PDB-4c9m: Structure of substrate free, glycerol bound wild type CYP101D1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c9m

タイトル

Structure of substrate free, glycerol bound wild type CYP101D1

要素

CYTOCHROME P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Batabyal, D. / L Poulos, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures and Functional Characterization of Wild Type and Active Sites Mutants of Cyp101D1.
著者: Batabyal, D. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2013年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Atomic model / Derived calculations
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c9m.cif.gz	484.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c9m.ent.gz	407.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c9kC 4c9lC 4c9nC 4c9oC 4c9pC 3lxiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c9o-2 4c9k-1 4c9o-1 3lxh-2 4c9p-1 4c9k-2 5mns-4 6j86-2 4und-2 6upi-d 6wgw-2 3lxi-2 4c9n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.520, 151.520, 195.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2028- HOH

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 / CYP101D1 分子量: 47337.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア) 株: DSM12444 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GB12
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 927 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.08 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 / 詳細: 100MM TRIS, PH 8.2, 1.6M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.8 Å / Num. obs: 121820 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6.2 / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LXI

3lxi

解像度: 1.801→48.076 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	1999	1.6 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.1548	121700	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→48.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6471	0	98	927	7496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.353	9208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.408	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	993
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.8461	0.2017	141	0.1576	8446	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8461-1.896	0.189	140	0.1505	8408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.896-1.9518	0.1719	142	0.1533	8450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9518-2.0148	0.2045	141	0.1452	8477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0148-2.0868	0.1912	141	0.1469	8451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0868-2.1703	0.1827	141	0.1435	8490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1703-2.2691	0.1576	142	0.1381	8482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2691-2.3887	0.1588	143	0.1369	8509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3887-2.5384	0.187	142	0.1435	8519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5384-2.7343	0.1742	143	0.1555	8554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7343-3.0095	0.1728	143	0.1609	8584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0095-3.4448	0.204	145	0.1605	8658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4448-4.3397	0.1615	146	0.1478	8717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3397-48.0935	0.2471	149	0.1769	8956	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7985	-0.3167	-0.1061	0.6195	0.0818	0.4415	-0.0095	0.0492	0.0134	-0.0987	0.0115	-0.0136	-0.1046	0.0105	0.0025	0.1284	-0.0116	-0.0302	0.1522	-0.0078	0.0811	26.8466	22.0686	4.9537
2	1.2189	-0.2205	0.1555	1.5886	-0.0427	1.1804	0.0116	0.1742	0.1165	-0.2128	0.0125	0.0752	-0.1682	0.0721	-0.0245	0.2111	-0.0464	-0.0286	0.2284	0.0454	0.1349	25.1746	35.0018	-6.1831
3	1.4123	1.0302	-1.0146	1.9995	-1.409	1.2588	-0.0912	0.134	-0.0017	-0.0962	0.0557	-0.0046	-0.1297	-0.0642	0.0434	0.1724	-0.0097	-0.0406	0.1917	0.0057	0.1066	19.9508	27.2442	4.2912
4	0.7682	-0.3328	-0.0131	0.6361	0.0616	0.5225	-0.0736	-0.1178	-0.0793	0.025	0.0707	0.0838	-0.0538	-0.042	-0.0076	0.0809	0.0119	-0.0151	0.1529	0.0049	0.0914	20.4342	19.7766	14.0528
5	1.596	-0.5441	-0.086	0.7799	0.0518	0.1837	-0.0461	-0.166	0.0496	0.0254	0.0424	-0.0617	-0.0144	0.0613	0.0219	0.0899	0.0158	0.0042	0.2145	0.0018	0.1095	51.2963	12.0928	34.3579
6	1.169	-0.2982	0.0343	0.8559	0.2157	0.9105	0.0025	-0.3751	0.3137	0.071	-0.0168	-0.2343	-0.0811	0.0079	0.0064	0.101	-0.0236	-0.05	0.3813	-0.0041	0.2624	66.9535	18.6219	36.4787
7	1.4547	-0.3557	0.0207	0.8352	-0.1855	0.3956	-0.008	0.006	-0.1492	-0.0595	0.0095	0.0228	0.0284	0.0148	-0.0012	0.0865	0.0166	0.008	0.1773	0.0057	0.1306	47.8636	6.7078	29.1945
8	0.9869	-0.4017	-0.0017	1.0461	0.3653	1.0871	-0.0972	-0.1688	-0.4674	0.1476	0.0848	0.094	0.21	0.0184	0.0217	0.1125	0.0505	0.027	0.2211	0.0653	0.2952	55.54	-6.8905	36.9188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 172 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 173 THROUGH 242 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 243 THROUGH 274 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 275 THROUGH 417 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 11 THROUGH 172 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 173 THROUGH 242 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 243 THROUGH 367 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 368 THROUGH 417 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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