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万見
- PDB-4i66: Crystal structure of Hoch_4089 protein from Haliangium ochraceum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i66
タイトルCrystal structure of Hoch_4089 protein from Haliangium ochraceum
要素uncharacterized protein Hoch_4089
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Domain of unknown function DUF4159 / Domain of unknown function DUF4159 / Domain of unknown function (DUF4159) / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DUF4159 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Michalska, K. / Mack, J.C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Hoch_4089 protein from Haliangium ochraceum
著者: Michalska, K. / Mack, J.C. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein Hoch_4089
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5803
ポリマ－23,3881
非ポリマー1922
水3,135174
1
A: uncharacterized protein Hoch_4089
ヘテロ分子

A: uncharacterized protein Hoch_4089
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1606
ポリマ－46,7762
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
Buried area1800 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area18560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.185, 58.185, 94.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

SO4

21A-301-

SO4

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein Hoch_4089


分子量: 23387.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (バクテリア)
株: DSM 14365 / 遺伝子: Hoch_4089 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: D0LJL3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.89 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. all: 46523 / Num. obs: 46401 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2297 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
BUCCANEERモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→22.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.584 / SU ML: 0.031 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19843 1177 2.5 %RANDOM
Rwork0.15897 ---
all0.15991 46401 --
obs0.15991 46401 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→22.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 0 10 174 1740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.9932214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93532762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1395205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04221.94877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85715264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7821520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7931.51017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.51.5411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.86421626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.693616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6414.5588
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.47332782
LS精密化 シェル解像度: 1.299→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 81 -
Rwork0.213 3283 -
obs--99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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