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- PDB-4c9x: Crystal structure of NUDT1 (MTH1) with S-crizotinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c9x
タイトルCrystal structure of NUDT1 (MTH1) with S-crizotinib
要素7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / CRIZOTINIB
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VHS / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Elkins, J.M. / Salah, E. / Huber, K. / Superti-Furga, G. / Abdul Azeez, K.R. / Krojer, T. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Stereospecific Targeting of Mth1 by (S)-Crizotinib as an Anticancer Strategy.
著者: Huber, K.V.M. / Salah, E. / Radic, B. / Gridling, M. / Elkins, J.M. / Stukalov, A. / Jemth, A. / Gokturk, C. / Sanjiv, K. / Stromberg, K. / Pham, T. / Berglund, U.W. / Colinge, J. / Bennett, ...著者: Huber, K.V.M. / Salah, E. / Radic, B. / Gridling, M. / Elkins, J.M. / Stukalov, A. / Jemth, A. / Gokturk, C. / Sanjiv, K. / Stromberg, K. / Pham, T. / Berglund, U.W. / Colinge, J. / Bennett, K.L. / Loizou, J.I. / Helleday, T. / Knapp, S. / Superti-Furga, G.
履歴
登録2013年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0668
ポリマ－18,1001
非ポリマー9667
水4,143230
1
A: 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子

A: 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,13116
ポリマ－36,1992
非ポリマー1,93214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-140.7 kcal/mol
Surface area16160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.200, 60.020, 67.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1161-

SO4

21A-2203-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE / 2-HYDROXY-DATP DIPHOSPHATASE / 8-OXO-DGTPASE / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE-LINKED MOIETY X MOTIF 1 / NUDIX MOTIF 1


分子量: 18099.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-VHS / 3-[(1S)-1-(2,6-DICHLORO-3-FLUOROPHENYL)ETHOXY]-5-(1-PIPERIDIN-4-YLPYRAZOL-4-YL)PYRIDIN-2-AMINE / S-CRIZOTINIB / (S)-クリゾチニブ


分子量: 450.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22Cl2FN5O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細P36639 ISOFORM 4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M AMMONIUM SULFATE, 24%(W/V) PEG 4000, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→36.2 Å / Num. obs: 46209 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZR0

3zr0


解像度: 1.2→44.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.403 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18159 2337 5.1 %RANDOM
Rwork0.14629 ---
obs0.14801 43840 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→44.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1249 0 56 230 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9992001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7423.0093112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2825190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.20924.38473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.86115253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.116158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.691.188653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6851.187652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7891.801824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.791.801825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7361.542801
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4431.513782
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7912.1571129
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.15513.1471824
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.30311.7011696
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.16432792
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.512558
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.74952916
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 162 -
Rwork0.263 3201 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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