PDB-4c88: Esterase LpEst1 from Lactobacillus plantarum: native structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c88

タイトル

Esterase LpEst1 from Lactobacillus plantarum: native structure

要素

ESTERASE

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylesterase / carboxylesterase activity / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Alvarez, Y. / Esteban-Torres, M. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / Benavente, R. / Mardo, K. / de-las-Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Esterase Lpest1 from Lactobacillus Plantarum: A Novel and Atypical Member of the Alpha Beta Hydrolase Superfamily of Enzymes
著者: Alvarez, Y. / Esteban-Torres, M. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / Benavente, R. / Mardo, K. / De-Las-Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2013年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4c87C 4c89C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c87-2 4c89-1 3azr-d 5j28-d 3nnf-1 4f2b-d 7cl5-2 7cl6-3 3aof-d 2zm9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESTERASE

B: ESTERASE

C: ESTERASE

D: ESTERASE

155 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ESTERASE

C: ESTERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ESTERASE

D: ESTERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.340, 168.340, 184.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	ESTERASE / CARBOXYLESTERASE LPEST1 分子量: 38657.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア) 株: WCFS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q88Y25, UniProt: F9UMG7*PLUS, carboxylesterase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 2.8 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 7.0 AND 35%(V/V) TACSIMATE PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.94
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -H,K,-L / Fraction: 0.03
反射	解像度: 2.65→53 Å / Num. obs: 74256 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 41.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→53.678 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.04 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1749	3737	5 %
R_work	0.1371	-	-
obs	0.1384	74256	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→53.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10381	0	0	1712	12093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10751
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	14771
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.075	3801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6502-2.6959	0.2481	192	0.1687	3484	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6959-2.7449	0.2406	187	0.1604	3560	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7449-2.7977	0.2079	180	0.1559	3497	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7977-2.8547	0.2391	176	0.1558	3531	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8547-2.9168	0.2017	205	0.1496	3481	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9168-2.9846	0.1967	192	0.1513	3510	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9846-3.0592	0.1999	190	0.1447	3548	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0592-3.1419	0.2003	189	0.1385	3476	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1419-3.2343	0.1847	171	0.1335	3550	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2343-3.3386	0.1657	179	0.1377	3517	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3386-3.4578	0.1485	185	0.1338	3516	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4578-3.5962	0.1679	188	0.1251	3531	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5962-3.7597	0.1494	188	0.1182	3537	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7597-3.9576	0.1585	204	0.1157	3519	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9576-4.2053	0.157	166	0.1104	3509	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2053-4.5294	0.1507	207	0.1113	3507	X-RAY DIFFRACTION	94
4.5294-4.9841	0.1391	181	0.1149	3544	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9841-5.7029	0.1536	176	0.1307	3526	X-RAY DIFFRACTION	95
5.7029-7.1757	0.1935	190	0.1622	3551	X-RAY DIFFRACTION	95
7.1757-35.9916	0.172	191	0.1747	3590	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.772	-0.1029	-1.3697	1.7912	0.499	2.7732	0.1838	0.1393	0.1442	-0.1374	0.1211	-0.2104	-0.4893	0.2528	-0.2381	0.2154	-0.0928	-0.0679	0.2345	-0.0321	0.2115	50.1521	48.886	-8.8931
2	4.3527	4.8425	5.2951	6.3473	5.548	7.3369	0.4135	-0.621	0.5332	0.5005	-0.4533	0.0536	0.4062	-0.4635	0.0743	0.1155	-0.0363	0.0622	0.2996	-0.0475	0.2846	26.1622	34.4154	-5.3073
