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- PDB-4c7o: The structural basis of FtsY recruitment and GTPase activation by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7o
タイトルThe structural basis of FtsY recruitment and GTPase activation by SRP RNA
要素
  • (SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ...) x 2
  • SRP RNA
キーワードNUCLEAR PROTEIN/RNA / NUCLEAR PROTEIN-RNA COMPLEX / NUCLEAR PROTEIN / PROTEIN TRANSLOCATION / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR / GDP ALF3/4
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / ribonucleoprotein complex ...signal recognition particle binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle ...Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP54, nucleotide-binding domain / Signal recognition particle protein / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle receptor FtsY
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Voigts-Hoffmann, F. / Schmitz, N. / Shen, K. / Shan, S.O. / Ataide, S.F. / Ban, N.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: The Structural Basis of Ftsy Recruitment and Gtpase Activation by Srp RNA
著者: Voigts-Hoffmann, F. / Schmitz, N. / Shen, K. / Shan, S.O. / Ataide, S.F. / Ban, N.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FTSY
C: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
D: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FTSY
E: SRP RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,56518
ポリマ－140,8395
非ポリマー2,72513
水9,026501
1
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FTSY
E: SRP RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3129
ポリマ－78,1713
非ポリマー1,1416
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-35.1 kcal/mol
Surface area29780 Å2
手法PISA
2
C: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN
D: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FTSY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2529
ポリマ－62,6682
非ポリマー1,5847
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-27.7 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.720, 166.330, 154.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
SIGNAL RECOGNITION PARTICLE ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE PROTEIN / FIFTY-FOUR HOMOLOG / FFH / P48


分子量: 32394.463 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AGD7
#2: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE RECEPTOR FTSY / SRP RECEPTOR / FTSY


分子量: 30273.680 Da / 分子数: 2 / 断片: NG DOMAIN, RESIDUES 224-497 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P10121

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 E

#3: RNA鎖 SRP RNA


分子量: 15503.189 Da / 分子数: 1
断片: TETRALOOP RESIDUES 542524 542543 AND DISTAL SITE RESIDUES 542594-542617
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: 56384585

-
非ポリマー , 4種, 514分子

#4: 化合物
ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.22 Å / Num. obs: 45637 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.28 % / Biso Wilson estimate: 61.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.38
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CNW

