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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c6r
タイトルCrystal structure of the TIR domain from the Arabidopsis Thaliana disease resistance protein RPS4
要素DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4
キーワードIMMUNE SYSTEM / PLANT TIR DOMAIN / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / endomembrane system / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / identical protein binding / nucleus ...innate immune response-activating signaling pathway / plant-type hypersensitive response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / endomembrane system / ADP binding / defense response to bacterium / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain ...Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / C-JID domain / C-JID domain / Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Disease resistance protein RPS4
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Ma, Y. / Segonzac, C. / Ve, T. / Sarris, P. / Ericsson, D.J. / Saucet, S.B. ...Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Ma, Y. / Segonzac, C. / Ve, T. / Sarris, P. / Ericsson, D.J. / Saucet, S.B. / Zhang, X. / Parker, J. / Dodds, P.N. / Jones, J.D.G. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Science / : 2014
タイトル: Structural Basis for Assembly and Function of a Heterodimeric Plant Immune Receptor.
著者: Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Sarris, P.F. / Segonzac, C. / Ve, T. / Ma, Y. / Saucet, S.B. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Winzor, D.J. / Zhang, X. / ...著者: Williams, S.J. / Sohn, K.H. / Wan, L. / Bernoux, M. / Sarris, P.F. / Segonzac, C. / Ve, T. / Ma, Y. / Saucet, S.B. / Ericsson, D.J. / Casey, L.W. / Lonhienne, T. / Winzor, D.J. / Zhang, X. / Coerdt, A. / Parker, J.E. / Dodds, P.N. / Kobe, B. / Jones, J.D.G.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4
B: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4
C: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4
D: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4554
ポリマ-78,4554
非ポリマー00
6,179343
1
A: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6141
ポリマ-19,6141
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6141
ポリマ-19,6141
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6141
ポリマ-19,6141
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6141
ポリマ-19,6141
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.925, 78.637, 80.668
Angle α, β, γ (deg.)65.63, 78.64, 78.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9513, -0.2658, 0.1564), (-0.2736, -0.9614, 0.02998), (0.1424, -0.0713, -0.9872)6.722, 98.92, 34.12
2given(-0.9491, 0.2998, -0.09678), (0.2694, 0.613, -0.7427), (-0.1634, -0.7309, -0.6626)60.79, 36.53, 112.3
3given(-0.9995, -0.01386, -0.02914), (-0.01439, -0.6168, 0.787), (-0.02888, 0.787, 0.6162)66.02, 42.54, 56.9

-
要素

#1: タンパク質
DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4 / TIR-NBS-LRR CLASS DISEASE RESISTANCE PROTEIN