3	0.7927	0.0674	-0.1514	3.1189	-0.3347	0.948	0.0273	0.2146	-0.0333	-0.4776	0.0011	-0.0015	0.0935	0.0964	0.0034	0.1907	-0.0256	-0.0278	0.1824	-0.0414	0.1106	39.4376	30.7254	-28.7105
4	0.1775	0.0667	-0.0075	1.6538	1.0559	1.0448	-0.0214	-0.076	0.1029	0.1799	0.0718	-0.1205	0.1264	0.1361	-0.0586	0.1397	-0.0268	-0.0482	0.1631	-0.007	0.1413	43.8331	31.0582	-9.3125
5	1.7371	1.2328	-0.63	4.5724	-0.1252	1.9551	0.0633	0.0502	-0.2727	0.3549	-0.0794	-0.3289	0.3364	0.2954	0.0391	0.15	0.0435	-0.0574	0.1896	-0.0144	0.1316	47.5041	24.5738	-10.2463
6	1.3805	-0.4101	0.301	1.9642	0.1884	2.3425	0.09	-0.0323	0.0368	-0.0033	-0.0564	-0.2908	-0.1069	0.2949	-0.0314	0.1079	-0.0684	-0.0185	0.2144	-0.0296	0.1735	50.164	39.236	-14.9782
7	2.2688	-0.7895	1.8271	2.9743	-3.2004	6.6152	0.0971	0.2067	-0.2384	-0.221	-0.3496	-0.0662	0.5513	0.6175	-0.1221	0.304	-0.0657	-0.035	0.1638	-0.1272	0.125	44.4938	35.1152	17.6514
8	1.075	0.6587	0.364	5.0576	1.6335	2.1086	0.129	-0.2367	-0.1035	0.5674	-0.0441	-0.1172	0.0131	-0.1483	-0.1108	0.2379	0.0104	-0.0643	0.2445	0.0172	0.1539	48.4369	43.5159	42.3381
9	1.5509	-1	-0.535	2.7907	1.0224	0.965	-0.071	0.0027	0.2689	-0.0117	-0.0223	-0.3103	-0.2897	0.3308	-0.0441	0.2092	-0.0802	-0.084	0.1762	0.0084	0.1987	59.993	58.748	24.5626
10	0.6469	-0.4689	0.3616	1.5071	0.3555	0.8842	0.0022	-0.0539	0.0746	0.1071	-0.0284	-0.0394	-0.1179	-0.0316	0.0253	0.1508	-0.0458	-0.0346	0.1223	-0.0193	0.1089	44.6068	56.9054	27.113
11	0.8603	-0.3562	-1.0333	4.2775	1.4404	1.6166	0.1171	0.1692	0.1138	0.0549	0.0018	0.2062	-0.0628	-0.2719	-0.0184	0.1131	-0.0358	-0.0687	0.1659	0.0068	0.1282	36.8877	57.6142	25.641
12	1.5162	-0.2475	0.1241	1.9785	-0.649	1.3582	0.0517	-0.0362	-0.0607	-0.104	-0.0649	0.0135	0.024	-0.0371	0.0053	0.1526	-0.0588	-0.0267	0.1171	-0.0484	0.121	46.2184	46.298	20.6106
13	2.1491	0.5495	-0.6172	1.8345	0.8933	3.1173	0.0015	-0.1252	0.1815	0.0355	0.0333	-0.2041	-0.2341	0.3958	-0.0839	0.1694	0.0079	-0.0453	0.1324	-0.0189	0.1969	18.9835	55.9862	-23.6503
14	3.9412	-0.5669	1.5821	0.7499	0.282	1.2968	0.0032	-0.0276	-0.4628	0.0954	-0.0118	0.1434	0.1743	0.0274	-0.0279	0.1415	-0.0379	0.0293	0.1337	-0.0594	0.2345	9.1402	33.9549	-19.1653
15	2.099	0.5185	-0.3501	1.0137	-0.1843	1.3241	-0.0148	-0.0238	0.02	0.0159	0.0271	-0.0122	-0.092	-0.1159	-0.0105	0.1261	0.0103	-0.0016	0.1088	-0.0643	0.1198	2.7074	47.938	-21.4307
16	2.4734	1.3179	0.8336	1.3423	-0.3294	2.4376	-0.0038	-0.0837	0.3481	0.1494	0.0116	0.0997	-0.3176	-0.3319	-0.0423	0.1939	0.0466	0.0294	0.1241	-0.074	0.2091	-1.8175	54.3538	-20.151
17	1.645	0.3942	-0.3307	1.4406	-0.2539	1.6818	0.1236	-0.2486	0.0977	0.0368	-0.1277	0.0004	-0.1879	0.0038	0.0175	0.1911	-0.0356	-0.0305	0.1325	-0.0716	0.1564	12.7388	52.1551	-15.1017
18	2.3716	-0.2087	0.9414	1.5398	0.0699	1.2931	-0.0885	0.0816	0.363	-0.5095	0.0337	0.5062	-0.2594	-0.297	0.0542	0.4022	0.0546	-0.1309	0.3138	0.0521	0.3495	23.1435	99.8133	13.1366
19	1.7946	-1.0318	-0.5082	3.2252	0.7108	1.3003	-0.0435	-0.1262	-0.1321	0.314	0.0321	0.1679	0.0685	-0.0519	0.0076	0.1435	-0.0261	-0.0203	0.1538	0.0147	0.1086	34.4721	90.0712	34.1403
20	1.0001	-0.2374	-0.0708	1.7616	-0.0142	1.4235	-0.0079	0.2044	-0.0222	-0.5638	0.0217	0.4218	0.0051	-0.22	-0.0331	0.2829	-0.0265	-0.1258	0.2279	-0.0068	0.2499	27.6261	87.2457	16.7452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 43 THROUGH 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 59 THROUGH 166 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 167 THROUGH 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 250 THROUGH 285 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 286 THROUGH 337 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 31 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 32 THROUGH 58 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 59 THROUGH 128 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 129 THROUGH 249 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 250 THROUGH 285 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 286 THROUGH 337 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 58 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 59 THROUGH 128 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 129 THROUGH 249 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 250 THROUGH 285 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 286 THROUGH 337 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESID 0 THROUGH 58 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESID 59 THROUGH 166 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESID 167 THROUGH 337 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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