2cnw


解像度: 2.6→49.222 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 1851 4.1 %
Rwork0.1632 --
obs0.1657 45630 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8681 1028 164 501 10374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42714012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2773935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061599
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.67030.37491390.27283307X-RAY DIFFRACTION99
2.6703-2.74890.32561410.25563308X-RAY DIFFRACTION100
2.7489-2.83760.2771430.21813378X-RAY DIFFRACTION100
2.8376-2.9390.25931380.19783293X-RAY DIFFRACTION100
2.939-3.05670.28761410.18983317X-RAY DIFFRACTION99
3.0567-3.19580.23321430.1833379X-RAY DIFFRACTION100
3.1958-3.36420.28351400.17833327X-RAY DIFFRACTION99
3.3642-3.5750.26411410.16113345X-RAY DIFFRACTION99
3.575-3.85090.20971430.15093353X-RAY DIFFRACTION99
3.8509-4.23820.18671410.13853358X-RAY DIFFRACTION99
4.2382-4.8510.16781450.12523421X-RAY DIFFRACTION100
4.851-6.110.20831460.15733431X-RAY DIFFRACTION99
6.11-49.23080.21911500.16153562X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0718-0.06650.12690.0036-0.06760.18780.3306-0.7977-0.6764-0.3892-0.14490.565-0.820.4292-0.00192.52040.37770.20251.56650.00841.883-9.89122.192-40.3841
20.7343-0.4787-0.6210.28590.40190.5666-0.02850.1094-0.8532-0.12490.08290.14852.22740.6961-0.072.98520.75890.23980.2399-0.28381.3299-15.439210.7225-51.6452
30.34410.02690.25430.0487-0.06450.16560.6206-1.1058-1.53271.4745-0.906-0.62250.23750.7674-0.01061.58980.55640.06821.59120.24711.6275-2.954713.3539-45.3989
42.81540.0212-0.92293.41420.47666.018-0.01730.7463-0.0237-0.64610.2412-0.3666-0.01270.26840.00490.5398-0.07010.08580.6602-0.07090.4056-18.521842.2981-63.779
50.39680.2988-0.01910.4864-0.53221.1667-0.17910.0295-0.40830.49860.2231-0.721.04891.1360.00010.86130.25090.1060.736-0.13780.7335-13.574129.8687-50.3547
60.38920.0576-0.15810.0577-0.08620.1510.3994-0.2436-1.90940.1717-0.66370.44751.3143-0.5329-0.15173.2076-1.0317-0.01480.2567-0.38821.9266-35.60784.231-51.8043
71.51250.45810.74530.10640.07354.591-0.05880.1056-1.1168-0.54060.8410.25372.0827-2.11161.53990.8422-1.28050.34081.8324-0.13761.2745-48.561321.174-47.4926
81.47330.1337-1.99362.69110.50012.95810.13060.6534-0.00560.03510.14850.4632-0.4673-1.55680.00960.49090.15150.05880.98460.16220.495-40.774345.8316-46.853
91.6444-0.658-0.85181.6704-1.61562.6267-0.26820.3642-0.8993-0.11610.35190.65661.3583-1.86380.01020.7746-0.45060.00961.0219-0.00850.823-39.786230.3216-46.1588
100.1777-0.09750.12540.09940.01080.1503-0.41071.2999-0.6163-0.55440.59640.60450.4713-0.5443-0.00441.4161-0.25830.30621.1451-0.37161.6315-28.2943-11.7061-26.8596
110.4026-0.16730.4210.53690.0840.5024-0.22150.1274-1.01870.16820.11180.56310.8493-0.5236-0.00010.7737-0.16880.12650.5346-0.15660.9604-23.7489-6.6276-14.0888
120.52360.09090.06330.4726-0.64170.7214-0.18171.2023-0.2633-0.6751-1.21632.8104-0.1973-1.0599-0.02850.8912-0.0647-0.17031.0922-0.46691.4777-36.3274-2.7542-19.8096
132.650.5637-0.44712.82980.13562.77380.0342-0.54370.33660.4294-0.08930.43330.0481-0.10140.00010.4516-0.0680.14140.5021-0.18630.4857-21.195922.03824.0436
141.1378-0.2656-0.1131.03480.89630.7166-0.06720.3711-0.0401-0.3012-0.01620.75740.047-0.3412-0.00010.4491-0.06370.07270.5607-0.10540.5839-26.185812.2431-11.8123
150.5089-0.2173-0.06650.68730.15720.35660.13410.0059-1.01770.1693-0.26360.76320.6960.4683-00.92020.2170.13160.6280.00870.9614-3.5146-13.601-14.2679
160.1052-0.2331-0.34870.27830.13840.3637-0.02690.199-0.4167-0.25120.0187-0.84630.3440.42050.00010.61620.17370.11480.7474-0.04290.98168.40824.461-16.3561
171.71510.2328-1.39612.4861-0.40882.32460.0636-0.24950.28580.0202-0.1201-0.3357-0.32210.3878-00.3824-0.08140.03670.5142-0.05150.53620.80628.8391-12.1363
181.96130.9315-0.38882.6480.65251.8993-0.068-0.0723-0.2816-0.00490.033-0.5030.41750.33880.00030.38020.06790.06490.5447-0.04910.5335-0.264913.4437-15.4442
190.137-0.0062-0.00770.08170.01890.00740.17230.6114-0.0924-0.19010.2556-0.1527-0.02930.1843-0.00470.4187-0.09560.0620.4477-0.08310.3039-25.379440.5546-54.3228
200.7431-0.70090.85380.6677-0.82141.0016-0.68640.7618-0.45630.29190.22770.2040.3356-0.4698-0.01920.4549-0.15090.07070.68030.08890.3663-33.405939.2887-53.8322
210.0481-0.031-0.00610.09310.03390.05250.2523-0.06540.190.4989-0.40890.4238-0.3975-0.0410.00070.3569-0.12220.06230.3579-0.03370.2946-14.473922.2947-5.7294
221.99370.77320.42280.34330.09520.2262-0.0908-0.3285-0.4533-0.21450.1139-0.34110.05150.0890.07360.17180.22740.58080.2874-0.6237-0.5545-6.42621.0985-6.4595
23-0.0009-0.030.00670.2169-0.04370.0071-0.18930.55390.6264-0.3290.0650.2673-0.2178-0.4044-0.00780.85940.23250.17621.1224-0.04931.1202-15.890431.3088-20.0696
242.49870.94860.9220.33410.09692.9516-0.1507-0.41871.17480.30060.01360.0173-1.3006-0.6055-0.00521.18280.2240.12180.6542-0.03450.9031-28.299356.9026-30.8582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2 : 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 31 : 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 61 : 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 91 : 250)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 251 : 297 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 30 : 71 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 72 : 100 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 101 : 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 201 : 300 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESSEQ 2 : 30 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 31 : 60 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 61 : 90 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 91 : 250)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 251 : 297 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND (RESSEQ 23 : 71 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESSEQ 72 : 100 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESSEQ 101 : 200 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESSEQ 201 : 302 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN A AND (RESSEQ 1001 : 1007 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND (RESSEQ 1001 : 1007 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND (RESSEQ 1001 : 1007 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 1001 : 1007 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 1306)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E (RESSEQ 0 AND 47)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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