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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ccm | ||||||
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タイトル | 60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66) in complex with Mn(II), N-oxalylglycine (NOG) and 60S ribosomal protein L8 (RPL8 G220C) peptide fragment (complex-1) | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON-BINDING / DSBH / 2- OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / JMJC DOMAIN / RIBOSOME BIOGENESIS / NUCLEAR PROTEIN / RPL8 / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / negative regulation of osteoblast differentiation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytosolic ribosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytosolic large ribosomal subunit / postsynapse / cytoplasmic translation / postsynaptic density / rRNA binding / structural constituent of ribosome / iron ion binding / translation / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chowdhury, R. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans. 著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J. #1: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Oxygenase-Catalyzed Ribosome Hydroxylation Occurs in Prokaryotes and Humans. 著者: Ge, W. / Wolf, A. / Feng, T. / Ho, C. / Sekirnik, R. / Zayer, A. / Granatino, N. / Cockman, M.E. / Loenarz, C. / Loik, N.D. / Hardy, A.P. / Claridge, T.D.W. / Hamed, R.B. / Chowdhury, R. / ...著者: Ge, W. / Wolf, A. / Feng, T. / Ho, C. / Sekirnik, R. / Zayer, A. / Granatino, N. / Cockman, M.E. / Loenarz, C. / Loik, N.D. / Hardy, A.P. / Claridge, T.D.W. / Hamed, R.B. / Chowdhury, R. / Gong, L. / Robinson, C.V. / Trudgian, D.C. / Jiang, M. / Mackeen, M.M. / Mccullagh, J.S. / Gordiyenko, Y. / Thalhammer, A. / Yamamoto, A. / Yang, M. / Liu-Yi, P. / Zhang, Z. / Schmidt-Zachmann, M. / Kessler, B.M. / Ratcliffe, P.J. / Preston, G.M. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xdvC ![]() 4bu2C ![]() 4bxfC ![]() 4ccjC ![]() 4cckC ![]() 4cclC ![]() 4ccnC ![]() 4ccoC ![]() 4cswC ![]() 4cugC ![]() 4litC ![]() 4liuC ![]() 4livC ![]() 4diqS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 53269.246 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 183-641 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3739.275 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 205-239 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 356分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/OGA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OGA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 6.8, 0.25M MAGNESIUM FORMATE, 0.002M MNCL2, TEMPERATURE 293K VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→44.07 Å / Num. obs: 41312 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.51→2.58 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4DIQ 解像度: 2.51→44.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 268067.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.3454 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→44.07 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.51→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 12
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Xplor file |
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