PDB-4cbb: APO FORM OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cbb

タイトル

APO FORM OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomonas aeruginosa

要素

BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Sanchez, A.G. / Munoz-Clares, R.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structural Bases of the Dual Coenzyme Specificity of Betaine Aldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Diaz-Sanchez, A.G. / Gonzalez-Segura, L. / Rodriguez-Sotres, R. / Mujica-Jimenez, C. / Munoz-Clares, R.A.

履歴

登録	2013年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cbb.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cbb.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4cazC 2wmeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bpg-1 3zqa-d 2xdr-d 5gtl-d 4caz-1 6bpg-2 2wme-1 5gtk-d 3ek1-1 4qje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

E: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

F: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

G: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

H: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

434 kDa, 8 ポリマー
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1

E: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

F: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

G: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

H: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 4 ポリマー
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2

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	332.320, 131.339, 100.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BADH 分子量: 53259.066 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 2-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PCALBETB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 3715分子

#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	... ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN 85 MM HEPES PH 7.5, 8.5% (V:V) ISOPROPANOL, 17% (W:V)PEG 4000, 15% (V:V) GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月9日 / 詳細: VERTICAL FOCUSING
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 392152 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WME

2wme

解像度: 1.8→29.824 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1827	19716	5 %
R_work	0.147	-	-
obs	0.1488	392133	98.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29952	0	452	3643	34047

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	31562
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.066	42761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.529	11819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	4793
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2551	595	0.218	10925	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8205-1.8419	0.2323	657	0.1923	12473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.2282	712	0.1864	12462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.2365	618	0.1802	12461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.2193	657	0.1734	12528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.2198	679	0.177	12543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.2083	622	0.1692	12519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.996	0.1922	667	0.162	12507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.2065	649	0.1553	12510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0604	0.1955	640	0.1534	12532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0604-2.0959	0.1932	629	0.1455	12552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0959-2.134	0.1888	655	0.1436	12476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.1751	0.1769	687	0.1453	12496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2195	0.1784	683	0.1435	12467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2195-2.2677	0.1916	668	0.1467	12576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2677-2.3204	0.1781	681	0.1397	12462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3204-2.3784	0.1765	654	0.14	12566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3784-2.4427	0.1897	644	0.1438	12557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4427-2.5146	0.1983	661	0.1444	12473	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5146-2.5957	0.1911	671	0.1438	12502	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5957-2.6884	0.1831	636	0.1422	12541	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6884-2.796	0.1779	635	0.1414	12563	X-RAY DIFFRACTION	99
2.796-2.9231	0.1717	663	0.1424	12464	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9231-3.0771	0.1834	699	0.1431	12463	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0771-3.2696	0.1798	698	0.1443	12413	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2696-3.5217	0.1766	646	0.1388	12486	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5217-3.8754	0.1544	664	0.1326	12452	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8754-4.4346	0.1637	655	0.1298	12410	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4346-5.5812	0.1576	636	0.1391	11783	X-RAY DIFFRACTION	93
5.5812-29.8285	0.1781	655	0.161	12255	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2451	0.0321	0.0948	0.3371	-0.0791	0.3431	-0.0097	-0.0381	-0.0024	0.0797	-0.0067	-0.0139	-0.0372	-0.0118	-0.0076	0.1096	-0.0004	0.0032	0.1076	0.008	0.072	43.83	1.1663	38.3503
2	0.2532	0.0106	0.0784	0.4168	-0.1066	0.3612	0.015	-0.0294	-0.0667	-0.0526	0.0233	0.0807	0.0803	-0.0882	0.0048	0.1138	-0.0274	-0.0084	0.1204	0.0207	0.1101	27.5861	-22.876	18.2058
3	0.3158	0.041	-0.0031	0.3912	-0.0908	0.673	-0.0429	0.1083	0.0093	-0.1633	0.0077	-0.0924	0.0215	0.1792	-0.0422	0.1593	-0.0166	0.0499	0.1858	0.0223	0.0977	57.8354	-0.1916	-8.97
4	0.2238	-0.0012	0.043	0.408	-0.1587	0.5108	-0.0394	0.0646	0.0895	-0.0715	0.0456	0.0777	-0.1242	-0.0899	0.0281	0.1648	0.0062	-0.0213	0.141	0.0392	0.1257	31.172	22.1361	-1.074
5	0.3328	0.3491	-0.0826	0.8315	-0.0019	0.1297	0.0699	-0.0499	-0.0742	0.1836	-0.0562	-0.0942	0.029	0.0071	0.0044	0.1415	0.0012	-0.0169	0.1035	0.031	0.1235	45.5946	39.4841	63.9598
6	0.3143	0.1637	-0.0001	0.8701	0.0422	0.3969	-0.0147	0.0771	0.0205	-0.1525	0.0058	0.2216	0.0265	-0.0768	0.0286	0.1138	0.0041	-0.0154	0.1239	0.0195	0.1769	29.919	55.8815	36.2072
7	0.4094	0.0105	0.0681	0.6615	0.0411	0.2271	0.002	-0.0215	0.0889	0.1238	-0.009	0.0079	-0.0364	0.0114	0.0151	0.1239	-0.0061	0.0136	0.1081	0.019	0.1575	51.0746	88.3456	61.7485
8	0.3555	0.1411	0.0445	0.6896	0.1474	0.4722	0.0515	-0.1387	0.1723	0.3184	-0.1163	0.3186	-0.0224	-0.1632	0.0147	0.2682	-0.0213	0.1565	0.1754	-0.0561	0.2959	23.5192	76.551	80.5032
9	0.0973	0.1074	0.0162	0.3037	0.105	0.037	-0.0292	0.0397	-0.0152	-0.0194	-0.012	0.0707	-0.0237	0.0668	-0.0006	0.2849	0.0089	-0.0553	0.3639	0.0767	0.2614	43.9558	22.9192	24.8143
10	0.0437	0.0955	0.0496	0.3303	0.0853	0.0748	0.0179	-0.0018	0.0251	0.0351	-0.0324	0.0707	0.0145	-0.0262	0.0161	0.1847	-0.0012	0.0245	0.2328	0.0385	0.2234	38.8073	32.5767	36.0688
11	0.0461	0.0441	0.013	0.2923	0.0762	0.0674	0.0002	0.0107	0.0311	0.0121	-0.0091	0.0363	-0.002	-0.0073	0.0083	0.137	-0.0009	-0.0032	0.1937	0.037	0.1624	39.9989	30.9705	35.4891
12	0.0803	0.1126	0.0169	0.3213	0.1418	0.1254	0.0484	0.0148	0.0487	0.0086	0.0345	0.0582	0.0109	-0.0313	0.0207	0.2466	-0.0237	0.0443	0.3929	0.079	0.3062	46.0928	23.9835	32.4336
13	0.0943	0.0454	0.0728	0.3576	0.031	0.1277	0.0009	0.0305	0.0968	-0.0232	-0.0801	0.0891	-0.0078	0	0.0159	0.453	-0.0559	0.0597	0.5265	0.0415	0.5245	38.6074	32.6169	35.9066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN Q
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN R
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN S
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN I
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN L

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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