+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c99 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mouse ZNRF3 ectodomain in complex with mouse RSPO2 Fu1-Fu2 crystal form I | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | LIGASE/SIGNALING PROTEIN / LIGASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX / WNT / RNF43 / LGR4 / LGR5 / LGR6 / RSPO / R-SPONDIN / R-SPO / RSPO1 / RSPO3 / RSPO4 / RECEPTOR / MEMBRANE / SIGNALLING | ||||||
機能・相同性 | ![]() trachea cartilage morphogenesis / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / lung growth / regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / embryonic forelimb morphogenesis ...trachea cartilage morphogenesis / negative regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / lung growth / regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of Wnt signaling pathway / bone mineralization / canonical Wnt signaling pathway / stem cell proliferation / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / osteoblast differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / signaling receptor binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zebisch, M. / Jones, E.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Molecular Basis of Znrf3/Rnf43 Transmembrane Ubiquitin Ligase Inhibition by the Wnt Agonist R-Spondin. 著者: Zebisch, M. / Xu, Y. / Krastev, C. / Macdonald, B.T. / Chen, M. / Gilbert, R.J.C. / He, X. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 88.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4c84C ![]() 4c85C ![]() 4c86C ![]() 4c8aC ![]() 4c8cC ![]() 4c8fC ![]() 4c8pC ![]() 4c8tC ![]() 4c8uC ![]() 4c8vC ![]() 4c8wC ![]() 4c9aC ![]() 4c9eC ![]() 4c9rC ![]() 4c9uC ![]() 4c9vC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.998, 0.042, -0.053), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18203.557 Da / 分子数: 2 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 53-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SSZ7, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: タンパク質 | 分子量: 14158.086 Da / 分子数: 2 / 断片: FU1-FU2, RESIDUES 37-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CL / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 % / 解説: NONE |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→66 Å / Num. obs: 15525 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 71.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 16 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.8→66.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 21.184 / SU ML: 0.418 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.478 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.796 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→66.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|