PDB-4c70: Crystal structure of M. tuberculosis C171Q KasA in complex with TLM4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c70

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis C171Q KasA in complex with TLM4

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

キーワード

TRANSFERASE / KAS ENZYME / CONDENSING ENZYME / TYPE 2 FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MYCOLIC ACID SYNTHESIS / THIOLACTOMYCIN

機能・相同性

Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / : / Chem-M7U / Chem-TLJ / :

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Recognition of Mycolic Acid Precursors by Kasa, a Condensing Enzyme and Drug Target from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2013年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c70.cif.gz	344.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c70.ent.gz	280.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4c70_validation.pdf.gz	938.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c70_full_validation.pdf.gz	950.6 KB	表示
XML形式データ	4c70_validation.xml.gz	41.4 KB	表示
CIF形式データ	4c70_validation.cif.gz	62.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/4c70	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4c6uC 4c6vC 4c6wC 4c6xC 4c6zC 4c71C 4c72C 4c73C 2wggS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c72-d 6y2i-d 2wgg-2 2wgf-1 2wgg-4 4c6u-1 2wge-1 2wgf-4 6p9m-1 4c71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

ヘテロ分子

94.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.450, 89.470, 183.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE 分子量: 45845.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌) プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主: MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155 参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

#1: タンパク質

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE

分子量: 45845.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)
プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主:

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155
参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 6種, 784分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-TLJ / (5R)-4-hydroxy-5-methyl-5-[(1E)-2-methylbuta-1,3-dien-1-yl]-3-propylthiophen-2(5H)-one 分子量: 238.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₈O₂S
#6: 化合物	ChemComp-M7U / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(10R)-10-methyloctadecanoyl]oxy}propyl phosphate 分子量: 690.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₈P
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.09 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.5, 13% ISOPROPANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→33.78 Å / Num. obs: 123806 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WGG

