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Yorodumi- PDB-4c89: Crystal structure of carboxylesterase LpEst1 from Lactobacillus p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c89 | ||||||
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Title | Crystal structure of carboxylesterase LpEst1 from Lactobacillus plantarum: high resolution model | ||||||
Components | ESTERASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | LACTOBACILLUS PLANTARUM (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Alvarez, Y. / Esteban-Torres, M. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / Benavente, R. / Mardo, K. / de-las-Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2014 Title: Esterase Lpest1 from Lactobacillus Plantarum: A Novel and Atypical Member of the Alpha Beta Hydrolase Superfamily of Enzymes Authors: Alvarez, Y. / Esteban-Torres, M. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / Benavente, R. / Mardo, K. / De-Las-Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4c89.cif.gz | 571.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4c89.ent.gz | 489.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4c89.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c89 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38985.570 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) LACTOBACILLUS PLANTARUM (bacteria) / Strain: WCFS1 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q88Y25, UniProt: F9UMG7*PLUS, carboxylesterase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.41 Å3/Da / Density % sol: 72.1 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 1 M SODIUM MALONATE, 0.5 % (V/V) JEFFAMINE ED-2001, 100 MM HEPES PH 7.0, 5 MM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.97914 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: -H,K,-L / Fraction: 0.2 |
Reflection | Resolution: 2.05→53 Å / Num. obs: 161172 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.16 Å / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NONE Resolution: 2.05→53.376 Å / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.47 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→53.376 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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