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- PDB-4cd7: The structure of GH113 beta-mannanase AaManA from Alicyclobacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cd7
タイトルThe structure of GH113 beta-mannanase AaManA from Alicyclobacillus acidocaldarius in complex with ManIFG and beta-1,4-mannobiose
要素ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
キーワードHYDROLASE / BETA-MANNOSIDASE / MANNOSIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / GH26 / GH113 / CAZY / ENZYME-CARBOHYDRATE INTERACTION / GLYCOSIDASE INHIBITION / QUANTUM MECHANICS / BIOCATALYSIS / CONFORMATION
機能・相同性Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / beta-D-mannopyranose / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Endo-beta-1,4-mannanase
機能・相同性情報
生物種ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Williams, R.J. / Iglesias-Fernandez, J. / Stepper, J. / Jackson, A. / Thompson, A.J. / Lowe, E.C. / White, J.M. / Gilbert, H.J. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Combined Inhibitor Free-Energy Landscape and Structural Analysis Reports on the Mannosidase Conformational Coordinate.
著者: Williams, R.J. / Iglesias-Fernandez, J. / Stepper, J. / Jackson, A. / Thompson, A.J. / Lowe, E.C. / White, J.M. / Gilbert, H.J. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
履歴
登録2013年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
B: ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0258
ポリマ－72,6862
非ポリマー1,3396
水8,467470
1
A: ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0134
ポリマ－36,3431
非ポリマー6703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0134
ポリマ－36,3431
非ポリマー6703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.472, 76.586, 140.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENDO-BETA-1,4-MANNANASE / AAMANA BETA-MANNANASE


分子量: 36342.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア)
株: TC-12-31 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A5H1I6, mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-IFM / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Afegostat / isofagomine / (3R,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-3,4-DIOL / イソファゴミン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3
#4: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 4% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月26日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→76.59 Å / Num. obs: 88667 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0033精密化
xia2IMPLEMENTATION OF XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CIV

3civ


解像度: 1.65→70.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.143 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19617 4466 5.1 %RANDOM
Rwork0.15081 ---
obs0.15313 83793 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→70.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4971 0 88 470 5529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.947226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03310731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1185647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.68622.819259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60615768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5231540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.24257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22652
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0890.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9751.3582532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9751.3582533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3572.0433167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7731.6252766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3412.3474048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.46639945
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.615137
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.839510105
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 262 -
Rwork0.209 4986 -
obs--79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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