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- PDB-4c5x: Ultra High Resolution Dickerson-Drew dodecamer B-DNA with 5-Hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c5x
タイトルUltra High Resolution Dickerson-Drew dodecamer B-DNA with 5-Hydroxymethyl-cytosine Modification
要素5'-D(CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*5HCP*GP*CP*GP)-3'
キーワードDNA / CYTOSINE MODIFICATION
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者McDonough, M. / El-Sagheer, A.H. / Brown, T. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2014
タイトル: Structural insights into how 5-hydroxymethylation influences transcription factor binding.
著者: Lercher, L. / McDonough, M.A. / El-Sagheer, A.H. / Thalhammer, A. / Kriaucionis, S. / Brown, T. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*5HCP*GP*CP*GP)-3'
B: 5'-D(CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*5HCP*GP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4113
ポリマ－7,3872
非ポリマー241
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-6.7 kcal/mol
Surface area4590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.300, 40.270, 64.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*5HCP*GP*CP*GP)-3'


分子量: 3693.418 Da / 分子数: 2 / 断片: DICKERSON-DREW SEQUENCE DODECAMER / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 40% MPD, SPERMINE, MAGNESIUM CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→34.22 Å / Num. obs: 19814 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 15.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.21→1.24 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENRTY 1BNA

1bna


解像度: 1.3→34.2 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1734 2971 10.15 %
Rwork0.1421 --
obs0.1452 17362 93.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.29 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.272 Å2 / ksol: 0.442 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.7695 Å20 Å20 Å2
2---6.7934 Å20 Å2
3----0.9761 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→34.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 490 1 136 627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.022555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.486858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.11226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.04124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.32130.22611300.19481167X-RAY DIFFRACTION84
1.3213-1.34410.21341210.18551149X-RAY DIFFRACTION85
1.3441-1.36850.22851360.18091180X-RAY DIFFRACTION89
1.3685-1.39490.23931370.16211240X-RAY DIFFRACTION91
1.3949-1.42330.22421350.16641214X-RAY DIFFRACTION92
1.4233-1.45430.20221420.15031259X-RAY DIFFRACTION94
1.4543-1.48810.23971470.15951296X-RAY DIFFRACTION94
1.4881-1.52530.18851390.14011201X-RAY DIFFRACTION91
1.5253-1.56660.19471410.11951300X-RAY DIFFRACTION96
1.5666-1.61270.16271460.11291291X-RAY DIFFRACTION95
1.6127-1.66470.12611440.10011284X-RAY DIFFRACTION95
1.6647-1.72420.15371420.09791299X-RAY DIFFRACTION97
1.7242-1.79320.13311490.10651330X-RAY DIFFRACTION97
1.7932-1.87490.17951460.12431312X-RAY DIFFRACTION98
1.8749-1.97370.19211470.12941322X-RAY DIFFRACTION98
1.9737-2.09730.15721410.13251237X-RAY DIFFRACTION92
2.0973-2.25920.19521480.13571318X-RAY DIFFRACTION98
2.2592-2.48650.20071460.16551324X-RAY DIFFRACTION97
2.4865-2.84620.19171490.15051300X-RAY DIFFRACTION97
2.8462-3.58530.16641410.16451286X-RAY DIFFRACTION95
3.5853-34.22690.14321440.13851288X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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