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- PDB-4ccy: Crystal structure of carboxylesterase CesB (YbfK) from Bacillus s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ccy
タイトルCrystal structure of carboxylesterase CesB (YbfK) from Bacillus subtilis
要素(CARBOXYLESTERASE YBFK) x 2
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylesterase / carboxylesterase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxylesterase YbfK
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Godinho, L.F. / Nardini, M. / Quax, W.J. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Two Bacillus Carboxylesterases with Different Enantioselectivities.
著者: Rozeboom, H.J. / Godinho, L.F. / Nardini, M. / Quax, W.J. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYLESTERASE YBFK
B: CARBOXYLESTERASE YBFK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3136
ポリマ－66,2212
非ポリマー924
水8,179454
1
A: CARBOXYLESTERASE YBFK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1653
ポリマ－33,1191
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CARBOXYLESTERASE YBFK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1493
ポリマ－33,1031
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.110, 44.010, 108.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.87, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2250-

HOH

21B-2193-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 12 - 294 / Label seq-ID: 11 - 293

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.3145, 0.001922, -0.9493), (0.003592, -1, -0.000835), (-0.9493, -0.003147, -0.3145)
ベクター: 67.49, -0.4117, 93.2)

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYLESTERASE YBFK / CARBOXYLESTERASE CESB


分子量: 33118.539 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
プラスミド: PBAD/MYC-HISA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O31452, carboxylesterase
#2: タンパク質 CARBOXYLESTERASE YBFK / CARBOXYLESTERASE CESB


分子量: 33102.539 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS SUBSP. SUBTILIS STR. 168 (枯草菌)
プラスミド: PBAD/MYC-HISA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: O31452, carboxylesterase
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SITTING DROPS WITH 20% PEG3350, 0.2M SODIUM FLUORIDE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE BUFFER, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月5日 / 詳細: HELIOSMX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→46 Å / Num. obs: 47148 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.04→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CCW

4ccw


解像度: 2.04→108.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 8.309 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25013 2395 5.1 %RANDOM
Rwork0.20362 ---
obs0.20599 44660 93.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.127 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0.41 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→108.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4501 0 4 454 4959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1591.9466281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7015568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70423.832214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27915739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7941524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1128medium positional0.060.5
2B1104loose positional0.45
1A1128medium thermal0.822
2B1104loose thermal0.9610
LS精密化 シェル解像度: 2.038→2.091 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 132 -
Rwork0.277 2482 -
obs--72.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.0463-0.80827.32284.56451.15637.43750.1234-0.0592-0.19820.0762-0.23860.2620.5325-0.5180.11520.0687-0.05940.02670.07830.00470.092548.3692-16.323653.9956
22.0674-0.53370.10341.1494-0.08170.86760.0134-0.1813-0.04610.0939-0.0428-0.00770.054-0.01750.02940.0176-0.00850.01140.03990.01590.03657.8041-4.372160.7859
31.44760.0385-0.45050.71710.03281.3166-0.0151-0.01770.0916-0.0022-0.04540.0391-0.1007-0.01670.06050.01010.0041-0.00460.01960.0020.059960.01657.383353.5169
46.0672-1.2270.14922.6164-2.42622.4283-0.02480.2676-0.324-0.18860.04820.08020.1912-0.1052-0.02350.07020.0196-0.0390.0886-0.02020.067555.6022-9.690136.45
53.2882-2.15180.0342.76020.54191.79260.1970.1558-0.1803-0.0886-0.21830.07250.0821-0.05710.02130.025-0.0034-0.02120.028-0.0050.074955.084-12.886546.1062
61.1959-0.33780.39081.0787-0.24421.08980.01640.0590.0328-0.074-0.0287-0.0935-0.01230.08590.01230.0072-0.0030.01230.04170.01640.059569.76874.315547.08
76.3057-2.9612.08046.0642-3.379618.3086-0.0079-0.63930.38280.35970.02870.3136-0.2111-0.3016-0.02080.11670.00420.05130.0901-0.06510.078331.05416.030130.4807
80.960.0919-0.36290.8593-0.4832.30620.01040.03720.0788-0.02780.00590.118-0.0593-0.1864-0.01630.05480.03210.00850.03920.00140.02827.70934.044519.41
90.8494-0.00760.03731.05340.00831.163-0.01080.0431-0.09520.0734-0.00350.00660.0514-0.0010.01430.08830.01520.00540.04790.00370.012637.2806-621.0776
103.9395-4.56052.50365.5779-1.45198.68660.07060.09810.0726-0.0639-0.0328-0.10650.04120.5186-0.03780.1239-0.0608-0.02170.06540.02090.091448.081113.810922.04
112.87131.6105-0.51914.43-2.34964.18110.0205-0.30710.13020.2453-0.1489-0.1757-0.1765-0.20760.12830.141-0.0220.010.0604-0.02160.028937.755811.449631.5104
120.8970.01090.19471.0443-0.13221.47520.01210.0384-0.0368-0.0362-0.0688-0.07250.01280.09710.05670.0690.01650.00950.03760.00410.0144.5716-4.600512.3558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4A167 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5A186 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6A214 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7B11 - 26
8X-RAY DIFFRACTION8B27 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9B103 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10B176 - 195
11X-RAY DIFFRACTION11B196 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12B214 - 294

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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