分子量: 19613.748 Da / 分子数: 4 / 断片: TOLL/INTERLEUKIN-1 RECEPTOR DOMAIN, RESIDUES 11-178 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9XGM3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 23% (W/V) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM CITRATE (PH 6.5), 0.2 M SODIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.6 Å / Num. obs: 43623 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 5.9 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OZI
解像度: 2.05→19.598 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 1879 4.3 %
Rwork0.1864 --
obs0.1883 43618 94.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5268 0 0 343 5611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.097198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4362068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006910
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0501-2.10550.24441230.20412596X-RAY DIFFRACTION75
2.1055-2.16730.27831400.18753229X-RAY DIFFRACTION95
2.1673-2.23720.25141600.18893320X-RAY DIFFRACTION97
2.2372-2.3170.25821470.18483314X-RAY DIFFRACTION97
2.317-2.40960.22851430.18413314X-RAY DIFFRACTION97
2.4096-2.51910.26011520.19163291X-RAY DIFFRACTION98
2.5191-2.65160.27171460.20563302X-RAY DIFFRACTION97
2.6516-2.81730.23651480.1963314X-RAY DIFFRACTION96
2.8173-3.03410.24411430.19693274X-RAY DIFFRACTION96
3.0341-3.33810.26051430.18863262X-RAY DIFFRACTION96
3.3381-3.8180.21991520.18483191X-RAY DIFFRACTION94
3.818-4.79860.1981380.16653174X-RAY DIFFRACTION93
4.7986-19.59920.17491440.18263158X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7457-1.0067-0.5083.95841.28278.34220.07660.2565-0.1001-0.12270.1982-0.6860.2296-0.0552-0.17950.1199-0.00510.04550.1609-0.04480.234930.952123.795129.2856
22.40161.45280.63496.37773.62762.44150.320.126-0.1257-0.4197-0.1523-0.4977-0.34020.2886-0.12480.1050.0480.02120.16780.00030.15427.312515.662326.6334
31.53760.53140.54153.06150.56812.5343-0.12250.12130.1469-0.42550.2322-0.6996-0.2030.7027-0.10480.182-0.00890.09870.2868-0.04940.363435.267325.165527.1882
42.33471.70112.39981.56030.82075.2464-0.32880.550.3679-0.53120.2664-0.6335-0.07210.56330.1080.264-0.09320.19250.29460.00880.544436.029834.698120.9664
54.53160.8672-0.27182.99671.60553.5398-0.18460.24370.4204-0.46490.11570.0006-0.28060.0130.05540.2088-0.00760.0530.12730.03450.206625.877634.001127.2272
62.85540.929-1.23628.67561.59974.0512-0.17180.01720.03280.1308-0.00650.8425-0.2147-0.55050.13490.13620.01920.06660.1793-0.06030.332915.490933.856337.364
73.9019-0.49380.72725.5863-1.81566.2979-0.1639-0.42210.40850.659-0.1058-0.0633-0.4734-0.41560.23660.1820.00390.03860.203-0.11320.327826.667141.592741.0448
86.30235.19264.10835.30534.30955.9798-0.18920.24861.447-0.0486-0.11070.67-0.4885-0.33730.33290.26420.07050.02890.20550.02440.384220.790842.668731.2089
93.36781.3619-0.1012.7775-4.40388.5918-0.1471-0.1614-0.04390.59130.15290.5639-0.692-0.7521-0.0890.20490.02330.05660.1857-0.04490.222514.161523.159832.9145
104.27550.7187-0.9736.5659-4.06422.58750.0020.25450.0816-0.68290.26910.24820.4433-0.3475-0.21670.16060.0113-0.03380.138-0.01840.114418.288118.544422.4983
111.992-0.6671-0.09864.95040.59720.87610.0251-0.1299-0.09120.43340.0742-0.4510.24290.2255-0.0470.14380.0257-0.05550.20760.00480.148243.697765.08939.2505
123.5725-0.01551.15654.69221.0444.36590.11850.0333-0.34870.2775-0.11840.32280.2823-0.23530.00130.1379-0.0207-0.01230.177-0.0070.187132.460355.59863.1306
132.86620.8931-0.36935.1813-3.41647.0323-0.0178-0.08890.10980.03550.00780.26-0.2639-0.3538-0.01160.05750.01480.00270.1565-0.02780.191630.620174.63226.3903
143.47081.18480.79883.3635-1.32715.04770.0254-0.015-0.06870.10550.17240.0133-0.3295-0.2935-0.14040.08340.02770.00490.12770.0060.088639.265942.396571.0365
150.4366-0.58370.00251.7621-1.59364.50260.0349-0.15390.08140.22840.00210.5175-0.1652-0.4977-0.05190.133-0.00740.04160.24040.01350.20134.623347.852966.476
166.5171-0.72923.66865.1647-2.26893.03930.15760.09720.52890.3777-0.01320.2347-0.9775-0.3067-0.10330.19120.06240.05470.2066-0.0180.193837.629157.804563.2397
175.1166-2.3072-1.00613.422-0.3235.8126-0.02710.149-0.07910.1433-0.11190.00370.22470.12850.12990.0363-0.0260.02420.10930.04680.087744.216646.741362.4157
183.78221.50023.94064.03572.02384.2209-0.12070.1660.4446-0.31670.0531-0.1581-0.49820.2670.27150.16590.03580.03120.2190.06380.16845.70654.767858.4354
192.60710.63730.06857.24584.70785.05350.2195-0.36570.0830.1083-0.4985-0.1173-0.2869-0.21630.23080.11350.0099-0.04220.2236-0.020.188350.230947.548366.6799
207.36741.7202-1.2575.47261.09674.80820.2205-0.2163-0.53570.09030.0448-0.84950.21460.7193-0.1390.09610.0381-0.01060.25820.02580.226254.553439.530955.9746
216.4227-3.59492.84467.9561-5.32319.41410.18040.1918-0.2393-0.7181-0.18290.1240.4417-0.18320.08390.11240.03450.00370.1903-0.03150.12546.355541.715348.0093
228.21940.16174.36813.4345-0.65046.26840.0770.1559-0.2784-0.55180.0961-0.37610.19260.3796-0.14090.20720.00860.08250.1697-0.03540.196351.657151.165953.479
237.72640.5766-0.83454.9986-4.20235.4839-0.39480.2683-0.8205-0.8336-0.0287-0.07640.62790.00780.39420.1874-0.020.05220.1482-0.01660.269252.026131.670567.4963
244.1156-0.7297-0.646.9998-0.88063.3869-0.0062-0.18920.18840.92270.0806-0.6054-0.12150.0215-0.11250.15350.0126-0.05950.23330.00060.125350.162341.872976.9148
253.4789-1.2809-1.24844.1806-0.28643.74620.07740.15730.1758-0.09640.0269-0.07990.0868-0.4175-0.0340.0815-0.0502-0.02850.16350.01650.092834.259381.217636.507
262.11620.6989-1.76060.7898-1.0151.6827-0.01380.05360.196-0.14090.18020.23150.1307-0.127-0.12440.1358-0.0426-0.04010.22150.02950.195928.653477.305938.9761
279.0681-2.5588-2.67985.4454.35583.5473-0.32070.3256-0.67130.0613-0.00740.72660.7016-0.63370.25630.171-0.1009-0.02690.23250.03260.274227.522766.946843.3457
282.235-0.35390.03362.41480.7613.9384-0.0397-0.189-0.05650.18050.0703-0.07740.2041-0.0966-0.01770.0896-0.0208-0.0350.14240.03150.130539.624373.865851.3915
294.1106-0.01280.30875.7289-2.11592.5618-0.03390.243-0.0783-0.1047-0.0566-0.3395-0.01270.19940.06380.09090.00010.0360.1526-0.00690.110147.260880.049435.4765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 15 THROUGH 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 31 THROUGH 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 42 THROUGH 57 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 67 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 68 THROUGH 108 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 109 THROUGH 119 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 120 THROUGH 135 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 136 THROUGH 148 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 149 THROUGH 159 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 160 THROUGH 176 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 15 THROUGH 67 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 68 THROUGH 151 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 152 THROUGH 176 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 15 THROUGH 42 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 43 THROUGH 57 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 58 THROUGH 66 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 67 THROUGH 82 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 83 THROUGH 98 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESID 99 THROUGH 108 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESID 109 THROUGH 119 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND (RESID 120 THROUGH 130 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND (RESID 131 THROUGH 151 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND (RESID 152 THROUGH 159 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND (RESID 160 THROUGH 176 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESID 15 THROUGH 41 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN D AND (RESID 42 THROUGH 57 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN D AND (RESID 58 THROUGH 66 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN D AND (RESID 67 THROUGH 148 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN D AND (RESID 149 THROUGH 176 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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