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- PDB-4cbc: Open-form NavMS Sodium Channel Pore (with C-terminal Domain) afte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cbc
タイトルOpen-form NavMS Sodium Channel Pore (with C-terminal Domain) after thallium soak
要素ION TRANSPORT PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SODIUM CHANNEL / SELECTIVITY FILTER / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種MAGNETOCOCCUS MARINUS MC-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.664 Å
データ登録者Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Wallace, B.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Prokaryotic Navms Channel as a Structural and Functional Model for Eukaryotic Sodium Channel Antagonism.
著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Naylor, C.E. / Pryde, D.C. / Nobeli, I. / Clapham, D.E. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2013
タイトル: Role of the C-Terminal Domain in the Structure and Function of Tetrameric Sodium Channels.
著者: Bagneris, C. / Decaen, P.G. / Hall, B.A. / Naylor, C.E. / Clapham, D.E. / Kay, C.W.M. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2012
タイトル: Structure of a Bacterial Voltage-Gated Sodium Channel Pore Reveals Mechanisms of Opening and Closing.
著者: Mccusker, E.C. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Cole, A.R. / D'Avanzo, N. / Nichols, C.G. / Wallace, B.A.
履歴
登録2013年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ION TRANSPORT PROTEIN
B: ION TRANSPORT PROTEIN
C: ION TRANSPORT PROTEIN
D: ION TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,76116
ポリマ－67,3464
非ポリマー2,41512
水1,58588
1
C: ION TRANSPORT PROTEIN
D: ION TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子

C: ION TRANSPORT PROTEIN
D: ION TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,00214
ポリマ－67,3464
非ポリマー1,65610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area7400 Å2
ΔGint-107.3 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
2
A: ION TRANSPORT PROTEIN
B: ION TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子

A: ION TRANSPORT PROTEIN
B: ION TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,52018
ポリマ－67,3464
非ポリマー3,17414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area7640 Å2
ΔGint-113.5 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.901, 331.704, 79.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1301-

NA

21A-1302-

NA

31C-1301-

NA

41C-1302-

NA

51C-1303-

NA

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00188, 0.0008, -1), (0.00155, 1, 0.00081), (1, -0.00155, 0.00187)-19.87411, 0.0233, 59.80415
2given(0.9885, 0.02297, 0.14949), (0.02313, -0.99973, 0.00066), (0.14946, 0.0028, -0.98876)-1.86051, -162.2475, 45.89515
3given(0.15026, 0.00207, -0.98864), (0.01885, -0.99982, 0.00077), (-0.98847, -0.01875, -0.15027)-14.07262, -162.36835, -17.81792

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要素

#1: タンパク質
ION TRANSPORT PROTEIN / NAVMS


分子量: 16836.502 Da / 分子数: 4 / 断片: PORE AND CTD, RESIDUES 130-274 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MAGNETOCOCCUS MARINUS MC-1 (バクテリア)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0L5S6
#2: 化合物
ChemComp-2CV / HEGA-10


分子量: 379.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO7 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONSTRUCT CONSISTS OF PORE AND C-TERMINAL DOMAIN ONLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.1 M NA3CITRATE, 0.1 M TRIS, PH 8.0, 34% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97572
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97572 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→45.47 Å / Num. obs: 30860 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.67→2.79 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BHA

4bha
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.664→45.469 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 1576 5.1 %
Rwork0.276 --
obs0.2772 30784 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.664→45.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2912 0 125 88 3125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9334236
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1591061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6635-2.74950.34721340.3072521X-RAY DIFFRACTION95
2.7495-2.84770.36121330.29332602X-RAY DIFFRACTION100
2.8477-2.96170.29181370.28262637X-RAY DIFFRACTION100
2.9617-3.09650.26451430.26062627X-RAY DIFFRACTION100
3.0965-3.25970.28231450.26912621X-RAY DIFFRACTION100
3.2597-3.46390.28151340.26472691X-RAY DIFFRACTION100
3.4639-3.73120.33451530.252610X-RAY DIFFRACTION100
3.7312-4.10650.25981340.25292680X-RAY DIFFRACTION100
4.1065-4.70020.29761420.26012722X-RAY DIFFRACTION100
4.7002-5.91970.28051680.27972679X-RAY DIFFRACTION100
5.9197-45.47520.32521530.32172818X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.32680.65660.23622.71690.06664.90160.0279-0.0970.69050.04360.17320.2304-0.4585-0.1385-0.09750.3190.00970.03850.51830.02830.4028-27.7254-63.21611.6843
25.2596-0.246-0.46892.93070.73264.6013-0.16550.23480.5419-0.08110.1938-0.0793-0.678-0.04440.00490.4303-0.044-0.03280.53790.01710.3333-31.6827-63.233232.2469
33.9268-0.62180.04312.9934-0.054.45350.0840.0247-0.47710.2360.11540.19060.4571-0.284-0.16490.345-0.0281-0.03130.53190.03380.3636-29.2565-99.846430.1683
44.8682-0.38220.394.13810.89044.0521-0.2076-0.1965-0.37020.10750.0919-0.23450.44750.15550.07830.3420.05460.04480.5611-0.00280.2939-29.809-99.82879.2931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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