[日本語] English
万見
- PDB-4ccg: Structure of an E2-E3 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ccg
タイトルStructure of an E2-E3 complex
要素
  • E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL
  • UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 T
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Fanconi anaemia nuclear complex / protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / gamete generation / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination ...Fanconi anaemia nuclear complex / protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / gamete generation / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / interstrand cross-link repair / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / regulation of cell population proliferation / nuclear body / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia complex, subunit FancL, WD-repeat containing domain / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL / FANCL C-terminal domain / FANCL, UBC-like domain 3 superfamily / FANCL, UBC-like domain 2 / FANCL, UBC-like domain 3 / FANCL UBC-like domain 1 / FANCL C-terminal domain / FANCL UBC-like domain 2 / FANCL UBC-like domain 3 ...Fanconi anemia complex, subunit FancL, WD-repeat containing domain / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL / FANCL C-terminal domain / FANCL, UBC-like domain 3 superfamily / FANCL, UBC-like domain 2 / FANCL, UBC-like domain 3 / FANCL UBC-like domain 1 / FANCL C-terminal domain / FANCL UBC-like domain 2 / FANCL UBC-like domain 3 / FANCL C-terminal domain / : / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Herpes Virus-1 / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hodson, C. / Purkiss, A. / Walden, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure of the Human Fancl Ring-Ube2T Complex Reveals Determinants of Cognate E3-E2 Selection.
著者: Hodson, C. / Purkiss, A. / Miles, J.A. / Walden, H.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 T
B: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 T
X: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL
Y: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,55319
ポリマ－68,1784
非ポリマー1,37515
水2,054114
1
B: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 T
Y: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4668
ポリマ－34,0892
非ポリマー3776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-43.9 kcal/mol
Surface area11220 Å2
手法PISA
2
A: UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 T
X: E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,08711
ポリマ－34,0892
非ポリマー9989
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-24.7 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.224, 109.224, 117.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.1878, 0.7446, -0.6406), (-0.8187, 0.479, 0.3168), (0.5427, 0.465, 0.6995)-40.35, 72.3, -28.89
2given(0.2178, 0.7261, -0.6521), (-0.8002, 0.5154, 0.3067), (0.5588, 0.455, 0.6933)-40.07, 69.14, -28.81

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABXY

#1: タンパク質 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 T / CELL PROLIFERATION-INDUCING GENE 50 PROTEIN / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN T / UBIQUITIN-PROTEIN ...CELL PROLIFERATION-INDUCING GENE 50 PROTEIN / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN T / UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE T / FANCL RING E3 LIGASE AND UBE2T


分子量: 24008.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RING DOMAIN OF FANCL FUSED BY LINKER TO N-TERMINAL OF UBE2T TO GENERATE A FUSION POLYPEPTIDE.
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: CHAMPION PET SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NPD8
#2: タンパク質 E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE FANCL / FANCONI ANEMIA GROUP L PROTEIN / FANCONI ANEMIA-ASSOCIATED POLYPEPTIDE OF 43 KDA / FAAP43 / FANCL ...FANCONI ANEMIA GROUP L PROTEIN / FANCONI ANEMIA-ASSOCIATED POLYPEPTIDE OF 43 KDA / FAAP43 / FANCL RING E3 LIGASE AND UBE2T


分子量: 10080.586 Da / 分子数: 2 / Fragment: RING DOMAIN OF FANCL, RESIDUES 288-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: CHAMPION PET SUMO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9NW38, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 8種, 129分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細SEQUENCE FOR UBE2T. IT HAS THE RING DOMAIN FROM UNIPROT Q9NW38 FUSED TO THE N-TERMINUS OF UBE2T ...SEQUENCE FOR UBE2T. IT HAS THE RING DOMAIN FROM UNIPROT Q9NW38 FUSED TO THE N-TERMINUS OF UBE2T SEQUENCE CHAIN A AND B ARE OF UBE2T AND CHAIN X AND Y ARE OF THE RING DOMAIN OF FANCL. THE RECOMBINANT PROTEIN WAS DESIGNED AS THE RING DOMAIN FROM B FANCL - FOLLOWED BY A LINKER - THEN UBE2T. IT IS UNCLEAR FROM THE DENSITY WHETHER THE COMPLEX (CHAIN A AND X OR CHAIN B AND Y, AS THE DESIGNED RECOMBINANT PROTEIN) ARE FROM THE SAME POLYPEPTIDE CHAIN AS NO ELECTRON DENSITY IS VISIBLE FOR EITHER OF THE LINKER REGIONS IN THE ASUS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.6M AMMOMIUM SULPHATE, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M NACL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.82 Å / Num. obs: 28506 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 63.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1YH2, 3K1L

1yh2

3k1l


解像度: 2.4→46.817 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.48 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE 14 LINKER RESIDUES ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 1425 5 %
Rwork0.2124 --
obs0.2141 28423 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 63 114 3649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.675050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.171387
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004647
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48580.35631220.33732666X-RAY DIFFRACTION100
2.4858-2.58530.38111430.32212645X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.7030.36371480.28852634X-RAY DIFFRACTION100
2.703-2.84550.32421360.28112657X-RAY DIFFRACTION100
2.8455-3.02370.34491570.28952662X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.25710.30721430.28012664X-RAY DIFFRACTION100
3.2571-3.58480.2541510.24432690X-RAY DIFFRACTION100
3.5848-4.10330.23151370.18582718X-RAY DIFFRACTION100
4.1033-5.16870.2061590.15922744X-RAY DIFFRACTION100
5.1687-46.82540.2041290.18762918X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.75310.03242.18740.99490.14841.4390.101-0.2439-0.41050.01260.00820.08850.164-0.1385-0.10490.33920.0133-0.01950.23920.01680.34677.577769.208718.8766
22.13711.8665-0.03758.5584-1.98041.81340.01370.1701-0.21320.15660.198-0.26210.27710.1391-0.2010.47090.1070.05620.583-0.07750.416436.769556.16952.2381
32.82791.89830.42655.2406-0.87824.4242-0.02650.40220.0177-0.19730.0425-0.18070.03820.3207-0.01930.23410.0220.05080.32820.01750.336532.705481.644212.4583
46.4779-0.7742.52484.25092.04172.6039-0.1721.02010.2161-0.88040.18710.1466-0.32940.44590.00980.6711-0.06580.04190.7350.13860.393129.020577.8365-14.0379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 104 THROUGH 255)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 105 THROUGH 257 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN X AND (RESID 19 THROUGH 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN Y AND (RESID 19 THROUGH 83 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る