2wgg

解像度: 1.75→91.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.387 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1656	6194	5 %	RANDOM
R_work	0.13952	-	-	-
obs	0.1408	117289	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.904 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→91.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6060	0	162	771	6993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.979	9139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.389	5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.393	23.673	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.651	15	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.259	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.53	1.5	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.254	2	6861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4	3	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.135	4.5	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	472	-
R_work	0.25	8591	-
obs	-	-	99.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8556	0.1003	-0.0654	0.6324	0.0479	0.5744	-0.0121	0.0331	-0.1312	-0.006	-0.0041	-0.0586	0.1348	0.1125	0.0161	0.0838	0.0268	0.0033	0.05	0.012	0.0875	6.2643	-33.1551	10.4148
2	0.2201	0.3327	-0.1777	1.0591	-1.4547	2.7217	0.0269	-0.04	-0.1101	-0.0724	-0.1354	-0.1509	0.2837	0.2292	0.1085	0.188	0.0342	0.0114	0.0889	0.0602	0.1408	1.9141	-43.8174	26.1795
3	2.6863	1.1411	0.2899	1.3731	0.2306	1.1364	-0.0294	-0.064	-0.2135	0.1192	0.0314	-0.1579	0.2003	0.2426	-0.002	0.1099	0.0556	-0.0273	0.13	0.0363	0.1036	12.9895	-33.4122	27.0043
4	1.2901	0.6833	-0.02	0.561	0.0859	0.6858	0.0117	-0.0928	-0.0489	0.0978	-0.007	0.0199	0.1226	0.0078	-0.0047	0.1264	0.0044	-0.0049	0.0802	0.0206	0.1058	-4.0635	-32.8314	31.788
5	0.0863	0.1063	0.1597	0.6117	0.0906	1.4886	-0.0067	-0.0689	-0.0022	0.0149	0.0112	-0.0795	-0.0584	0.005	-0.0045	0.0729	0.0149	-0.0035	0.0968	-0.0049	0.105	3.3509	-18.8599	23.2381
6	0.6008	0.0976	-0.1177	0.5357	0.0113	0.4667	-0.0004	0.0326	-0.0487	-0.0485	-0.0168	0.0065	0.055	-0.0179	0.0172	0.0804	0.0161	-0.0001	0.0711	0.0004	0.0876	-0.0479	-28.5703	9.7978
7	2.6043	-1.1667	1.2992	2.486	-0.8081	4.7319	0.0941	0.0005	0.0254	0.0515	-0.0649	-0.2704	-0.0116	0.5409	-0.0292	0.0103	-0.0209	-0.0204	0.1897	0.0099	0.1388	23.3388	-19.3135	21.6764
8	0.6867	-0.2406	-0.1484	0.5318	0.1446	0.6736	0.0128	0.0711	0.0642	-0.0581	-0.0234	-0.0354	-0.0485	0.0568	0.0106	0.0788	0.004	0.0015	0.0898	0.0155	0.0907	4.2967	-16.9027	5.7624
9	0.8667	-0.0339	-0.327	0.582	0.269	0.8054	0.0273	0.0438	0.033	-0.0907	0.0017	-0.0348	-0.0545	0.1068	-0.0289	0.0755	0.0096	0.0089	0.0996	0.0205	0.0928	9.5923	-19.5724	2.2551
10	0.7641	0.025	0.1001	0.7565	0.1254	0.7806	-0.002	-0.1056	0.0818	0.1136	-0.05	0.1578	-0.0569	-0.2412	0.052	0.0606	0.0003	0.0344	0.1061	-0.0447	0.0586	-19.203	-13.75	39.2497
11	0.028	-0.0925	-0.3187	1.4297	1.2239	4.3654	-0.0007	0.0424	0.0054	-0.1168	-0.1668	0.2163	-0.0934	-0.6704	0.1675	0.0719	0.0091	-0.0023	0.2269	-0.0485	0.1283	-27.3165	-18.548	23.044
12	1.3892	0.738	-0.1523	1.9274	0.0322	1.3273	-0.0103	0.014	0.2061	-0.0087	-0.014	0.2099	-0.1843	-0.2619	0.0243	0.0976	0.0596	-0.004	0.1106	-0.0198	0.1286	-19.499	-6.2487	23.3966
13	0.4982	0.6323	0.1135	1.9264	0.25	0.5986	0.0183	-0.0067	0.0109	-0.0053	-0.0255	0.0741	-0.0043	-0.1214	0.0072	0.0708	0.0065	0.0002	0.0858	0.0044	0.1152	-15.5683	-22.0303	17.5539
14	0.615	0.4642	-0.18	0.3506	-0.1384	0.9135	0.0244	-0.0814	0.0997	0.0182	-0.0618	0.071	0.0058	-0.0379	0.0374	0.1047	0.013	-0.002	0.0795	-0.0126	0.1136	-4.1683	-13.291	28.1287
15	0.561	0.0967	0.0551	0.4983	-0.0029	0.6438	0.0039	-0.1392	0.0123	0.1053	-0.0468	0.0453	-0.0019	-0.1298	0.0429	0.1064	-0.0133	0.0313	0.1064	-0.0207	0.0771	-13.8258	-19.1471	40.1281
16	3.8246	-1.3235	2.0452	3.7635	-2.8685	7.1168	-0.0099	-0.0002	0.2592	0.0886	-0.0506	0.0948	-0.5868	0.0287	0.0605	0.2328	0.0098	-0.0147	0.0127	-0.0432	0.1679	-7.982	6.1152	30.3704
17	0.6315	-0.0593	-0.0724	0.3889	0.0496	0.8052	-0.0051	-0.1427	0.0601	0.1474	-0.035	-0.0106	-0.0438	-0.0025	0.0401	0.1331	-0.0128	0.0035	0.0976	-0.0293	0.0722	-3.749	-13.3491	45.6294
18	0.5932	0.1209	-0.0656	1.0084	0.1214	1.1638	0.0243	-0.1722	0.0841	0.1773	-0.0387	0.0206	-0.0886	-0.0561	0.0144	0.1472	-0.0087	0.0043	0.1118	-0.0472	0.0732	-7.1183	-9.568	49.204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	161 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	184 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	252 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	267 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	373 - 416
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	4 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	64 - 82
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	83 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	103 - 160
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	161 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	184 - 251
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	252 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	267 - 372
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	373 - 416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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