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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c6r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TIR domain from the Arabidopsis Thaliana disease resistance protein RPS4 | ||||||
![]() | DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / PLANT TIR DOMAIN / SIGNAL TRANSDUCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / endomembrane system / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / identical protein binding / nucleus ...innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / endomembrane system / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Ma, Y. / Segonzac, C. / Ve, T. / Sarris, P. / Ericsson, D.J. / Saucet, S.B. ...Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Ma, Y. / Segonzac, C. / Ve, T. / Sarris, P. / Ericsson, D.J. / Saucet, S.B. / Zhang, X. / Parker, J. / Dodds, P.N. / Jones, J.D.G. / Kobe, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Assembly and Function of a Heterodimeric Plant Immune Receptor. 著者: Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Sarris, P.F. / Segonzac, C. / Ve, T. / Ma, Y. / Saucet, S.B. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Winzor, D.J. / Zhang, X. / ...著者: Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Sarris, P.F. / Segonzac, C. / Ve, T. / Ma, Y. / Saucet, S.B. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Winzor, D.J. / Zhang, X. / Coerdt, A. / Parker, J.E. / Dodds, P.N. / Kobe, B. / Jones, J.D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19613.748 Da / 分子数: 4 / 断片: TOLL/INTERLEUKIN-1 RECEPTOR DOMAIN, RESIDUES 11-178 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 23% (W/V) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM CITRATE (PH 6.5), 0.2 M SODIUM CHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→19.6 Å / Num. obs: 43623 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 5.9 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 75.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3OZI 解像度: 2.05→19.598 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.598 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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