	0.1507	-0.0452	0.0066	0.3683	0.031	0.0485	0.2412	-0.0106	-0.0043	0.1178	0.0065	0.1277	-15.9161	-9.8348	-14.5813
7	0.1791	-0.1772	-0.0563	0.4915	0.076	0.0273	0.0199	-0.0925	-0.0639	0.0497	-0.1802	0.3023	0.1383	-0.266	-0.0513	0.1594	-0.0339	0.0486	0.1941	-0.0153	0.1823	-23.5595	-4.2509	-11.8649
8	0.1211	0.2141	0.1247	0.3872	0.1213	0.2281	-0.0165	0.0086	0.0603	-0.2262	0.0181	0.0498	-0.1599	0.0309	-0.0024	0.1481	-0.0005	0.0187	0.1483	-0.0151	0.1361	-13.5064	3.9493	-25.3666
9	0.0363	-0.1033	-0.087	0.2167	0.191	0.1943	0.0242	-0.0781	-0.1944	0.0814	0.0444	0.1406	0.1501	-0.1523	-0.0199	0.1223	0.0031	-0.0037	0.1617	0.0001	0.1391	-20.2391	14.2566	-6.1608
10	0.4802	-0.2832	-0.4302	1.0368	-0.1038	1.6957	0.0974	-0.0088	0.0731	-0.0198	-0.0413	-0.1084	-0.2752	0.0484	0.0765	0.1194	-0.009	-0.0019	0.0991	-0.005	0.1164	-14.9783	25.9899	-12.9123
11	0.1159	-0.1726	-0.1539	0.3088	0.0749	0.2562	-0.0097	0.0024	-0.0162	0.3247	0.0406	-0.0328	0.1369	0.0394	-0.0132	0.1682	0.0053	-0.0164	0.1466	-0.0146	0.1173	-15.7976	18.6595	-2.5231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 56 THROUGH 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 85 THROUGH 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 107 THROUGH 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 120 THROUGH 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 132 THROUGH 168 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 169 THROUGH 184 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 185 THROUGH 208 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 54 THROUGH 68 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 69 THROUGH 184 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 185 THROUGH 207 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)